В мае 1558 г. русские войска взяли Нарву, ставшей на несколько десятилетий первым портом России на Балтике, а в начале следующего года заняли большую часть Ливонии. Когда в августе 1560 г. русские разгромили лучшие вооруженные силы Ордена, государство рыцарей-меченосцев в качестве самостоятельной военной силы перестало существовать. Впечатляющие успехи России заставили другие государства вмешаться в схватку в Прибалтике. Император Фердинанд I, считавшийся сеньором Ордена, обратился к царю Ивану IV с предложением прекратить войну в Ливонии, а получив отказ, объявил блокаду Российскому государству. Дания захватила эстонские острова Эзель (Сааремаа) и Муху и купила владения Курляндского епископства. Швеция утвердилась в Ревеле и стала расширять свое военное присутствие в Северной Эстонии. Литва предприняла поход на Ригу и Пярнов. Таким образом, России пришлось столкнуться уже с мощной коалицией европейских стран. На заключительной стадии войны против нее выступило и Польское королевство во главе с королем Стефаном Баторием (15761586). Чтобы отвлечь силы русских от Прибалтики польские правители пытались вовлечь Крымское ханство и Османскую империю в войну на южных границах России.
При общем желании противников России не допустить ее на Балтику, соперничество в разделе ливонского наследства делало их соглашения между собой временными и непрочными. Царское правительство пыталось использовать это обстоятельство. В ходе войны в Прибалтике датская корона обычно выступала его союзником против их общего врага Швеции, что впрочем не мешало датчанам использовать затруднения России в своих торговых интересах. Иван IV (1533/471584) рассчитывал на поддержку Дании, пытаясь создать на Балтике собственный флот для защиты плывущих в Нарву торговых судов от шведских и польских каперов. В Копенгагене на это не пошли. В 1570 г. в Москве был провозглашен «королем Ливонии» брат датского короля принц Магнус, которого Иван IV женил на своей племяннице. Но попытка создать в Ливонии вассальное от России государство не увенчалось успехом. Магнус, получивший еще в 1560 г. от брата владения Курляндского епископства, перешел на службу к Баторию.
При общем желании противников России не допустить ее на Балтику, соперничество в разделе ливонского наследства делало их соглашения между собой временными и непрочными. Царское правительство пыталось использовать это обстоятельство. В ходе войны в Прибалтике датская корона обычно выступала его союзником против их общего врага Швеции, что впрочем не мешало датчанам использовать затруднения России в своих торговых интересах. Иван IV (1533/471584) рассчитывал на поддержку Дании, пытаясь создать на Балтике собственный флот для защиты плывущих в Нарву торговых судов от шведских и польских каперов. В Копенгагене на это не пошли. В 1570 г. в Москве был провозглашен «королем Ливонии» брат датского короля принц Магнус, которого Иван IV женил на своей племяннице. Но попытка создать в Ливонии вассальное от России государство не увенчалось успехом. Магнус, получивший еще в 1560 г. от брата владения Курляндского епископства, перешел на службу к Баторию.
В конфликте со Швецией оказалась Польша, которая стремилась к власти над Северной Эстонией в целях подчинения своему контролю торгового пути, ведущего из России на Запад по побережью Финского залива. Острые разногласия по поводу раздела земель Ливонского ордена возникли в самом Польско-Литовском государстве. Когда в 1563 г. русские войска заняли Полоцк и начали угрожать Вильне, Великое княжество Литовское оказалось на грани военно-политического краха. Влиятельные группировки польской шляхты использовали этот момент для осуществления своих давних планов лишить Литву политической самостоятельности и открыть себе возможности для колонизации белорусских и украинских земель, входивших в ее состав. По Люблинской унии 1569 г. Польша и Литва объединились в одно государство Речь Посполитую, где при формальном равноправии сторон главенствующая роль принадлежала полякам.
Ливонская война завершилась тяжелым поражением России, которая потеряла не только все завоевания в Восточной Прибалтике, но и уступила Швеции свою территорию, прилегающую к Финскому заливу (кроме узкого коридора вдоль реки Невы), а также часть Карелии с Приладожьем. Владения Ливонского ордена поделили Речь Посполитая и Швеция. Вся Латвия и большая часть Эстонии отошли к Речи Посполитой. Власть ее королей к началу 80-х гг. XVI в. распространилась на значительную территорию балтийского побережья, но отсутствие у Речи Посполитой большой постоянной армии и, главное, военного флота делало позиции этой державы на Балтике очень уязвимыми. Финский залив с Северной Эстонией и городами Ревелем и Нарвой оказались под властью Швеции, что гарантировало ее казне большие финансовые поступления и создавало удобный плацдарм для установления господства на северных торговых путях.
После окончания Ливонской войны началась борьба за передел бывших владений Ордена между Швецией и Речью Посполитой. Короной последней в 15871632 гг. владел Сигизмунд III Ваза, сын шведского короля и его жены польской принцессы и единственной наследницей своего брата Сигизмунда II Августа. Избирая его, шляхта надеялась мирным путем урегулировать польско-шведские столкновения из-за Восточной Прибалтики (в Кракове мечтали о присоединении всего балтийского побережья с западными областями Эстонии) и создать мощную польско-шведскую коалицию против Российского государства. В 90-х гг. XVI в. Речь Посполитая и Швеция оказались соединенной личной унией: Сигизмунд III после смерти отца стал одновременно и шведским королем. Для скандинавского королевства возникла угроза включения в польско-литовское государство и начала католической Контрреформации (шведский принц был воспитан иезуитами и являлся фанатичным католиком). Мощное сопротивление в лютеранской Швеции привело к низложению Сигизмунда III со шведского престола. В 1598 г. он вовлек Речь Посполитую в войну со Швецией. Война, длившаяся с перерывами около четверти века, имела характер религиозно-политического конфликта. Сигизмунд III опирался на католические силы Европы, в том числе получал финансовую помощь и военные контингенты от австрийских и испанских Габсбургов. В Мадриде даже обсуждался проект посылки испанского флота на Балтийском море. В ответ шведское правительство сблизилось с протестантскими странами противниками Габсбургов, подписав в 1612 г. договор о союзе с Голландией.