Победила группировка старомосковских боярских родов, которая связывала свое служебно-местническое и материальное положение в первую очередь с государевой службой и близостью к престолу.
Положение правителя позволило Б. Годунову поставить под свой контроль приказной аппарат. Немало сторонников он имел и в Боярской думе.
Много внимания было уделено правительством Годунова крестьянскому вопросу. По общепринятому мнению, именно в последней четверти XVI столетия в положении земледельцев произошли столь важные перемены, что приходится говорить о переломном этапе в истории становления крепостного права.
История крепостничества и крепостного права - тема, традиционная для отечественной науки. При наличии множества мнений в досоветской историографии существовали две основные теории происхождения крепостного права - указная и безуказная. Возникновение первой связано с именем В. Н. Татищева, который первый обнаружил Судебник 1550 г. и указ 1597 г. о пятилетнем урочном сыске беглых крестьян. Сопоставление двух памятников дало ему основание утверждать, что крестьяне были законодательно прикреплены к земле указом 1592 г. Правда, сам поиск указа не увенчался успехом.
В первой половине XIX в. было запрещено обсуждать крепостное право даже в историческом аспекте. Лишь в канун Великих реформ ученые получили возможность обратиться к обсуждению этой проблемы. Б. Н. Чичерин выступил автором теории государственного закрепощения и раскрепощения сословий, согласно которой необходимость в исполнении определенных государственных повинностей привела к постепенному закрепощению всех слоев населения. При этом "крепость" сословий зависела от характера повинностей. Первыми были "закрепощены" служилые сословия - выполняя ратную повинность, они при этом в силу своего занятия сохранили свободу передвижения. В конце XVI в. возникла потребность закрепощения - прикрепления к земле - крестьян, основного "податного класса". Подход Чичерина предполагал равное отношение власти ко всем сословиям и абсолютизировал лишь одну сторону деятельности государства - быть социальным регулятором.
Б. Н. Чичерин предложил лишь общую схему закрепощения в рамках указной теории. С. М. Соловьев на фактическом материале обосновал ее и включил в общеисторический процесс. Он связывал возникновение крепостного права с обширностью русского государства и острым "недостатком рабочих рук при... обилии земли". Но уже в середине XIX столетия было предложено иное объяснение происхождения крепостного права. М. П. Погодин, отрицая существование закона об отмене Юрьева дня, утверждал, что крепостное право возникло помимо государства, в ходе самой жизни. Любопытно, что ранее близкую мысль высказывал известный государственный деятель М. М. Сперанский, по которому "закрепощение основывалось сперва обычаем, а потом законом". Однако потребовались мастерство и талант В. О. Ключевского, чтобы эти наблюдения выстроились в теорию безуказного закрепощения крестьянства. По Ключевскому, крепостное право сложилось постепенно, в результате роста крестьянской задолженности, без участия государства. Позднее последователи известного историка дополнили экономический фактор закрепощения (задолженность) обычаем - институтом старожильства. В итоге безуказная теория получила широкое признание.
Однако открытые в конце XIX - начале XX в. документы о заповедных летах вновь побудили часть историков вернуться к указной теории закрепощения. При всей фрагментарности найденного материала новые источники поколебали основы безуказной концепции и прежде всего положение о пассивной роли власти в формировании крепостничества.