Близкий ко двору Л. Н. Энгельгардт так писал о последствиях аустерлицкой катастрофы: "Аустерлицкая баталия сделала великое влияние над характером Александра, и её можно назвать эпохою в его правлении. До того он был кроток, доверчив, ласков, а тогда сделался подозрителен, строг до безмерности, неприступен и не терпел уже, чтобы кто говорил ему правду; к одному графу Аракчееву имел полную доверенность, который по жестокому своему свойству приводил государя на гнев и тем отвлёк от него людей, истинно любящих его и Россию".
Завершая мысль о воздействии на Александра Аустерлицкого поражения, можно констатировать, что 1805 год стал крахом иллюзий, годом возмужания Александра. Он понял, что монарх не может витать в эмпиреях и строить планы, сообразуясь со своими прекраснодушными намерениями. Александр стал реалистом, он пришёл к пониманию, что борьба с Наполеоном будет продолжаться, а Аустерлиц для него должен стать тем, чем было для Петра I поражение под Нарвой. Переосмыслению было подвергнуто многое. Причём примером служил, как и для Петра I, более сильный, умный и удачливый противник, чья армия на деле доказала своё превосходство.
Прежде всего были проведены серьёзные и глубокие организационные изменения в структуре сухопутных войск. В 1806 году была заимствована у французов дивизионная система организации войск. 8 мая 1806 года было сформировано 13 дивизий, затем прибавлена ещё одна и в июле того же года - ещё четыре.
Эти 18 дивизий находились в 10 инспекциях, а 4 инспекции - Крымская, Кавказская, Оренбургская и Сибирская - имели некоторое время прежнюю организационную структуру, но в 1807 году и там были сформированы дивизии, и вся русская армия получила новую организацию.
Дивизия состояла из шести или семи пехотных, трёх кавалерийских полков и одной артиллерийской бригады.
Логика развития военного искусства требовала и создания корпусов, которые были во французской армии. Примечательно, что первый корпус, состоявший из конницы, пехоты, передвигавшейся на телегах, и артиллерии появился в русской армии ещё в 1701 году, а спустя семь лет сыграл выдающуюся роль в достижении победы в битве со шведами при деревне Лесной 28 сентября 1708 года.
Теперь русские пехотные и кавалерийские корпуса возрождались. Первые из них были сформированы в 1810 году. Их было пять, но уже к началу Отечественной войны 1812 года стало одиннадцать.
30 ноября 1806 года был подписан манифест об образовании земского войска, то есть народного ополчения. Предполагалось, что по окончании войны с Францией все ратники возвратятся по домам. Поэтому манифестом от 27 сентября 1807 года ополчение было распущено. Ратники освобождались от налогов и податей за 1807 год, а желающие служить в армии засчитывались пославшим их обществам в зачёт рекрутов.
Тогда же был принят рескрипт министру военных сухопутных сил "О распределении ратников, подвижную милицию составляющих". Все они оставались служить, кроме тех, кого помещики, селения и мещанские общества изъявили желание взять обратно к себе.
Ещё одним рескриптом, подписанным 28 сентября, всем чиновникам народного ополчения выдавались золотые медали на Владимирской ленте, а бывшим в сражениях - на Георгиевской. Участвовавшим же в сражениях ратникам выдавались серебряные медали на Георгиевской ленте. Вызванные на службу отставные военнослужащие распускались по домам, кроме оставленных на службе по высочайшему повелению.
В связи с тем, что в польском вопросе никаких изменений не произошло и концепция Чарторижского не получила развития, 17 июня 1806 года на пост министра иностранных дел был назначен генерал от инфантерии барон А. Я. Будберг, а его товарищем - граф А. Н. Салтыков.
Попытка подписать с Наполеоном мир в 1806 году успехом не увенчалась. Заметив напряжение в отношениях между Наполеоном и Фридрихом-Вильгельмом III, Александр послал в Пруссию генерала Л. Л. Беннигсена. В Европе на первый план выдвигались франко-прусские противоречия.
После того как французы одержали победу под Аустерлицем, Наполеон стал энергично склонять Пруссию к союзу с Францией.
Находившийся в Париже прусский посол граф Гаувиц, ошеломлённый победой Наполеона под Аустерлицем, не спросив разрешения своего короля, подписал в декабре 1805 года договор, по которому Пруссия получала Ганновер, но теряла гораздо больше. Наполеон стал обращаться с Фридрихом-Вильгельмом III с оскорбительным пренебрежением, не выполняя данных ему обещаний.
7 сентября 1806 года Пруссия потребовала от Наполеона вывода из всей Германии французских войск. В ответ на это 24 сентября Наполеон объявил Пруссии войну, а уже через восемь дней силы пруссаков были сокрушены в сражениях под Иеной и Ауэрштедтом. 12 октября Наполеон вступил в Берлин. Всю Пруссию оккупировали французские войска. Фридрих-Вильгельм бежал в Кёнигсберг, поближе к России, и умолял оттуда Наполеона пощадить его страну, но Бонапарт был неумолим.
22 октября Александр писал Фридриху-Вильгельму: "Долгом считаю вновь торжественно подтвердить вашему величеству, что, каковы бы ни были последствия ваших великодушных усилий, я никогда не откажусь от известных вашему величеству намерений. Будучи вдвойне связан с вашим величеством в качестве союзника и узами нежнейшей дружбы, для меня нет ни жертв, ни усилий, которых я не совершил бы, чтобы доказать вам всю мою преданность дорогим обязанностям, налагаемым на меня этими двумя именами... Соединимся теснее, нежели когда-либо, пребудем верны началам чести и славы и предоставим остальное Промыслу, который не преминет положить предел успехам узурпации и тирании, даруя торжество самому справедливому и прекрасному делу".
9 ноября 1806 года в Берлине Наполеон подписал декрет о континентальной блокаде, направленной против Великобритании. Запрещалась всякая торговля с нею, прекращался доступ во все европейские порты союзных с Францией держав английских кораблей, а все англичане, находившиеся в этих странах, объявлялись военнопленными. Корабли, шедшие на британские острова, арестовывались, а их грузы подлежали конфискации.
Многие европейские страны, в том числе и Россия, ввозившая в Англию сырьё и сельскохозяйственную продукцию и покупавшая там хлопок, промышленные и колониальные товары, понесли серьёзные финансовые и экономические потери.
Объявление континентальной блокады и разгром Пруссии коренным образом меняли положение дел в Европе. Причём появление французских войск в Пруссии представляло прямую угрозу России.
16 ноября 1806 рода Александр своим манифестом объявил о начале войны России против Наполеона. 30 ноября был обнародован манифест "О составлении и образовании повсеместных временных ополчений или милиций". Предполагалось, что число ратников в ополчениях достигнет 612 тысяч человек.
Манифесты были подкреплены обращением Святейшего Синода ко всем православным гражданам с призывом взять в руки оружие и пойти против антихриста Наполеона, который с помощью иудеев похитил имя Мессии и грозится уничтожить православие.
Как видим, война в помощь Пруссии преподносилась как священная народная война в защиту веры и отечества. (Впоследствии, когда и эта война закончится подписанием в Тильзите договора о мире и союзе с Францией, этот договор будет воспринят как кощунственный и вероотступнический).
22 октября 1806 года корпус Л. Л. Беннигсена в составе 67 тысяч человек при 276 орудиях перешёл границу у Гродно. Его усилил четырнадцатитысячный отряд пруссаков - последнее, что осталось у Фридриха-Вильгельма III. Через месяц в Остроленку прибыл сорокатысячный корпус Ф. Ф. Буксгевдена при 216 орудиях, и, наконец, в начале декабря в Брест пришёл двадцатидвухтысячный корпус И. Н. Эссена при 132 орудиях. Всего, таким образом, на границах Польши и Пруссии сосредоточилось более 130 тысяч солдат и офицеров при более чем 500 орудиях.
Однако следует иметь в виду, что Россия с 1804 года вела войну с Ираном в Закавказье, а с октября 1806 года - с Турцией.
Прекрасно понимая, что Беннигсен совершенно непригоден для выполнения роли командующего, Александр послал к нему своего личного представителя генерал-адъютанта графа Петра Александровича Толстого, поручив ему контролировать действия Беннигсена и быть посредником в сношениях с прусским королём.
П. А. Толстой - дежурный генерал при Беннигсене, как официально именовалась его должность, был одним из ближайших доверенных лиц императора. Дипломат и военный, участник русско-турецкой войны 1787-1791 годов, Польской компании 1794-1795 годов и Итальянского похода 1799-1800 годов, он был в последние годы петербургским военным губернатором и командиром лейб-гвардии Преображенского полка.
В "особенную обязанность" Толстому вменялось, чтобы приказания, передаваемые через его посредство Беннигсену, "отнюдь не имели характера, могущего поставить... войска в затруднительное положение и скомпрометировать достоинство и славу русских армий".
Корпус Беннигсена состоял из четырёх дивизий, которыми командовали опытные боевые генералы - граф А. И. Остерман-Толстой, Ф. В. Остен-Сакен, князь А. Н. Голицын и А. К. Седморацкий.
Ареной предстоящей борьбы был гигантский равносторонний треугольник. Северной его оконечностью был Кёнигсберг, западной - крепость Торн (Торунь) и южной - Варшава. На западе театр военных действий прикрывался широкой Вислой, на юго-востоке - рекой Нарев. Весь этот район был перерезан массой рек и речушек, покрыт ручьями, озёрами и болотами.