Ташкентская городская больница
Святитель продолжил работать в местной больнице. Однако по доносу в ноябре ему запретили служить и проповедовать, а также оперировать в рясе. Епископ-хирург написал заявление об увольнении из Туруханской больницы. Здравотдел края вступился за ссыльного, но в декабре на него было заведено новое уголовное дело. Уполномоченный ГПУ вызвал его из больницы и сообщил, что он должен немедленно уехать в ссылку на Ледовитый океан и на сборы дается полчаса. В станке Плахино, состоящем из пяти изб, он жил в комнате, где вместо рам были снаружи приложены плоские льдины. В начале марта 1925 года ссылка на Ледовитый океан в Плахино преждевременно закончилась. Жители Туруханска устроили бунт после того, как в городской больнице погиб пациент. Туруханское начальство поспешило вернуть епископа-хирурга обратно.
Он продолжил свою работу врача, а в воскресные и праздничные дни служил и проповедовал в церкви, что стало поводом для нового ареста и обвинения в антисоветской деятельности.
И снова ссылка – из Туруханска в Красноярск.
В январе 1926 года епископ Лука вернулся из Красноярска в Ташкент, где он наконец встретился с детьми, стал работать в больнице и служить в церкви.
Однако протоиерей Андреев сумел восстановить против него Патриаршего Местоблюстителя Сергия и тот прислал предписание отправиться в Курскую область викарием, потом – в город Елец викарием
Орловского епископа, а после – в Ижевск. Митрополит Новгородский Арсений посоветовал святителю подать прошение об увольнении на покой. Епископ Лука, измученный ссылками и тюрьмами, последовал его совету в 1927 году, но позднее считал этот путь греховным.
23 апреля 1930 года В.Ф. Войно-Ясенецкого снова арестовали по сфабрикованному обвинению по делу профессора И.П. Михайловского, а на допросах потребовали отречения от священного сана. Тогда святитель объявил голодовку протеста. Епископ Лука голодал 40 дней, но это не возымело действия на работников ГПУ.
В марте 1931 года, узнав, что в Москве "Медгиз" приступил к изданию его книги "Очерки гнойной хирургии", святитель обратился к начальнику Секретного отдела ГПУ с просьбой дать ему возможность работать над книгой. В ответ начальник отдела вынес резолюцию: "Срочно отправить к месту ссылки".
Владыка попал в Котлас, в лагерь Макариха – один из самых страшных лагерей сталинского режима, где работал в лагерной больнице. В Макарихе свирепствовал сыпной тиф, и многих тогда спасли благословенные руки епископа Луки, его острый ум и христолюбивое сердце.
Затем последовала ссылка в Архангельск, во время которой святитель Лука диагностировал у себя опухоль, оказавшуюся доброкачественной, и обратился с просьбой к начальнику секретного отдела поехать для операции в Москву, но его направили в Ленинград.
В Ленинграде святитель встретился с митрополитом, а потом отправился в монастырский храм, где во время чтения Евангелия пережил мистическое откровение, воспринятое им как напоминание Господа об оставленном им пути служения.
Епископ Лука со своей паствой в Ташкенте
По возвращении в Архангельск его стали снова убеждать отречься от священного сана, обещали освободить и дать кафедру в Москве. Святитель отвечал, что сана епископа никогда не снимет.
В конце 1933 года его наконец освободили. Святитель снова попал в Ташкент и стал работать консультантом в Андижанской больнице. В августе 1934 года пришлось ехать в Москву для серьезного лечения глаза, были сделаны две операции, но произошла катастрофа поезда, в котором ехал сын Михаил. Святитель, не окончив лечение, отправился в Ленинград, чтобы помочь ему, и это привело к потери зрения левого глаза.
Осенью 1934 года вышла в свет книга святителя "Очерки гнойной хирургии", которая получила высокие оценки видных советских ученых, став путеводной нитью для врачей на много поколений вперед.
В 1935–1936 годы он жил в Ташкенте относительно спокойно, но душа его тосковала по церковному служению.
Когда же наступил 1937 год, вера его подверглась новым испытаниям, в которых святитель устоял. 23 июля 1937 года – снова арест. К нему дважды применяли пытку конвейером по 13 суток, у него начались галлюцинации, но он твердо отвечал следователям, что советская власть является его врагом постольку, поскольку она гонит Православную Церковь.
В областной тюрьме в очень тяжелых условиях он пробыл около восьми месяцев, продолжая помогать больным. Несмотря на пытки и допросы, нужных признаний от него не добились. Дело направили в Москву в Особое совещание.
13 февраля 1940 года НКВД принял постановление "сослать В.Ф. Войно-Ясенецкого в Красноярский край сроком на пять лет". В селе Большая Мурта, около 130 верст от Красноярска, он бедствовал без постоянной квартиры, еле ходил от слабости из-за плохого питания.
Когда началась война, епископ Лука сразу послал телеграмму на имя председателя Президиума Верховного Совета М.И. Калинина с просьбой прервать ссылку и направить его в госпиталь, так как он может оказать помощь воинам в условиях фронта или тыла, а по окончании войны выражал готовность вернуться в ссылку.
В июле в Большую Мурту был направлен главный хирург Красноярского края, который перевез святителя в Красноярск, где он проработал главным хирургом эвакогоспиталя 15–15 два года.
В 1942 году святителю разрешили поехать в Иркутск на совещание главных хирургов, где коллеги ему "устроили настоящий триумф", ведь в эти тяжелые годы он сделал несколько новых открытий. В 1943 году Священный Синод приравнял его лечение раненых к доблестному архиерейскому служению и возвел его в сан архиепископа, назначил архиепископом Красноярским.
В 1944 году святитель был назначен на Тамбовскую кафедру и переехал в Тамбов. Как главный хирург больницы, он курировал около 150 госпиталей, при этом находил время и силы принимать на дому тех, кто приехал к нему из дальних деревень за много километров.
В декабре архиепископ-хирург был награжден медалью "За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 годов", а в феврале 1946 года Патриарх всея Руси Алексий наградил святителя правом ношения бриллиантового креста на клобуке, высшей архиерейской наградой.
2 декабря 1946 года профессор Валентин Феликсович Войно-Ясенецкий за научную разработку новых хирургических методов лечения гнойных заболеваний и ранений был награжден Сталинской премией I степени. В 1946 году вышло второе издание "Очерков гнойной хирургии", восторженно встреченное медицинской общественностью.
В мае 1946 года архиепископ Лука был переведен в Крымскую епархию. В послевоенном Крыму его ждали неустроенность быта, нищета местного населения и множество сект. Но он мужественно продолжал свое служение, стараясь навести порядок в епархии.
Владыка Лука окончательно потерял зрение и мог передвигаться только с помощью близких
В это время зрение святителя Луки катастрофически ухудшилось. Он обращался для лечения в Институт глазных болезней в Москве, оперировался у Филатова, но это не дало положительного результата.
Поскольку ему запретили заниматься медицинской деятельностью в рясе, а снять ее он категорически отказался, его перестали приглашать для чтения докладов и лекций по медицине. Святитель посвятил почти все свое время благовестию Евангелия и ежедневно проповедовал в кафедральном соборе города Симферополя и приходских церквах.
Вопреки совету Патриарха Алексия архиепископ Лука не оставил медицину и занялся переизданием "Очерков гнойной хирургии" и "Регионарной анестезии".