Как толкователь Писания, блж. Феодорит вовсе не стремился к оригинальности в своей экзегетической деятельности, но смиренно занимался собственным осмыслением и ясным изложением достигнутого до него. В предисловии к Толкованию Посланий апостола Павла блж. Феодорит пишет: "Посему-то, испросив подать мне луч духовного света, осмелюсь на истолкование, а пособия к тому соберу у блаженных отцов… ничего нет неприличного и нам, как комарам вместе с оными пчелами, пожужжать на лугах апостольских". Кого же блж. Феодорит именует "пчелами на лугах апостольских"? Экзегетическими источниками для написания "Толкований", как наглядно показывает исследователь Ж-Н. Гино, служат прежде всего толкования на эти Послания экзегетов антиохийской традиции: свт. Иоанна Златоуста, Феодора Мопсуестийского, Севериана Габальского и Диодора Тарсского. Ж.-Н. Гино нашел около 45 случаев цитирования этих авторов. Впрочем, стоит отметить, что на них Феодорит прямо не ссылается и по имени не называет, а говорит "некоторые", "иные" и т. п. Однако при своей упомянутой скромности и "неоригинальности" блж. Феодорит отнюдь не следовал рабски своим предшественникам. Иногда с их толкованиями он не соглашается, предпочитая кого-то из них отдельно или высказывая собственный взгляд. По мнению прот. Георгия Флоровского, "в своих толкованиях Феодорит опирался на предшествующих экзегетов и многим обязан им. Вместе с тем он оставался самостоятелен и умело сочетал правду Александрийской и Антиохийской школ. В этом отношении он близок к Златоусту, за которым прямо следовал в толкованиях Посланий апостола Павла". Стоит отметить, что иногда блж. Феодорит не совпадает в некоторых частных вопросах толкования и с самим Златоустом. Как пишет Й. Кастен, "хотя Феодорит не претендовал на оригинальность, его экзегетические произведения находятся в числе ярчайших образцов Антиохийской школы и замечательны сочетанием лаконичности и ясности. В толковании Священного Писания он следует средним курсом, избегая радикализма Феодора Мопсуестийского и его неумеренного буквализма и допуская аллегорическое и типологическое толкование тогда, когда оно является предпочтительным".
Известно, что антиохийская традиция толкования Писания с особым вниманием относилась к буквальному смыслу текста в противоположность александрийской традиции, позволявшей себе поиск высшего – иносказательного смысла Писания и потому допускавшей некоторое "пренебрежение" буквой. Прот. Георгий Флоровский в свойственной ему яркой и лаконичной манере передает экзегетическую стратегию епископа Кирского: как подлинный антиохиец, "в своих толкованиях Феодорит опирается на историко-грамматический анализ текста, останавливается прежде всего на его буквальном смысле. При этом принимает в расчет разночтения греческого текста, нередко обращается и к еврейскому… К крайностям аллегоризма Феодорит относится резко, в аллегорических объяснениях он видит "басни неразумных", "бред упившихся старух", "вымыслы суесловов". Задачу истолкователя он полагает в том, чтобы "проникнуть в тайны Всесвятого Духа", и для этого нужно озарение свыше – беспокойное воображение здесь ни к чему. Но Феодорит не останавливается на "простой букве", не отказывается в потребных случаях погружаться в глубину и улавливать "сокровенный бисер разумения"". Нужно отметить, что Феодорит в целом остался верен историко-грамматическому методу своей школы. Как и его антиохийские предшественники, он "прежде всего фокусирует внимание на букве текста, пунктуации, даже на ударениях, на организации стихов и их соединении, стилистической интонации автора, временах глаголов, предлогах и т. п.".
Если говорить об экзегетическом методе собственно блж. Феодорита более подробно, то "он всегда стремится к исключительной простоте и ясности", лаконичности. Так, например, задачей толкователя является установление точной последовательности написания различных книг определенным библейским автором, которого Дух вдохновлял на написание этих книг. Так, Феодорит много места уделяет установлению хронологического порядка псалмов Давида в "Толковании на Псалмы" и Посланий апостола Павла в предлагаемом комментарии (с. 40–45), так как в истории этот порядок мог смешаться. Кроме того, упомянутая выше "симфония Писания" проявляется также в возможности объяснять те или иные трудные места библейского текста с помощью проясняющих смысл параллельных мест.
Однако, как было уже отмечено выше, блж. Феодорит не замыкается исключительно в рамках традиции своей школы, но внимательно относится и к достижениям традиции александрийской с ее иносказательным толкованием. Главным иносказательным методом у него выступает типология. "И хотя из Нового Завета он истолковал только Послания апостола Павла, его герменевтический подход такой же, [как и к Ветхому Завету,] делающий особый акцент на единстве двух Заветов. Ветхий Завет служит образом (τυπος) Нового Завета. В Ветхом Завете предвозвещались блага надежды (ελπιζομενα αγαϑα), которыми мы обладаем сейчас как уже исполнившимся фактом". Посему Ветхий Завет нужно рассматривать в свете Нового Завета как исполнения первого. По словам блж. Феодорита, "Закон был для нас путеводителем ко Владыке Христу. Посему верующий во Владыку Христа исполняет назначение Закона" (с. 113). Кирский архипастырь-экзегет выстраивает следующую иерархию в понимании соотношения ветхозаветной и новозаветной реальностей: "Тело же Христово, то есть евангельское житие, представляет собою тело, а Закон – тень, тень же при появлении света предшествует телу. А как Закон – тень, Благодать – тело, Владыка же Христос – Свет" (с. 486). Ветхий Завет и его события есть прообраз, а Новый с его событиями и жизнь Церкви – истина. "В намерении указать прообразы наших тайн представляем на средину агнца и кровь, которою помазуются дверные косяки (Исх. 12, 22–23), переход через море (Исх. 14, 22), течение [воды] из камня (Исх. 17, 6), подаяние манны (Исх. 16, 11–22) и тысячи подобных событий, – и сими прообразами доказываем истину" (с. 199), то есть тайну Вочеловечения Бога. Этому принципу подчинены и новозаветные книги. Так, в Толковании на Послание к Римлянам блж. Феодорит говорит о цели Послания: "В сем Послании божественный Апостол излагает различное всякого рода учение, но цель Послания следующая: показать, что тайна Божественного Вочеловечения досточтима и особенно достопоклоняема для уверовавших искренно, ибо очевидным образом научает нас Божию человеколюбию" (с. 46).
Впрочем, несмотря на то что Ветхий Завет есть лишь тень в сравнении с Новым, тем не менее и он – также Откровение Божие и духовен, вопреки мнениям гностиков: "Мы имеем свидетельство Ветхого Завета и им подтверждаем Завет Новый, потому что и Ветхий духовен" (с. 199).