Но уже на следующий год Стефан Баторий перешел в наступление, вернул многие ливонские города. На сторону Речи Посполитой перешел Магнус. В 1579 г. возобновила военные действия Швеция. Тем временем Баторий взял Полоцк и Великие Луки, а в 1581 г. осадил Псков. Шведы захватили Нарву. Около пяти месяцев Стефан Баторий безрезультатно осаждал Псков, хотя сил у защитников города было куда меньше, чем у королевских войск. Ни артиллерийский обстрел, ни штурмы не увенчались успехом. Героическая оборона Пскова, в которой участвовал весь город, сорвала планы дальнейшего наступления на Россию.
В 1582 г. в Яме-Запольском было заключено перемирие с Речью Посполитой, в 1583 г. в Плюссе - со Швецией. По их условиям Россия утратила все свои приобретения в Ливонии и Белоруссии, хотя Великие Луки и некоторые другие города, захваченные Баторием, вернулись к ней. К Швеции перешла большая часть побережья Финского залива. Ливонская война, длившаяся четверть века, закончилась для России поражением. Только мужество защитников Пскова спасло страну от еще более тяжелых условий перемирия.
На востоке дела России шли лучше. Именно тогда началось освоение Россией Сибири. Сибирское ханство, владевшее Западной Сибирью, было обширным государством, в которое, кроме сибирских татар, входили ханты, манси, зауральские башкиры и другие народы. В 50-х гг. XVI в. хан Едигер признал себя вассалом России, но пришедший затем к власти Кучум вступил в борьбу с ней. Русское правительство поставило задачу присоединения Сибири. Оно располагало помощью фактических хозяев среднего Приуралья сольвычегодских солепромышленников Строгановых. Они не только владели огромными землями, но и имели собственные вооруженные силы. В Западной Сибири Строгановы скупали пушнину. По жалованной грамоте Ивана IV они начали там и строительство крепостей. Около 1581 - 1582 гг. (в литературе существуют разногласия относительно этой даты) состоявший на службе у Строгановых казачий атаман Ермак со своим отрядом (ок. 600 человек) двинулся в поход на Кучума. Ему удалось разбить Кучума и взять его столицу Кашлык. Население Сибири согласилось платить дань не Кучуму, а Ермаку. Однако в 1584 - 1585 гг. Ермак погиб в бою. Но начало присоединению Сибири было положено. Колонизационные потоки русского крестьянства двинулись в таежные просторы Сибири, осваивая ее плодородные земли. В 80 - 90-х гг. XVI в. Западная Сибирь вошла в состав России.
И все же в целом итоги царствования Ивана IV были неутешительны. В результате опричнины не произошло серьезных изменений в структуре общественных отношений, зато опричные репрессии и рост налогового гнета в связи с Ливонской войной резко ухудшили положение народных масс. Усугубили народные бедствия также крымские набеги, походы Стефана Батория и свирепствовавшая несколько лет эпидемия чумы, охватившая широкую территорию. Результатом был хозяйственный кризис. Центр и северо-запад были опустошены. Села и деревни стояли заброшенными, зарастала лесом пашня: одни крестьяне умерли от голода и эпидемий, другие были убиты вражескими войсками или царскими опричниками. Наконец, многие бежали из разоренных родных мест - на юг (в район Орла, Тулы, Курска и т. д.), в Среднее Поволжье, в Приуралье, а в самом конце века - и в Западную Сибирь.
Выход из кризиса правительство искало в административных мерах. Ответом на бегство крестьян стало крепостническое законодательство. 1581/82 г. впервые был объявлен "заповедным", в этот год отменялся Юрьев день и запрещался переход крестьян. "Заповедными" стали и последующие годы.