Дело в том, что Северная и Южная дирекции соперничали, ссорились между собой. «Северянин» Миклухо из-за чего-то крупно поспорил с «южанином» Крафтом, человеком, который был лицом так похож на Наполеона, что все этому изумлялись. Из-за ссоры с двойником Бонапарта капитана Миклуху уволили с участка. Года два подряд сидел он в боровичской усадьбе, где подрастал его четырехлетний сын Николай. 20 июня 1852 года из канцелярии Клейнмихеля вышел приказ № 116 – о разделении железной дороги на отделения и дистанции. Миклухо назначался начальником IV отделения и получал в свое ведение отрезок пути в сто пятьдесят две версты – между Спировской и Клином, с такой крупной станцией, как Тверь. Шестилетний Маклай мог помнить многие события на железной дороге – пробный перевоз пехотной дивизии из Петербурга в Москву, проезд царской семьи, осмотр линии грозным Клейнмихелем... Это были такие времена, когда свистки первых паровозов пугали тверских и валдайских лосей, рабочие ловили филинов и орлов недалеко от насыпи дороги.
В 1857 году капитан Миклухо умер. Будущий исследователь Океании после смерти отца поступил в «школу св. Анны» в Петербурге, но через год уже носил на фуражке серебряные гимназические веточки. Не закончив курса Санкт-Петербургской второй классической гимназии, Миклухо-Маклай определился в университет, на физико-математический факультет, по отделению естественных наук. В стенах университета Миклухо-Маклай пробыл недолго: в 1864 году юный Маклай был исключен из списков вольнослушателей, и обер-полицмейстер столицы предложил университетскому начальству выдать Маклаю обратно метрику, копию формулярного списка его отца и бумагу о дворянском достоинстве. Чем это было вызвано, неизвестно. В архивах сохранилась лишь справка о том, что Маклай «...неоднократно нарушал во время нахождения в здании университета правила, установленные для этих лиц» (то есть для вольнослушателей)...
Возвратив Маклаю бумаги, университетское начальство взяло с него подписку в том, что он не будет больше посещать университет.
С этого времени и начинаются странствия Николая Миклухо-Маклая по земному шару.
Он уехал в Гейдельберг и поступил в знаменитый университет. Числясь на философском факультете, он также слушал лекции и других выдающихся профессоров Гейдельберга. Среди них был Герман Гельмгольц, медик и гениальный физик. В Гейдельберге читали лекции и знаменитый юрист Иоганн Блунчли, веривший в то, что со временем все человечество создаст единое всемирное государство, и великий физик Бунзен.
Два года прожил Миклухо-Маклай в Гейдельберге, потом он переселился в Лейпциг, где мы видим его на медицинском факультете. Но непоседливый юноша из Лейпцига перекочевал в Йену, где в то время читал лекции Эрнст Геккель, знаменитый естествоиспытатель. Геккель был погружен в изучение простейших беспозвоночных, губок, полипов, медуз, местом его работы были остров Гельголанд, Ницца, Мессина, Неаполь. Ему принадлежала идея изучения животных моря на морском берегу, и Маклай, организуя впоследствии морские биологические станции, делал это, помня заветы Геккеля. Лучший знаток жизни лучистых, Эрнст Геккель был убежденным дарвинистом.
В 1866 году Геккель подарил миру «Общую морфологию организмов», сделавшую имя его бессмертным. И в том же году Николай Миклухо-Маклай был приглашен Геккелем в большое путешествие. Они побывали на острове Мадейра в Атлантическом океане, где Миклухо-Маклай впервые увидел апельсиновые рощи, драконовые деревья, уступы береговых скал и морские просторы. Волшебная нить странствий впервые привела Миклухо-Маклая на просторы океана.