Кроме дочерей от Нефертити Эхнатон имел одного или двух сыновей - то ли от второй жены, Кийи, то ли от собственной дочери Макетатон, которая умерла при родах вместе с ребенком, похороненным в царской гробнице. Подлинные обстоятельства смерти самого Эхнатона неизвестны. Непосредственной эфемерной преемницей Эхнатона стала женщина - возможно, его старшая дочь Меритатон. Либо она, либо вдова Тутанхамона Анхесенпаатон (скорее последняя, но об этом история умалчивает) обратилась к хеттскому царю Суппилулиумасу с просьбой предоставить ей супруга, потому что в Египте она никого найти не могла. Ее жених, царевич Заннанза, был убит по пути в Фивы, и из первой в истории Египта попытки получить фараона-иностранца с помощью дипломатического брака ничего не вышло. После короткого правления Семнехкара (1335–1332 гг. до н. э.) трон унаследовал девятилетний Тутанхатон - вероятнее всего, сын Эхнатона от Кийи. Для легализации прав на престол он объявил себя сыном Аменхотепа III и по обычаю женился на своей единокровной сестре, третьей дочери Эхнатона Анхесенпаатон, которая была намного старше его. В третий год своего царствования Тутанхатон переносит столицу в Мемфис, оставляет культ Атона и меняет свое имя на Тутанхамон, а имя царицы - на Анхесенамон. В надписях о деяниях Тутанхамона "амарнский период" назван "несчастным временем, когда от Египта отвернулись боги". Возможно, это было сделано с подачи высших чиновников, самыми влиятельными из которых были Эйе, "Отец Бога", ставший визирем и регентом (что указывает на его тесную связь с царской семьей), и главный военачальник Хоремхеб. Согласно новой религиозной доктрине (как и при Эхнатоне, являвшейся трансформацией существовавших к тому моменту верований), верховными богами Египта становятся Амон, Ра и Птах (позже к ним добавляется Сет); эта троица объявляется единосущей. Самым ранним свидетельством существования данной триады является надпись на трубе Тутанхамона, где перечислены три части армии, названные в честь этих богов. Видимо, в то время существенное сокращение пантеона было выгодно жрецам Амона, стремившимся избавиться от конкурентов. Впоследствии имя Эхнатона предается забвению и даже не включается в списки правивших в Египте царей".
Широко известен классический польский роман Болеслава Пруса "Фараон" (1897 г.), экранизированный в 1960-х годах Ежи Кавалеровичем. Реальные исторические события в этом романе (и фильме) сильно романтизированы, а Древний Египет больше напоминает Древний Рим в изображении Генрика Сенкевича, поэтому соотечественник знаменитого фараона Нагиб Махфуз имел полное право вернуться к данной теме, опираясь на достижения современной египтологии. Правда, белых пятен в истории Египта еще немало. Так, исследователи расходятся в ее периодизации и определении времени правления той или иной из тридцати трех династий фараонов. Дело в том, что фараоны в расчете на обряд Хеб-Седа, проводившийся в честь 25- или 30-летнего юбилея коронации и якобы возрождавший жизненные силы престарелого царя, стремились максимально увеличить формальный срок своего правления за счет предшественников и стирать надписи о них, сделанные на специальных памятниках; далеко не всегда это вызывалось ненавистью к предыдущему властителю и желанием вытравить о нем всякие воспоминания. Наличием подобных "купюр", а также тем, что в последние годы жизни фараоны обычно назначали наследников престола своими соправителями, и объясняются разночтения в датах правления того или иного царя.
Историки придерживаются разных мнений о том, кем были таинственные гиксосы, захватившие страну примерно в 1700 г. до н. э. и правившие в ней 160 лет, когда произошел исход евреев из Египта; и был ли потерян ритуал восшествия на престол нового властителя и его отождествления с богом Гором, в результате чего правители Египта утратили право именоваться царями и стали "просто" фараонами. Остаются неизвестными обстоятельства смерти Эхнатона, подлинное происхождение жены Эхнатона Нефертити и его легендарного преемника Тутанхамона.
Нагиб Махфуз берет на себя большую смелость, предлагая собственные решения этих спорных вопросов - например, изображая Нефертити дочерью мудрого жреца Эйе (будущего преемника Тутанхамона), самого Эйе - учителем юного Эхнатона (хотя известно, что наставником наследника престола был Аменхотеп, сын Хапу), а Семнехкара и Тутанхамона - близнецами, сыновьями Аменхотепа III и Тийи, младшими братьями Эхнатона. Умалчивает он и о том, что в действительности венценосные супруги расстались еще за пять лет до смерти фараона-реформатора, причем отнюдь не по желанию Нефертити; вероятнее всего, причиной развода была неспособность Нефертити родить Эхнатону сына. Вряд ли подданные Эхнатона, привыкшие обожествлять своих властителей, осуждали его за кровосмешение (они скорее удивились бы обратному). И презирать его как вырожденца они тоже не могли, поскольку печать вырождения носил на себе чуть ли не каждый второй фараон. А мысль о том, что Эхнатон был гермафродитом, могла прийти в голову только нашему современнику, видевшему его стилизованные изображения, в которых специально подчеркивались "женственные" мягкость и доброта нового фараона, разительно контрастировавшие с жестокостью и воинственностью его предшественников. При этом автора не смущает, что на парных скульптурных портретах работы мастера Тутмеса (ныне хранящихся в музеях Каира и Берлина) "чудовище" Эхнатон и "красавица" Нефертити похожи как брат с сестрой. Однако в целом версия, предложенная Махфузом, выглядит весьма правдоподобной и убедительной.
Действие романа происходит в конце царствования Тутанхамона; после смерти Эхнатона прошло много лет. Повествование ведется от лица некоего Мериамона, сына неназванного вельможи из Саиса. Вид заброшенного Ахетатона, "города еретика", вызывает у молодого человека жгучее любопытство и желание узнать правду о фараоне-реформаторе. С этой целью он опрашивает четырнадцать человек, среди которых есть как злейшие враги, так и преданные друзья и соратники покойного Эхнатона, в том числе его ссыльная вдова Нефертити. С мастерством, достойным нобелевского лауреата, Махфуз изображает осторожного мудреца Эйе, брызжущую ядом завистницу Тадухипу, великого архитектора Бека, тяжело переживающего гибель построенного им прекрасного города, "ястреба" и экстремиста жреца Тото… Естественно, их рассказы противоречивы (тот же прием использует Акутагава в "Расёмоне"); автор предлагает читателю делать выводы самостоятельно. Однако чтобы понять всю глубину конфликта, описанного в романе, необходимо иметь хотя бы приблизительное представление не только о Египте 14 века до нашей эры, но и о событиях, которые происходили до и после этого времени.