Римские папы постоянно давали привилегии иоаннитам, исключив их из подчинения местной светской и духовной власти и дав им право собирать церковную десятину в свою пользу. Священники ордена отчитывались только перед капитулом и великим магистром. В 1143 году папа Иннокентий II издал специальную буллу, по которой орден иоаннитов не подчинялся ни духовным, ни светским властям – только непосредственно самому римскому папе. Иерархия ордена иоаннитов – рыцари, священники и братья – госпитальеры – была утверждена римским папой в 1259 году.
В 1124 году с помощью иоаннитских рыцарей была снята осада арабов с главного порта Иерусалимского королевства – Яффы и взят Тир, богатейший город в Восточном Средиземноморье. В 1153 году иоанниты участвовали во взятии Аскалона – важного египетского города, в 1168 году – в неудачной осаде Каира. К концу XII века в ордене иоаннитов служили более шестисот рыцарей.
После потери крестоносцами завоеванных ими земель на Востоке, в конце XIII века иоанниты перебрались на Кипр, захваченный в 1191 году отрядами английского короля Ричарда Львиное Сердце и проданный тамплиерам. Храмовники перепродали остров королю Иерусалимского королевства Ги де Лузиньяну. Иоанниты построили замки в Никосии, Колосси, в Лимиссо двадцать лет была резиденция ордена.
В начале XIV века орден иоаннитов почти четыре года воевал с Византией за остров Родос, расположенный у берегов Малой Азии. В 1310 году на Родос иоанниты перенесли резиденцию ордена и стали называться «сувереном Родоса», что было утверждено папой Климентом V. Иоанниты стали называться Родосскими рыцарями. В 1312 году, после разгрома ордена тамплиеров, большая часть его имущества и недвижимости в соответствии с буллой римского папы Климента V перешла к Родосским рыцарям – только в Европе Иоаннитский орден тогда имел 656 командорств, в каждом из которых обязательно был организован госпиталь.
Именно на Родосе окончательно сформировался устав ордена и сложилась иерархическая структура ордена иоаннитов. Великий магистр, избираемый пожизненно рыцарями-выборщиками, провоевавшими не менее трех лет и не менее тринадцати лет служившие ордену, совместно с восемью столпами – начальниками «языков» Прованса, Оверни, Франции, Арагона, Кастилии, Италии, Англии, Германии, руководил Советом и Священным Капитулом ордена. Великий Госпитальер – столп Франции – считался первым заместителем Великого магистра, Казначеем был столп Прованса, Интендантом – столп Арагона, Великий Канцлер – столп Кастилии – являлся министром иностранных дел и хранителем документов, Великий Маршал – столп Оверни – командовал орденской пехотой, столп Англии – кавалерией, Великий Бальи – столп Германии – отвечал за крепости и замки. В XV веке в ордене была введена должность Главного санитара – инфермерария, считавшаяся одной из самых главных.
На Родосе иоаннитские рыцари создали великолепный военный флот, переняв лучшие достижения моряков всего мира. Были построены большие галеры с обшивной броней и пятьюдесятью гребцами в двух рядах. На галере находились несколько рыцарей, 200 солдат. Иоанниты применяли знаменитый «греческий огонь». Самый большой корабль иоаннитов, построенный в XV веке – «Святая Анна» – по праву считался первым броненосцем. Иоанниты боролись с мамелюками, совершали рейды на сирийское и ливанское побережье.
В 1310 году флот Родосских рыцарей разгромил у острова Аморгоса, находившегося в 150 километрах от Родоса, турецкую флотилию нового Османского государства, образованного в 1299 году Осман-беем и Орхан-беем. Через 8 лет у острова Хиос рыцари рассеяли 80 турецких судов. В 1320 году 30 рыцарских кораблей отбросили 80 турецких судов, попытавшихся высадить на Родосе десант. В 1347 году флот иоаннитов разгромил в сражении при острове Имроз турецкий флот из 100 судов. В 1365 году иоанниты в союзе с войсками кипрского правителя Пьера де Лузиньяна участвовали в разгроме египетского флота и взятии Александрии. Иоанниты совершали рейды на города Леванта, Малой Азии, Египта, постоянно увеличивая свою военную мощь.
В 1440 году рыцари отбросили от Родоса десант египетского султана, потери иоаннитов к египтянам соотносились как один к десяти. В 1444 году рыцари снова отбились от египтян после полуторамесячной осады, отбросив их двадцатитысячную армию. Дело кончилось в 1448 году подписанием мирного договора Родоса и Египта.
В 1453 году войска турецкого султана Мехмеда II уничтожили Византию. Султан объявил войну Ордену иоаннитов и поклялся разорить Родос. В середине XV века Родосские рыцари, готовясь к турецкому нашествию, укрепили Родос – были выкопаны рвы и построена стометровая стена со стороны моря высотой до десяти метров. В мае 1480 года семидесятитысячная турецкая армия попыталась взять Родос. Остров со всех концов света прибыли защищать более шестисот рыцарей всех восьми «языков» ордена. В бою за центральный пункт обороны Родосской крепости – форт Сент-Николас – в сражении в проломе стены рыцари отбросили турок. Сам великий магистр в бою получил пять ран. Родосские рыцари стали посылать брандеры, зажигавшие турецкие суда. В августе 1480 года турки ушли с Родоса, превратив весь остров, кроме крепости, в груду развалин. В историю вошли слова великого магистра Филиппа д’Обюссона, сказанные в проеме стены: «Лучше умрем здесь, чем отступим. Можем ли мы когда славнее за веру умереть?» При осаде погибло более десяти тысяч турок.
Новое нападение турок на Родос произошло в 1522 году – весной огромная армия турок под командованием султана Сулеймана Великолепного на четырехстах кораблях высадилась на Родос. 200 000 турок до октября штурмовали крепость, которую защищали триста рыцарей и восемь тысяч пехотинцев. 20 декабря Родос капитулировал на почетных условиях. Турецкая армия при осаде потеряла каждого второго. 180 рыцарей и почти 5 000 родосцев 1 января 1523 года уплыли с Родоса, увезли с собой знамена, пушки, оружие, иконы, мощи, священные сосуды, орденский архив. Император Священной Римской империи Крал V, узнав о турецком нашествии на иоаннитов, сказал: «Ни одна битва не была проиграна так достойно, как битва за Родос». Впоследствии на могиле защитника Родоса великого магистра Вилье де л’Илль – Адама высекли надпись: «Здесь покоится Доблесть – победительница счастья».
24 марта 1530 года император Карл V подписал указ, по которому острова Мальта, Гоццо и Комино, а также стратегический город Триполи на северном побережье Африки передавался Ордену иоаннитов в виде дворянского свободного лена – feudum perpetuum, nobile, liberum, fransum. Лен условно подчинялся вице-королю Сицилии. 25 апреля 1530 года грамоту утвердил римский папа. Верховная власть иоаннитов на Мальте была признана всеми христианскими странами, поддерживавшими с орденом дипломатические отношения.
По договору иоаннитские рыцари должны были охранять от постоянных набегов тунисских пиратов южное побережье Франции и Италии. Орден стал именовать себя «сувереном Мальты». Великий магистр на Мальте имел титул: «Преимущественное Величество». Он являлся правящим государем, ему подчинялись все восемь «языков» – наций. Язык ордена составляли кавалеры Большого Креста, командоры и простые рыцари одного государства, образовывавшие великое приорство того же государства. Каждое приорство было разделено на бальи, или судебные округа, также состоящие из командорств. Судьи – бальи делились на бальи капитулярные, монастырские и по милости. В каждом орденском приорстве была своя казна, деньги в которую собирались в сборных пунктах, располагавшихся на торговых путях, и направлялись в резиденцию ордена.
Флот иоаннитов три раза в год выходил в крейсерское плавание в открытое море из Большой Мальтийской гавани, обычно закрытой железной цепью. Борьба рыцарей с пиратами принесла рыцарскому флоту европейскую славу. Рыцари освобождали тысячи христианских пленников, захватывали сотни пушек и галер. В 1547 и 1551 годах турецкий десант пытался высадиться на Мальте, но был сброшен в море. У входа в гавань Мальты рыцари выстроили форты Сент-Эльмо и Сан-Анжело, форт Сан-Микаэль. Триполи большая турецкая армия все-таки взяла, и его отбить не удалось.
В августе 1557 года великим магистром ордена иоаннитов стал гасконец Жан Паризо де ла Валетт, в тридцатилетнем возрасте участвовавший в защите Родоса от армии турецкого султана Сулеймана.
18 мая 1565 года тридцатитысячная турецкая армия, состоявшая только из янычар, под командованием сераскера Мустафы-паши, штурмовавшего Родос в 1522 году, высадилась на Мальте. У великого магистра было 600 орденских рыцарей и 7 000 солдат. Чуть позже из Сицилии удалось перебросить на Мальту около пятидесяти рыцарей и тысячу испанских аркебузиров.
Форт Сет-Эльмо защищали 120 рыцарей и рота испанцев – турецкий штурм Мальты начался с него. За месяц боев, в которых погиб почти весь гарнизон, сократив янычар на 10 000.