Новый этап в творчестве Пильняка совпал и с изменениями в личной жизни. Все эти годы Пильняк жил в Коломне, которая не раз была описана в его произведениях и постепенно стала в его творчестве образом провинции. Там он обзавелся семьей, там родились его дети Наташа и Андрей, там его застала всемирная известность. Но в 1924 году он расстается с женой М. А. Соколовой, покидает тихую Коломну и ее размеренный ритм жизни под бой колоколов соседствующей с его домом церкви "Николы-на-Посадьях", и перебирается в Москву. Вскоре он женится на актрисе Малого театра О. С. Щербиновской, колесит по стране и по миру, приобретает все большую известность и все большее количество нареканий со стороны критики в свой адрес. Его жизнь получает новую окраску и приобретает иной, суматошный для него ритм. Спасаясь от городской суеты, в июне 1924 года он отправляется на месяц в Шиханское лесничество на Волге, где в глуши лесов заканчивает работу над романом "Машины и волки", а в августе едет в Архангельск для пересадки на ледокол "Персей", отправляющийся в полярную экспедицию на Шпицберген. В 1925 году он путешествует по Мраморному, Эгейскому, Средиземному морям, посещает Константинополь, Пирей, Порт-Саид и описывает эту поездку в "Повести о ключах и глине" (1925). В феврале 1926 года Пильняк уже едет в Китай и Японию. И об этой поездке в том же году он пишет роман "Корни японского солнца" и повесть "Китайский дневник" (1927). Поездка оказалась плодотворной. В письме редактору газеты "Известий" И. И. Скворцову-Степанову (21 ноября 1926 г.) он писал:
"<…>Я выступал там, как представитель советской общественности, в Японии в честь меня был издан специальный номер "Ничирогейзуцу", я работал там над организацией Японо-Русского журнала, который не стоил бы нам ни копейки; в Китае я организовывал Китае-Русское Общество культурной связи, шанхайский толстый журнал "Южная Страна" предоставлял свои страницы для этого общества. Тот успех работы, который выпал мне, я ни в какой мере не приписываю себе, считая его успехом нашей общественности, представителем которой я был. Я приехал на родину, – и я оказываюсь в положении Хлестакова по отношению к Японии и Китаю, в положение Хлестакова ставя нашу литературу и общественность. Я не имею права не уважать своего труда – и я не имею права хлестаковствовать с нашей общественностью. В Японии я писал о России и русской, советской литературе в "Осака-Асахи-Шимбун", в крупнейшей газете с полуторамиллионным тиражом, и в социалистическом, крупнейшем журнале "Кайзо" <…>".
По возвращении в Москву он узнал, что вокруг его имени разразился скандал в связи с публикацией в пятом номере журнала "Новый мир" его "Повести непогашенной луны" (Новый мир. 1926. № 5). В персонажах повести командарма и "негорбящегося человека", толкнувшего во имя партии главного героя на операцию, приведшую последнего к смерти, – современники мгновенно разглядели их прототипов, Фрунзе и Сталина, а предисловие автора, призванное опровергнуть портретность, еще больше усилило ее. На догадки о прототипах наталкивало и посвящение повести А. Воронскому, другу М. В. Фрунзе. В этой повести Пильняк одним из первых обнажил нарождающийся механизм тоталитарного режима. Отвечая на нападки в свой адрес, Пильняк, тем не менее, продолжал защищать достоинство писателя и признавал себя виновным лишь "в бестактности". Несмотря на скандал с "Повестью непогашенной луны", Пильняк продолжал писать и публиковаться. Многие его произведения написаны по впечатлениям от поездок заграницу и по СССР. Чтобы понять происходящие у себя в стране процессы, Пильняк пытается их осознать и увидеть со стороны, на фоне мирового развития и цивилизации, на фоне древних культур других народов. Объективные сравнения автора жизни своей и других стран наводили на многие нежелательные размышления. Его репортажи и очерки регулярно появлялись в центральных газетах страны, так же как и бесконечное количество рассказов мелькало на страницах столичных журналов. В 1927 году появились книги "Заволочье", "Корни японского солнца", "Очередные повести", "Расплеснутое время", "Рассказы", "Рассказы с Востока". В 1929 и 1930 годах вышло его собрание сочинений в восьми томах.
В 1929 году вокруг его имени, и так не остающейся без внимания ревностных охранителей правительственной литературы, – разразился очередной скандал. Вместе с Е. Замятиным Пильняк был подвергнут широкомасштабной организованной травле, поводом для которой стала публикация в Берлине в издательстве "Петрополис", где печатались советские писатели, его повести "Красное дерево" и романа Е. Замятина "Мы". Пильняк в то время возглавлял Всероссийский Союз Писателей, и причина скандала заключалась в том, что полная централизация всех структур государства и общества, полным ходом шедшая в стране, коснулась и писательских организаций, которыми, в частности, руководили Пильняк и Замятин. Стройность идеологических рядов к этому времени становится важнейшей задачей лидеров страны.
В ответ на разгоревшуюся травлю 2 сентября Пильняк подал заявление о выходе из Союза писателей: "В Правление Всероссийского Союза Писателей от Б. Пильняка. Прошу не считать меня от сего числа членом Правления Союза писателей. Бор. Пильняк. 2 сент. 1929". В архиве Пильняка хранится и другой документ: "В Правление Моск<овского> отд<еления> Вс<ероссийского> Союза Писателей от Б. А. Пильняка и Б. Л. Пастернака. Просим от сего числа членами Союза нас не числить. 21 сент. 929 г. Б. Пастернак, Бор. Пильняк".
7 октября это же сделал Е. Замятин. В знак протеста против исключения из Союза Пильняка и Замятина и нападок на них из Союза вышла и Анна Ахматова.
Скандал разразился повсеместно, шел по нарастающей и закончился только в апреле 1931 г. Все это время повесть в 51 стандартную страницу упорно называлась "романом". В защиту Пильняка выступил М. Горький, который не раз критиковал творчество и общественное поведение писателя. Он не согласился с таким отношением к нему, которое "как бы уничтожает все его заслуги в области советской литературы": "Я всю жизнь боролся за осторожное отношение к человеку, и мне кажется, что борьба эта должна быть усилена в наше время и в нашей обстановке…". Статья Горького вызвала нападки на него самого. Однако он не отступил. В новом газетном выступлении "Все о том же" он высказался еще шире: "Кроме Пильняка, есть немало других литераторов, на чьих головах "единодушные" люди публично пробуют силу своих кулаков, стремясь убедить начальство в том, что именно они знают, как надо охранять идеологическую чистоту рабочего класса и девственность молодежи <…>".
К этому времени ситуация вокруг имени Пильняка сложилась таким образом, что он оказывается в роли вечно виноватого и ему приходится бороться за возможность публиковаться. Ему не остается места в стране. Работать, думать и жить становится все труднее. Все сильнее давит пресс диктатурного режима, все чаще ему приходится защищаться и обращаться напрямую к лидерам государства. Письма к Сталину и Кагановичу говорят о том, что и это он делал с достоинством уважающего себя и знающего себе цену писателя. Получив от Сталина разрешение на выезд, в 1931 году Пильняк уезжает в Америку, а затем в 1932 году – в Японию и пишет романы "О’кэй. Американский роман" и "Камни и корни".
В 1933 году Пильняк женится в третий раз на грузинской актрисе К. Г. Андроникашвили, в октябре 1934 года у него рождается младший сын Борис. Об этом периоде зрелости, новых надежд на будущее и о своей любви он пишет роман "Созревание плодов" (1935). Несмотря на его попытку в романе "Созревание плодов" взглянуть на социалистическое развитие как на процесс созидательный а полномасштабный, Пильняк так и не смог отвернуться от той России, которая никак не укладывалась в отведенные и определенные ей коммунистами рамки. В 1933 году Пильняк довольно точно выражает создавшуюся в стране ситуацию: "Я понял, что сейчас надо идти с большевиками, а если не пойдешь с большевиками, удочки надо сматывать, иначе ничего не получится".
И все-таки он до последней минуты, в ожидании ареста, не перестает повторять: "Я наблюдатель. Партия сама по себе, я сам по себе. В партии у меня есть знакомые и незнакомые".