Александр I, находившийся в 1-й армии, волей или неволей подменял Барклая-де-Толли, который в свою очередь не являлся главнокомандующим. Двусмысленность такого положения отмечал в своих записках государственный секретарь А. С. Шишков: "Государь говорит о Барклае как бы о главном распорядителе войск, а Барклай отзывается, что он только исполнитель его повелений. Могло ли такое разноречие между ними служить к благоустройству и пользе?"
Императору хотелось, возглавив всю армию, стяжать себе славу победителя Наполеона, но одновременно его мучили опасения, что победа окажется не на его стороне. Он так и не решился стать главнокомандующим, но и, что хуже всего, не назначил никого вместо себя.
Когда Барклай с присущей ему прямотой попросил Александра I назначить главнокомандующего, царь ушёл от прямого ответа, сказав, что, как военный министр, Барклай имеет право отдавать любые распоряжения от имени императора.
Вместе с тем по "Учреждению для управления большой действующей армией" император автоматически становился главнокомандующим, если от него не исходило каких-либо других распоряжений на этот счёт. А так как, приехав в Вильно, Александр никаких распоряжений о главнокомандующем не сделал, то, стало быть, он формально таковым и являлся. Более того, Александр I не однажды требовал присылать ему лично в Главную квартиру рапорты от командиров корпусов и командующих армиями, отдавал по ним приказы и распоряжения, противоречившие решениям Барклая. Так продолжалось до самого отъезда его в Москву 6 июля 1812 года.
Не раз Барклай испрашивал у царя высочайших повелений, когда речь шла о действиях войск, не входивших в состав 1-й армии. Всё это создавало атмосферу, способствовавшую подсиживанию одних военачальников другими, выгодную интриганам и карьеристам.
Положение осложнялось ещё и тем, что кроме императора старшим по должности по отношению к военному министру Барклаю-де-Толли был руководитель военного департамента Государственного совета Аракчеев. Наконец, Барклай, не облечённый званием главнокомандующего, был уязвим и в том отношении, что командующий 3-й армией генерал от кавалерии А. Г1. Томасов получил звание, равное званию генерала от инфантерии, какое носил Барклай, на восемь лет раньше последнего. А Багратион, командующий 2-й армией, стал генералом от инфантерии в один и тот же день, что и Барклай. По традиции же старшинство производства в один и тот же чин имело в русской армии большое значение и в офицерской и генеральской среде играло первостепенную роль, когда заходила речь о подчинении одного равного по званию военного другому.
Так что, несомненно Александр I оставался первым лицом в действующей армии, а вся ответственность из-за неопределённости ложилась на плечи командующего 1-й Западной армией Барклая-де-Толли.
Анализируя положение, создавшееся в начале июля на театре военных действий, царь писал председателю Комитета министров фельдмаршалу Н. И. Салтыкову: "Решиться на генеральное сражение столь же щекотливо, как и от оного отказаться. В том и другом случае можно легко открыть дорогу на Петербург, но, потеряв сражение, трудно будет исправиться для продолжения кампании... Единственно продолжением войны можно уповать с помощью Божиею перебороть его (Наполеона. - Примеч. авт.)"
К этому времени у Александра сложилось решение покинуть армию. Препоручая её Барклаю, царь исходил из того, что если Наполеон побьёт Барклая, то это будет воспринято гораздо спокойнее, чем если то же самое произойдёт с армией, когда во главе её будет он сам.
В окрестностях Полоцка Александр оставил армию. Единственным свидетелем прощания царя с Барклаем был майор Владимир Иванович Левенштерн. Вот как это было по его описанию: "Проведя с Барклаем около часа, император простился с ним и обнял его. Его величество был очень взволнован; я был в тот день дежурный и один присутствовал при этой сцене, которая глубоко растрогала меня.
Сев в дорожную коляску, император обернулся ещё раз и сказал Барклаю:
- Прощайте, генерал, ещё раз прощайте; надеюсь, до свидания. Поручаю вам свою армию; не забудьте, что у меня второй нет: эта мысль не должна покидать вас".
Решение Александра оставить армию возникло после того, как трое близких ему сановников - Аракчеев, Балашов и Шишков - написали ему письмо с просьбой оставить армию, ибо его пребывание на театре военных действий они считали небезопасным для Александра лично, хотя подразумевалась и скрытая его бесполезность для армии. Разумеется, в письме речь шла лишь о безопасности царя, а оценка его роли в руководстве армией опускалась. С просьбой и советом оставить армию обратилась к нему и его сестра Екатерина Павловна, которую Александр любил и уважал.
1 июля Александр прибыл в Москву и остановился в Кремле. На следующее утро он вышел на Красное крыльцо и был встречен приветственными кликами народа и звоном всех московских колоколов. Он слышал возгласы: "Веди нас, отец наш!", "Умрём или победим!", "Одолеем супостата!".
Александр с трудом прошествовал сквозь густые толпы народа к Успенскому собору. Свитские генералы сдерживали натиск толпы. Один из мещан, оказавшийся рядом с царём, сказал: "Не унывай, батюшка! Видишь, сколько нас в одной только Москве, а сколько же по всей-то России! Все умрём за тебя!"
После торжественного молебна в Успенском соборе Александр занялся мерами по консолидации всех сословий России в борьбе с иноземным нашествием. 15 июля провели собрание московских дворян и купцов. Дворяне обязались сдать в армию каждого десятого крепостного, а сами, кто был способен носить оружие, записывалась в ополчение. Купцы собрали за один день по подписке 2 400 000 рублей. (За всю войну 1812 года пожертвования московских купцов составили более 10 миллионов рублей).
Вечером, во время ужина в Слободском дворце, растроганный приёмом москвичей Александр I несколько раз повторил: "Этого дня я никогда не забуду!"
18 июля он писал адмиралу Чичагову: "Решившись продолжать войну до последней крайности, я должен был позаботиться о сборе новых сил в помощь действующим войскам. Поэтому я должен был провести несколько дней в заботах о средоточии империи, чтобы возбудить дух всех сословий и подготовить их в пользу святого дела, которое мы защищаем. Последствия превзошли мои ожидания: Смоленск дал мне 15 000 человек, Москва - 80 000, Калуга - 23 000. Каждый час я ожидаю донесений из других губерний..."
Находясь в Москве, Александр получил известие о заключении мирного договора с Англией, а ещё раньше - текст мирного договора с Турцией, подписанного в Бухаресте М. И. Кутузовым и уже ратифицированного султаном. Последнее событие изменило взгляды Александра на роль Дунайской армии. Его командующему адмиралу Чичагову он писал: "Переведите как можно скорее ваши войска через Днестр и следуйте на Дубну. Там подкрепит вас армия Томасова и корпус герцога Ришелье. Таким образом составится армия из 8 или 9 дивизий пехоты и 4 или 5 конницы, и вы будете в состоянии действовать наступательно, смотря по обстоятельствам, или на Пинск, или на Люблин и Варшаву. Такое движение может поставить Наполеона в затруднительное положение и может дать совершенно новое направление военным действиям".
Чичагов, получив письмо Александра, тотчас же двинулся на соединение с 3-й армией А. П. Томасова, находившейся в Приднестровье.
В ночь на 19 июля, пробыв в Москве восемнадцать дней, Александр выехал в Петербург. На сутки он остановился в Твери у великой княгини Екатерины Павловны, а 22 июля приехал в Петербург, где поселился во дворце на Каменном острове. Ежедневно он по многу часов занимался делами армии, по-прежнему отдавая распоряжения и Главной квартире, и части свиты, оставшейся при действующей армии.
Поездка по России встряхнула Александра и дала ему новые силы и убеждённость в том, что бороться с Наполеоном следует без всяких компромиссов и до конца. Об этом красноречиво свидетельствует его разговор с фрейлиной Р. С. Стурдзой, записанный ею по горячим следам. Александр сказал фрейлине:
- Мне жаль только, что я не могу, как бы ни желал, соответствовать преданности чудного народа.
- Как же это, государь? Я вас не понимаю, - возразила Струдза.
- Да, этому народу нужен вождь, способный его вести к победе; а я, по несчастью, не имею для того ни опытности, ни нужных дарований. Моя молодость протекла в тени двора, а если бы меня тогда же отдали к Суворову или Румянцеву, они меня научили бы воевать, и, может быть, я сумел бы предотвратить бедствия, которые теперь нам угрожают...
- Ах, государь, не говорите этого. Верьте, что ваши подданные знают вам цену и ставят вас во сто крат выше Наполеона и всех героев на свете.