Примерно в то же время Шри Ауробиндо, принявший решение возглавить бенгальскую газету "Нава Шакти", переехал из дома на Скоттс-лейн вместе с женой и сестрой в квартиру в том же доме, где располагалась газета и где, не успев приступить к своей новой работе, ранним утром был разбужен ворвавшимися в комнаты вооруженными полицейскими и арестован. Его отвезли в полицейский участок, а оттуда в тюрьму в Алипоре , где он провел год, в течение которого шло сначала следствие, а затем судебное разбирательство в алипорском суде. Поначалу его содержали в одиночке, затем перевели в общую камеру, где он находился вместе с другими арестованными, проходившими по тому же делу, однако там они находились недолго, так как вскоре в тюрьме был убит представитель тюремной администрации, всех заключенных перевели в одиночные камеры, и они встречались только в суде или на ежедневной прогулке, где им запрещалось вступать в разговоры друг с другом. С большинством своих товарищей, проходивших по тому же делу, Шри Ауробиндо познакомился примерно через полгода. В тюрьме он почти все время читал "Гиту" и "Упанишады", активно медитировал и занимался йогой, даже в общей камере, где не имел возможности уединиться и научился медитировать среди болтовни, смеха и шума; но в одиночной камере у него были все условия, и он воспользовался ими в полной мере. В ходе процесса в суде обвиняемых держали в одной большой клетке, а он продолжал медитировать, почти не обращая внимания на обвинителя и почти не слушая свидетельские показания. Его защитником был Ч. Р. Дас, известный адвокат, сочувствовавший идеям Националистической партии и взявшийся вести это дело, хотя ради него ему пришлось на несколько месяцев оставить всю свою обширную практику. Шри Ауробиндо доверял ему полностью и ни о чем не беспокоился, так как внутренне уже знал, что будет оправдан. За время своего заключения он радикально изменил свою позицию; раньше он занимался йогой исключительно для того, чтобы использовать духовную силу, энергию и божественное руководство для свершения мирских дел. Однако в тюрьме внутренняя духовная энергия, поток которой всё нарастал, и процесс духовной реализации захватили его целиком, а его прежняя работа стала частью и результатом этого процесса, обозначив для него дело освобождения его страны как составную часть той цели, какая ранее если и открывалась ему, то лишь мимолетно, и была много шире, поскольку имела всемирное значение и касалась будущего всего человечества.
Выйдя из тюрьмы, Шри Ауробиндо обнаружил, что расстановка политических сил в стране серьезно изменилась: большая часть лидеров радикальной партии находились либо в тюрьме, либо в добровольном изгнании, кругом царили всеобщее разочарование и подавленность, но тем не менее дух свободомыслия не был искоренен. Шри Ауробиндо решил продолжать борьбу; он созывал еженедельные митинги в Калькутте, но если до тюрьмы на них собирались тысячи людей, то теперь приходили хорошо если сотни, в них и вполовину не чувствовалось того подъема, какой был раньше. Шри Ауробиндо также ездил с агитационными выступлениями в отдаленные места провинции и однажды в Уттарпаре произнес речь, где впервые публично рассказал о своей йоге и духовном опыте. Примерно в то же время он начал выпускать два еженедельника, "Карма-йогин" и "Дхарма", один на английском, другой на бенгали, которые получили довольно широкое хождение и, в отличие от "Банде Матарам", неплохо окупались. В 1909 г. Шри Ауробиндо выступал на конференции провинциальных партий в Барисале, поскольку в Бенгалии благодаря договоренностям, достигнутым в Хугли, две партии не разошлись окончательно и вместе участвовали в конференции, хотя представитель радикалов не мог принять участие в сессии Центрального комитета умеренных, занявших место в Конгрессе. Сурендранат Банерджи тогда частным порядком устроил встречу, куда кроме Шри Ауробиндо приехали еще несколько лидеров радикалов, чтобы обсудить проект объединения двух партий на сессии в Бенаресе и дать совместный отпор преобладавшему тогда в Конгрессе правому крылу умеренных. Шри Ауробиндо принял участие в той встрече, поскольку намеревался возглавить единую партию Бенгалии, объединившейся под началом сильной радикальной партии, крепкой, как правая рука, но для этого нужно было бы сначала добиться того, чтобы радикалы попали в число делегатов Конгресса, которые, по условиям, навязанным в Сурате, назначались умеренными. Шри Ауробиндо отказался пойти на такой компромисс и потребовал изменения в пунктах, касавшихся отбора депутатов, так чтобы вновь сформированные фракции имели бы право самостоятельно выбирать своих депутатов и в этом случае радикалы также получали бы возможность послать своих независимых представителей на всеиндийскую сессию Конгресса. Переговоры по этому пункту потерпели неудачу. Шри Ауробиндо пытался найти способ возродить национальное движение в сложившихся обстоятельствах. Он рассматривал даже такой вариант, как возможное возрождение движения за гомруль , к которому тогда власти не смогли бы предъявить претензий (позднее эта идея была реализована Анни Безант ), хотя этот путь означал бы отступление и отход от идеалов независимости. Также он продумывал метод организации широкого движения бойкота и мирного сопротивления, впоследствии подхваченный Ганди. Однако Шри Ауробиндо понимал, что сам не может стать лидером такого движения.
Он никогда не желал иметь ничего общего с бутафорскими реформами, которые в то время только и могли предложить британские власти. Шри Ауробиндо всегда стоял на одних позициях, отраженных в лозунге: "Никаких компромиссов", или, как сформулировал он в своем "Открытом письме к моим соотечественникам", напечатанном в "Карма-йогине": "Никакого сотрудничества без контроля народа". С его точки зрения предложения, которые тогда внесло на рассмотрение Британское правительство в Индии, можно было рассматривать только при условии реального политического, административного и финансового контроля со стороны выбранных народом министров. Однако об этом нечего было и мечтать вплоть до внесенного в Парламент предложения Монтегю , где впервые зашла речь о чем-то подобном. Шри Ауробиндо понимал, что рано или поздно Британскому правительству придется пойти на уступки национально-освободительному движению, однако ускорить этот момент не мог. Реформы Монтегю начали проводиться в жизнь через девять лет после отъезда Шри Ауробиндо в Пондичери, который к тому времени отказался от политической деятельности, посвятив себя духовному труду, оказывая только духовное влияние на движение в Индии до тех пор, пока с приездом Криппса не сбылись предсказанные им переговоры между Британским правительством и лидерами Конгресса и не произошли последовавшие за ними события.