Обобщающим суждением по вопросу о времени получения автокефалии Грузинской Церкви является также и мнение Католикоса-Патриарха Илии: "Автокефалия – это сложный вопрос и требует большой кропотливой работы с рукописями, большая часть которых еще не издана… История Грузинской Церкви говорит о том, что официальный акт дарования Грузинской Церкви автокефалии относится к середине V века, ко времени первосвятительства Антиохийского Патриарха Петра II (Кнафея) и грузинского Католикоса-Архиепископа Петра I. Конечно, Антиохийская Церковь не могла сразу же даровать все права Грузинской Автокефальной Церкви. Были поставлены условия: поминовение на богослужениях имени Антиохийского Патриарха, ежегодная материальная подать от Грузинской Церкви, взятие из Антиохии святого мира и др. Все эти вопросы были разрешены в последующие времена. Поэтому историки и расходятся в своих мнениях относительно времени дарования автокефалии".
Естественно полагать, что со времени автокефального существования Иверская Церковь, возглавляемая и руководимая грузинами, должна была вступить в фазу постепенного благоустройства. Однако этого не произошло, так как Грузия была вынуждена уже на заре своей самостоятельной церковной жизни начать многовековую кровопролитную борьбу с исламом, носителем которого выступили прежде всего арабы.
В VIII веке вся страна подверглась страшному опустошению со стороны арабов во главе с Мурваном. Владетели Восточной Имеретии Аргветские князья Давид и Константин мужественно встретили передовые отряды Мурвана и одержали было над ним победу. Но Мурван двинул на них все свои силы. После битвы отважные князья были взяты в плен, подвергнуты жестоким пыткам и сброшены со скалы в реку Рион (память 2/15 октября).
К X столетию в ряде мест Грузии, но не среди самих грузин был насажден ислам. В XI веке в Грузию вторглись несметные полчища турок-сельджуков, уничтожавших на своем пути храмы, монастыри, поселения и самих православных грузин.
Положение Иверской Церкви изменилось лишь со вступлением на царский трон Давида IV Строителя (1089–1125), умного, просвещенного и богобоязненного правителя. Давид IV приводил в порядок церковную жизнь, строил храмы, обители. В 1103 году он созвал Собор, на котором было утверждено православное исповедание веры и приняты каноны, касавшиеся поведения христиан.
В личной жизни, по свидетельству грузинских летописей, царь Давид отличался высоким христианским благочестием. Его любимым занятием было чтение книг духовного содержания. Со Святым Евангелием он никогда не расставался. Грузины с благоговением похоронили своего благочестивого царя в созданной им Гелатской обители.
Зенитом славы Грузии был век знаменитой правнучки царя Давида святой царицы Тамары (1184–1213). Она смогла не только сохранить то, что было при ее предшественниках, но и расширить свою державу от Черного моря до Каспийского. Легендарные сказания Грузии приписывают Тамаре почти все замечательные памятники прошлого своего народа, в том числе многие башни и церкви на вершинах гор. При ней в стране появилось большое число просвещенных людей, ораторов, богословов, философов, историков, художников и поэтов. Были переведены на грузинский язык сочинения духовного, философского и литературного содержания. Однако с кончиной царицы Тамары все изменилось – она как бы унесла с собой в могилу счастливые годы своей родины.
Грозой для Грузии стали монголо-татары, особенно после того как они приняли мусульманство. В 1387 году в Карталинию вступил Тамерлан, принеся с собой разрушение и опустошение. Вслед за монголами страдания грузинам, разорение святынь их Церкви и насильственное обращение народов Кавказа в мусульманство принесли турки-османы. Доминиканец Иоанн Луккский, посетивший около 1637 года Кавказ, так отзывался о жизни его народов: "Черкесы говорят по-черкесски и по-турецки; некоторые из них магометане, другие греческого вероисповедания. Но магометан более… С каждым днем число мусульман возрастает".
Длинный ряд бедствий, перенесенных Грузией за ее полуторатысячелетнюю историю, закончился разорительным нашествием в 1795 году персидского шаха Ага-Мохаммеда. Среди других жестокостей шах приказал в день Воздвижения Креста Господня схватить всех духовных лиц Тифлиса и бросить с высокого берега в реку Куру. По жестокости эта казнь равна кровавой расправе, учиненной в 1617 году, в пасхальную ночь, над Гареджийскими иноками: по приказанию персидского шаха Аббаса в течение нескольких мгновений было зарублено шесть тысяч иноков.
В бедственные для Иверии времена заступниками простых людей выступили иноки и белое духовенство, сильные верой и надеждой на Бога, сами вышедшие из недр грузинского народа. Жертвуя жизнью, они мужественно отстаивали интересы своего народа. Когда, например, вторгшиеся в пределы Грузии турки схватили в Квельте священника Феодора и под угрозой смерти потребовали от него, чтобы он указал им место, где находится грузинский царь, этот грузинский Сусанин решил: "Не пожертвую вечной жизнью ради временной, не буду предателем царя" – и завел врагов в непроходимые горные дебри.
Другой пример смелого заступничества за свой народ перед мусульманскими поработителями явил своим поступком Католикос Доментий (XVIII). Побуждаемый глубокой любовью к святой православной вере и к своему отечеству, он явился к турецкому султану в Константинополь со смелым ходатайством за свою Церковь и за свой народ. Мужественный защитник был оклеветан при султанском дворе, отправлен в ссылку на один из греческих островов, где и скончался.
Но арабы, турки и персы наносили православной Грузии главным образом физические удары. В это же время ей угрожала опасность и с другой стороны – со стороны католических миссионеров, поставивших целью обращение грузин в католичество и подчинение их папе Римскому.
Начиная с XIII века – со дня присылки в Грузию папой Григорием IX доминиканских монахов в ответ на просьбу царицы Русудан (дочери царицы Тамары) оказать военную помощь в борьбе с монголами – вплоть до первых десятилетий XX ве ка в Грузии проводилась настойчивая католическая пропаганда. Папы – Николай IV, Александр VI, Урбан VIII и другие – присылали к грузинским царям, митрополитам и вельможам разные увещевательные послания, домогаясь как-нибудь склонить грузин к своему вероисповеданию. Папа Евгений IV уже окончательно мнил осуществить на Флорентийском Соборе (1438–1445) желание Римских первосвященников, употребляя самые сильные убеждения над грузинским митрополитом; но все покушения католиков убедить грузин признать их вероисповедание были тщетны.
Даже в 1920 году в Тифлис прибыл представитель Католической Церкви, который предложил Католикосу Леониду принять главенство папы. Несмотря на то что его предложение было отвергнуто, в 1921 году Ватикан в качестве своего представителя для Кавказа и Крыма назначил епископа Мориондо. В конце того же года Рим на эту должность назначил епископа Сметса. Вместе с ним в Грузию прибыло большое число иезуитов, которые бродили по древней стране, рекомендуя себя в качестве археологов и палеографов, но на самом деле стараясь найти благоприятную почву для распространения идей папизма. Попытки Ватикана и на этот раз закончились безуспешно. В 1924 году епископ Сметс покинул Тифлис и уехал в Рим.
Нарушением порядка церковной жизни явилось и учреждение в XIV столетии в Грузии двух католикосатов в связи с разделением страны на два царства – Восточное и Западное. Один из Католикосов имел свою резиденцию в Мцхете при соборе Свети-Цховели и назывался Карталинским, Кахетинским и Тифлисским, а другой – сначала в Бичвинте (в Абхазии) при Богородицком соборе, воздвигнутом в VI ве ке императором Юстинианом, а затем, с 1657 года, в Кутаиси и назывался сначала (с 1455 г.) Абхазским и Имеретинским, а после 1657 года – Имеретинским и Абхазским. Когда в 1783 году царь Карталинский и Кахетинский Ираклий II формально признал покровительство России над Грузией, Имеретино-Абхазский Католикос Максим (Максиме II) удалился в Киев, где в 1795 году скончался. Высшее управление Церковью Западной Грузии (Имеретией, Гурией, Мингрелией и Абхазией) перешло к Гаенатскому митрополиту.
Тяжелое положение православных грузин вынуждало их обращаться с просьбой о помощи к единоверной России. Начавшись в XV столетии, эти обращения не прекращались вплоть до присоединения Грузии к России. В ответ на просьбу последних царей – Георгия XII (1798–1800) в Восточной Грузии и Соломона II (1793–1811) в Западной – 12 сентября 1801 года императором Александром I был издан манифест, которым Грузия – сначала Восточная, а затем и Западная – была окончательно присоединена к России.
После воссоединения Грузии с Россией Грузинская Церковь вошла в состав Русской Православной Церкви на началах Экзархата. Вместо последнего Католикоса Иверии Антония II в 1811 году, согласно императорскому распоряжению, был назначен Экзарх Иверии, получивший право быть членом Святейшего Синода. Та к Грузинская Церковь вошла в прямую зависимость от Церкви Русской.
За время существования Грузинского Экзархата в его жизни произошли важные положительные явления. Так, в 1817 году была открыта Духовная семинария в Тифлисе. Эта семинария, выпуская из своих стен образованных пастырей для Экзархата и народных учителей для Грузии, принесла за годы своего существования немалую пользу. Из нее вышел известный историк-археолог Платон Иосселиан, обогативший церковно-историческую науку ценными трудами. В 1894 году была открыта Кутаисская Духовная семинария. Открывались также епархиальные женские училища и церковно-приходские школы, имевшие целью утверждение в народе православной веры и христианской нравственности.
В 60-х годах XIX века в течение нескольких лет при Экзархате издавался на грузинском языке журнал "Грузинский духовный вестник". "Прибавление" к нему печаталось на русском языке.