Положение на Афоне в 1900-е годы стало особенно тревожным ввиду общей напряженной обстановки в Македонии. Члены греческих вооруженных отрядов нередко находили убежище в монастырях Св. Горы; бывали и случаи хранения там оружия. На этом фоне неизбежным был дальнейший рост национализма и неприязни к русским монахам. Сбор информации по этому вопросу константинопольское посольство поручило Н. В. Кохманскому, который неоднократно ездил на Афон в 1906, 1907 и 1909 годах. Отношения греческих и русских монахов подробно представлены в отчете о поездке с 6 по 13 апреля 1906 г. Русские монахи обратились к Кохманскому с жалобами на греков, укрывающих революционеров. Поскольку эти жалобы не были подтверждены конкретными фактическими свидетельствами, то он решил обратиться за разъяснениями в Протат. Члены Протата не стали отрицать возможность подобных явлений, но заявили о том, что они приняли меры по проверке всех прибывающих на Афон мирян. Кохманский предостерег своих собеседников, что "если когда-нибудь будет доказано, что попавший в руки турецких властей политический преступник проник в Македонию с оружием через Афон ‹…› то положение и права Афона могут быть навсегда скомпрометированы". Одновременно он дал грекам понять, что посольство не будет ходатайствовать о защите прав монастырей перед турецкими властями, если оно не будет уверено в надежности состава сейменов (стражников). "Есть основание подозревать, что стражники нынешнего состава, коих по всей горе до 100 человек ‹…› во многих случаях если не содействуют, то укрывают грабителей и вообще среди обитателей Афона никаким доверием не пользуются".
Положение келлиотов и их постоянные конфликты с греческими монастырями явились главной темой донесения Н. В. Кохманского от 30 апреля 1906 г. "В преследованиях русских монахов Протат и греческие монастыри постоянно прикрываются строгими принципами основных законов Афонской горы, кстати сказать, нигде не записанных, а потому так легко приноравливаемых к случаю, как это удобнее", - писал он. Схема, по которой развивалось большинство конфликтов русских келлий с главным монастырем, была обычно одна и та же. Не понимая греческого языка, русские монахи платили искомую сумму за покупку келлии и при этом не вникали в содержание договора (омологии). Вскоре число русских монахов выходило за рамки указанного в омологии; соответственно возводились постройки, на которые не было получено разрешение монастыря. Греки пытались решить спорный вопрос силой, встречали отпор, затем жаловались каймакаму, который, будучи связан тем, что в подобных случаях вали вел переговоры с русским консульством, не предпринимал насильственных мер до судебного решения вопроса. На этом, как правило, насилия прекращались, но следовали жалобы монастырей и Протата патриарху.
Кохманский подробно излагает в этой связи историю келлии Воздвижения Креста, купленной в 1897 г. у Каракальского монастыря. Уплатив 300 лир за составление омологии, ее настоятель, иеросхимонах Пантелеймон через некоторое время счел ее условия стеснительными для себя и уплатил новую сумму за составление нового договора. Вскоре греки пожалели об ее выдаче, и это послужило причиной большого конфликта, закончившегося в 1905 г. кровопролитным столкновением.
Раздражение против о. Пантелеймона со стороны патриархии усугублялось еще и тем обстоятельством, что в 1903 г. он приобрел вблизи Иерусалима Лавру Св. Харитона. Приобретение монастыря Св. Харитона поддерживалось русскими дипломатическими представителями, так как оно не только укрепляло русское влияние на Востоке, но и способствовало борьбе с католической пропагандой в Палестине. Покупка совершалась с согласия Иерусалимского патриарха Дамиана. Последнее обстоятельство вменялось в вину о. Пантелеймону, так как ставило его в зависимость сразу от двух престолов. Благоприятный исход дела Крестовоздвиженской келлии Кохманский считал особенно важным: "Ввиду того, что разрешение данного дела в изложенном смысле могло бы иметь большое принципиальное значение вообще для престижа русских учреждений на Афоне и произвело бы соответствующее впечатление на Протат для будущих случаев раздоров между греческими монастырями и нашими келлиями, я счел долгом изложить в подробностях обстоятельства, в коих находится названная Крестовоздвиженская келлия, и позволяю себе ходатайствовать перед Вашим Высокопревосходительством о поддержании перед Св. Престолом справедливых прав этой русской обители, которая лично известна патриарху Иоакиму III за время его пребывания на Афоне в Милопотаме", - писал он послу.
В защиту келлиотов Кохманский выступил и при разговорах с епитропами Иверского монастыря. Он указывал им на несправедливое отношение к монахам келлий Положения пояса Богородицы и келлии Св. Петра и Онуфрия. Выдача задержанных денег из доходов от бессарабских имений могла осуществиться только после определенных уступок в пользу русских монахов. Поскольку епитропы ничего определенного не высказали, Кохманский "полагал бы, что в деле высылки монастырю денег будет полезным ожидать хотя бы некоторых осязательных доказательств в уступчивости в удовлетворении нужд русских келлий".
В 1896 г. на Афоне было образовано "Братство русских обителей (келлий)". Целью его создания была прежде всего защита русских насельников от вмешательства греков в дела келлий. Предполагалась также организация школ и больниц для монахов, материальная взаимопомощь келлиотов. Создание братства было поддержано настоятелем посольской церкви в Константинополе архим. Ионой (Вуколовым). Сочувствуя этому объединению в целом, Кохманский не скрывает и трудностей, которые перед ним возникали. "Для успеха этого предприятия в будущем им необходим в качестве председателя авторитет, стоящий выше всех их по своему положению, и особенно важно было бы, чтобы организация эта была официально признана нашим правительством, так как пока братство имеет характер частного учреждения без обязательного устава, большинство отдельных самостоятельных монахов относятся к нему с недоверчивостью", - писал он.
Постепенно Братство приобретало все больший авторитет; оно пользовалось поддержкой императорского дома и частных благотворителей. Духовное ведомство, однако, относилось к нему с большим подозрением. В марте 1903 г. Братство обратилось в Синод с просьбой об упорядочении пересылки денежных пожертвований на Афон. Поскольку на Св. Горе были келлии с одинаковыми названиями, то в тех случаях, когда на пожертвовании не указывалось имя настоятеля, при получении денег возникали недоразумения. Совет Братства предлагал пересылать пожертвования не через российское консульство в Фессалонике, а непосредственно "в помянутое Братство через доверенного инока, проживающего в Петербурге, а Братство уже будет распределять пожертвования между обителями полюбовно". Целью этого обращения определенно было стремление совета Братства освободиться от опеки дипломатии и ускорить получение денег, а также получить возможность распоряжаться получаемыми деньгами по своему усмотрению. Ответ Синода был, как и можно было ожидать, отрицательным: денежная корреспонденция, поступающая на одноименные обители без указания имени настоятеля, согласно отношению консула в Фессалонике Н. А. Иларионова от 14 мая 1902 г., распределяется между ними поровну; кроме того, устав Братства не утвержден никакой властью в России и в числе его состоят неблагонадежные келлиоты, которым запрещено получать из России пожертвования. Эти обстоятельства побудили Синод оставить прошение келлиотов без последствий.