На основе получаемой от «Корсиканца» и «Старшины» информации, а также используя материалы других источников, внешняя разведка регулярно информировала высшее руководство страны о нависшей над страной военной угрозе, ходе разработки планов военных действий и сроках немецкого наступления. Последние все более конкретизировались. Однако Кремль адекватной реакции не проявлял. В немалой степени этому способствовало то, что фашистские специальные службы осуществляли большую работу по дезинформации СССР с использованием агентуры и технических средств, чтобы ввести советское руководство и командование Красной Армии в заблуждение. К сожалению, это им удалось сделать.
Разведка, тем не менее, приняла ряд мер по подготовке агентурной сети в Германии к работе в условиях военного времени. В марте-апреле 1941 года в берлинскую резидентуру было направлено указание руководства внешней разведки об организации прямой радиосвязи ценной агентуры с Центром. В этом указании, в частности, говорилось: «Создавшаяся обстановка требует принятия срочных мер по переводу основной, наиболее ценной агентуры на прямую связь с нами, т. е. создания нескольких нелегальных резидентур, могущих осуществлять связь с Москвой по радио».
Однако времени на создание нелегальных звеньев внешней разведки, обучение ее персонала работе на рации, закрепление этих навыков не хватило.
2 июля 1941 года А.М. Коротков вместе с интернированным составом посольства покинул Германию. В турецком городе Эдирне советские сотрудники были переданы немцами представителям турецких властей и сотрудникам советского посольства в Турции. Через несколько дней Александр Михайлович Коротков был уже в Москве.
В августе 1941 года Коротков был назначен заместителем начальника немецкого отдела ГУГБ НКВД. В ноябре он уже стал начальником отдела, на который во время войны было возложено ведение разведывательной работы на территории Германии, Польши, Чехословакии, Венгрии, Болгарии, Румынии, Югославии, Греции.
Положение Короткова как начальника отдела было чрезвычайно сложным. Связь со многими источниками в Германии была с началом войны потеряна. Война с Германией сделала невозможным пребывание «легальных» резидентур в тех странах, которые выступили союзниками Гитлера против СССР (кроме Болгарии). В результате репрессий 1937–1938 годов из Германии и других европейских стран были отозваны разведчики-нелегалы. Многие из них были репрессированы.
А.М. Короткову приходилось прилагать в этих условиях огромные усилия, чтобы по сути дела воссоздать агентурный и нелегальный аппарат, решать возникающие сложные задачи, налаживать взаимодействие с соответствующими подразделениями НКВД, а в некоторых необходимых случаях и с Разведупром РККА. Он лично участвовал в подборе людей, особенно если речь шла о важных операциях, контролировал их подготовку, проводил отдельные занятия, отдавал распоряжения по обеспечению курсантов соответствующими документами, а затем обеспечивал их заброску в тыл противника. Все это делалось в сжатые сроки, которые сейчас кажутся фантастическими.
Немало агентурных групп, подготовленных под руководством Александра Михайловича, успешно выполняли задания в тылу противника.
Для переброски разведчиков в Германию и соседние с нею страны использовался также метод внедрения агентуры в среду трудоспособного населения, вывозившегося в Германию из оккупированных советских территорий. Для этого через возможности действовавших в тылу противника оперативно-разведывательных отрядов подбирались надежные люди, имевшие ходовые рабочие специальности, проходили в отрядах короткую спецподготовку, а затем вербовались на работы в Германию.
Ряд мероприятий по переброске и документированию нелегалов осуществлялся в контакте с английскими спецслужбами. Подготовленные в возглавляемом А.М. Коротковым отделе нелегалы стали прибывать в Англию в начале 1942 года. Здесь их размещали на конспиративных квартирах, обеспечивали соответствующей экипировкой, документами и затем перебрасывали на территорию Германии и в оккупированные ею европейские страны. За время войны на вражескую территорию было заброшено таким путем около двадцати разведчиков. Однако следует отметить, что, несмотря на огромную работу по задействованию этого контингента, положительных результатов получено не было. Заброшенные в тыл противника разведчики бесследно исчезли, установить их судьбу не удалось.
Коротков часто бывал на фронте, где на месте решал острые оперативные задачи.
После освобождения Румынии, Польши и Югославии Коротков выезжал в эти страны для того, чтобы на месте детально разобраться в складывающейся военно-политической обстановке и организовать постоянное информационное освещение непростой политической ситуации в этих государствах.
К концу войны на территории Германии уже действовало несколько оперативных групп, которые снабжали информацией руководство страны и командование Красной Армии. По завершении войны оперативные группы, действовавшие на территории Германии, были объединены. В результате создалась первая послевоенная резидентура внешней разведки под прикрытием Аппарата политического советника при Главнокомандующем советской военной администрации в Германии. Первым резидентом берлинской резидентуры в октябре 1945 года был назначен Александр Михайлович Коротков.
Вот как иногда случается в жизни. Здесь, в Берлине, в должности заместителя резидента Александр Михайлович встретил тревожные дни начала войны 1941 года. Он твердо верил тогда, что мы победим, но и понимал, что впереди тяжелые, кровопролитные годы борьбы. Теперь, после победы, он снова в Берлине и в той же резидентуре, но уже в качестве ее резидента. Смешанные чувства одолевали его. С одной стороны, радость победы, а с другой — тяжелый груз на сердце, горечь утрат боевых друзей, неизвестность судьбы многих, кого знал и кто выполнял боевые задания за линией фронта. А сколько тревог пришлось пережить Короткову, когда заброшенный в тыл противника разведчик долго не выходил на связь. Немало было случаев, когда эти храбрые ребята так и не дали о себе знать.
По официальной должности прикрытия Александр Михайлович был заместителем политсоветника. Положение позволяло ему часто общаться с маршалом Г. К. Жуковым. Маршал почти всегда принимал вне очереди полковника Короткова, хотя в приемной постоянно было много посетителей, поскольку был уверен, что услышит от Александра Михайловича важные новости, которые он ежедневно докладывал Главнокомандующему. Информация действительно была исключительно важной, а иногда и весьма срочной.
Жуков с уважением относился к Короткову за его аккуратность, подтянутость, осведомленность, надежность и достоверность поступавшей от него информации. Порой данные поступали из таких сфер, что однажды маршал не удержался и спросил:
— Как же вам удалось забраться туда?
— А что делать, товарищ маршал, — с нарочитой серьезностью отвечал Александр Михайлович, — волка ноги кормят.
Жуков усмехнулся и сказал:
— Это правильно, волка кормят ноги, но разведчику, как я понимаю, к ногам нужна еще и хорошая голова. Верно говорю?
— Совершенно справедливо, товарищ маршал.
И оба рассмеялись.