В XVII в. параллельно с централизацией государственного управления происходит и централизация управления церковной собственностью, замыкающаяся на личность царя и великого князя. Это было связано как с неоправданно значимой ролью, каковой русский православный менталитет наградил личность монарха в жизни Церкви, так и с унаследованием царем ктиторских прав многочисленных Рюриковичей и репрессированных бояр. В особенной степени это касалось иконного убранства и литургических предметов, дефицит которых в разоренных Смутным временем храмах ощущался особенно остро. Из "стоящих без пения", "запустелых" и "бесприходных" церквей целые ризницы и иконостасы в 1620-е гг. передавались более счастливым соседям во "временное хранение". В 1625 г. в Александро-Свирский монастырь по царскому указу игуменом Феодоритом были перевезены 38 икон из пустующих храмов Новгорода, в частности образа из кремлевской церкви свв. Иоакима и Анны, хранившиеся в Софийском соборе. Особенно подчеркивался временный и ответственный характер их выдачи: "а как тех образов государь спросит и… игумену Феодориту с братией или хто в монастыре иный игумен и братья будут… те образы отдать, где им государь велит" . В 1643 г. царская грамота требует "сыскать" все богослужебное имущество, розданное из Иверского монастыря по другим обителям. В 1697 г. по указу митрополита Новгородского Евфимия иконостас из Никольской церкви в Неревском конце Новгорода был передан в храм св. Ильи Пророка на Славне "с роспиской".
Точно так же решалась судьба не только богослужебного имущества общины, но и всей недвижимости в целом. Спасский монастырь в Старой Руссе царской грамотой от 3 декабря 1655 г. был приписан к Иверскому монастырю "со всяким строением, с вотчинами и с всякими угодьями". Судя по всему, такое вынужденное объединение монашеских общин предполагало не столько изменение права собственности, сколько передачу этой собственности в "оперативное управление". Иверскому игумену было велено, дабы он "сыскал прежние отписные книги, что к тому монастырю изстари по нашим жалованным грамотам и писцовым книгам было". Имущество одного монастыря не растворялось в собственности другого. Совершенно очевидно, что факт пожертвования этих предметов на церковные нужды не должен отодвигать на второй план вопрос о праве собственности на них. Это допускало возможность отчуждения, трансформации и даже уничтожения церковной недвижимости, что доказывается практикой, предполагавшей снос обветшалых церквей и переплавку литургического имущества на государственные нужды.
Вынужденный снос и разборку храмов предполагало еще право эпохи императора Юстиниана Великого, хотя первый казус такого рода связывается агиографической письменностью с патриархом Каллиником († 705), от которого император Юстиниан II (685–695) потребовал благословить разборку Влахернского храма в Константинополе, мешавшего строительству нового дворца. Изначально патриарх отказывался, однако, в конце концов воскликнул: "Слава Тебе, Христе, терпящему всяческая!". Согласно тексту, стены храма пали сами собой. В России стены как падали от ветхости, так и разрушались сознательно. Окраины Смоленска уже в XIII в. украшали руины княжеских храмов, построенных менее чем за 100 лет до этого.
Опричнина и Смутное время также оставили следы храмовых запустений и разрушений. В 1698 г. опись Новгородского Вяжищского монастыря упоминает находившуюся в монастырском ведении каменную церковь свт. Николая на Яковлеве улице в Новгороде, стоящую без пения, у которой крыльцо и паперть за ветхостью "порассыпа-лись", а кровля "огнила" . Ветхость церкви с деревянной главой и каменной "шеей" заставила владельцев снять и то и другое, "чтоб сводов верхних и нижних не обрушило". Если ризница была передана в другой храм, то церковный архив оставался в церкви положенным в сундуке и "сомкнутым замком вислым немецким смычным". Ветхие иконы продолжали пребывать в церкви.
Начало новой волне обветшания храмов положила секуляризация 1764 г. Их снос происходил уже в XIX в. Традиционно материал, полученный при разборке, чаще всего употреблялся для нового церковного строительства, хотя известны случаи растаскивания его "православным народом" для своих нужд. Судя по всему, особого чина на снос и разборку храма так и не было создано, однако выработался определенный ритуал. 25 февраля 1900 г. Синод разрешил разобрать и перенести в Петербург "Суворовскую" церковь (1789) из с. Кончанское Новгородской губернии. 15 марта, после последней литургии, антиминс этого храма с крестным ходом был перенесен в ближайшую церковь, после чего был зачитан указ о перемещении храма. Разборка, начиная с креста на маковке, проходила под пение "Тебе, Бога, хвалим" и "Спаси, Господи, люди Твоя".
Итак, церковная собственность на Руси существовала, и ее существование не подвергалось сомнению Российском государством, о чем свидетельствуют все секуляризационные попытки 1503–1764 гг. Однако этими мероприятиями лишь непоследовательно ограничивались рост земельной собственности церкви и право распоряжения соответствующими доходами . Естественно, это вызывало сопротивление клира, достаточно вспомнить возникшее на Руси апокрифическое "Правило святых отец 165 на обидящих Божиа церкви" XVI в., но в целом не рассматривалось обществом как "гонение на Церковь". Отметим, что реформа 1764 г. представляла собой выкуп церковных земель со стороны государства. Епархии, монастыри и храмы, лишившиеся земли, были переведены на штатное денежное содержание от казны. Точно так же были осуществлены меры Петровского времени по секуляризации богослужебного имущества "для нужд обороны страны" в Северной войне и ликвидации ее последствий. 20 апреля 1722 г. вышел указ о привозе в Синод привесов и приношений с икон. При этом было указано "за курьезные вещи деньги дать достойно цены без удержания" . Стоит сравнить мероприятия XVIII в. с событиями диссолюции в Англии в 1535–1541 гг., ставшими ключевым мероприятием церковной реформы короля Генриха VIII. Острие компании было направлено на отчуждение храмовых ризниц как тезаврированного капитала, а также на изъятие свинцовых кровель и оконных переплетов, которые должны были быть обращены на пользу общества и государства, понятых как пользу Церкви.
Отметим, что ведомственная принадлежность храмов и их богослужебного имущества как следствие прав церковного владения, свято уважалась Империей. Так, 7 апреля 1883 г. Петропавловский собор в Санкт-Петербурге был переведен из епархиального ведомства в придворное, а 13 января 1894 г. то же самое было предпринято в отношении Архангельского собора в Московском Кремле. Такого рода передачи храмов в новое "оперативное управление" сопровождались передачей штатов, имуществ и капиталов, а из сметы Синода в смету придворного ведомства переносились все казенные суммы на содержание храма и жалование клира. Аналогичным образом храм Воскресения Христова в Петербурге был 9 марта 1908 г. передан из ведения Министерства Императорского двора в ведомство православного исповедания. Через два года предусматривался отчет представителей епархии в Государственной Думе. Также и Спасский Староярмарочный собор в Нижнем Новгороде, построенный в первой половине XIX в. за счет казны, управлялся губернатором и ярмарочной конторою, директор которой был одновременно и старостой, и выборным от купечества. Только 10 мая 1852 г. храм был переведен из губернского ведения в епархиальное подчинение.