Двинская дельта обильно испещрена островами и островками, многими протоками, рукавами, и, чтобы оборонить ее, требовались немалые силы, недюжинное воинское и саперное искусство, которыми Прозоровский отнюдь не отличался. Воевода был самолюбив и крут не на дела, а на расправу с подчиненными. Царь это знал, и потому негласно назначил советником в военных, гражданских и строительных делах опытного и деятельного архиепископа холмогорского и важеского Афанасия, искренне заинтересованного во всех реформах и нововведениях царя.
Петр хорошо узнал Афанасия, когда тот сопровождал его при поездке в Соловецкий монастырь в мае 1694 года. Это было второе посещение царем Архангельска. Тогда на Соломбальской верфи был построен к приезду царя первый корабль. Петр Алексеевич прибыл из Вологды на двадцати двух стругах со свитой и солдатами-гвардейцами, которые должны были служить экипажами на новых кораблях. Царские струги торжественно причалили к Мосееву острову.
Едва успев отдохнуть с дороги, Петр Алексеевич поспешил в Соломбалу и двадцатого мая под пушечные залпы спустил на воду коммерческий парусник «Святой Павел».
Потом на яхте царь отправился на Соловки, попал в сильный шторм в Унских Рогах, близ Пертоминского монастыря, едва спасся.
В этих поездках Петр достаточно хорошо изучил Двинское устье, а заодно и Афанасия.
Ранней весной 1701 года к острову Линской Прилук то и дело подходили весельные и парусные суда — кочи и баркасы с тяжелыми грузами. Везли кирпич и известь, топоры и лопаты, кованые в архангельских и соломбальских кузнях железные поделки, муку, крупу, соленую рыбу и другой провиант для работных людей. Специальным царским приказом к строительству крепости на острове привлекались семь городов — Устюг Великий, Вятка, Соль-Вычегодская, Тотьма, Кеврола, Чаронда и Мезень. Около тысячи восьмисот каменщиков, плотников, землекопов и иных мастеровых на берегу Прилука, напротив судоходного фарватера, заложили Новодвинскую крепость.
Сюда прибыл сведущий в строительных делах расторопный стольник Селиверст Иевлев для надзора за постройкой крепостных сооружений и за работными людьми. Возводил крепость инженер Егор Резен. Солдатский голова Животовский организовал охрану будущего сооружения и Березовского устья. Солдаты установили на Линском Прилуке три артиллерийские батареи. Пятнадцать орудий были поставлены на острове Маркове, по другую сторону Малой Двинки. Под началом Животовского было четыреста солдат.
Не забыли и других, удаленных от Архангельска важных беломорских пунктов — Кольского, Кемского, Мезенского острогов и Соловецкого монастыря. Всюду разослали из Холмогор воинские отряды. На всех берегах трепал стрелецкие кафтаны, беломорский ветер-свежак.
С острова Мудьюг лоцманы, а по-старинному, по-поморски — корабельные вожи, в обязанности которых входило встречать и провожать иноземных гостей, были переведены на остров Марков. Оставлять лоцманскую службу — лоцвахту — в отдаленном и незащищенном месте было рискованно. На Мудьюге жил лишь небольшой воинский караул.
Прозоровский и Афанасий в короткое время выполнили большую часть распоряжений Петра. Обоих теперь тревожила охрана незащищенного города.
Майским вечером воевода и архиепископ неторопливо шли по берегу Двины. Половодье спало, но река оставалась широкой, многоводной, и даже под ослабевшим к вечеру ветром-полудником по ней катилась зыбкая крупная волна. У пристани стояли купеческие суда — две лодьи, рыбачьи шняки и карбасы. На судах было пусто, одиноко маячили на палубах лодей только вахтенные.
Пустынно было и на берегу. Возле амбаров и складов со смолой и канатами не видно подвод, не слышно обычного галдежа извозчиков да приказчиков. Лишь, позевывая, ходили сторожа с бердышами, ожидая смены.
Прозоровский, в кафтане немецкого покроя, русской собольей шапке, осторожно ступал шевровыми сапогами по дощатым мосткам.