Военную коллегию учредил ещё Пётр I в 1716 году для управления сухопутными войсками. Накануне реформ Александра I она состояла из двенадцати экспедиций: армейской, гарнизонной, иностранной, рекрутской, ремонтной (по закупке лошадей), учебной, военной, счётной, инспекторской, комиссариатской, провиантской и артиллерийской. Кроме того, в военную коллегию входили: генерал-аудиториат (управление военной юстицией), чертёжное и картографическое депо с архивом и Московское артиллерийское депо. Большинство экспедиций были реформированы в департаменты и вошли в состав образованного министерства военных сухопутных сил.
Вязьмитинов начал с того, что учредил временную канцелярию военного министра, преобразованную вскоре в департамент, где сходились все нити руководства и собиралась наиболее полная оперативная информация о положении дел в армии. Были произведены серьёзные изменения в деятельности артиллерийской экспедиции, в результате чего из её ведения вывели инженерные войска, ставшие в организационном отношении самостоятельным родом войск. Были объединены в один департамент комиссариатская и провиантская экспедиции, в особое управление выделялись крепости. Ближе к концу своей деятельности (Вязьмитинов был министром до 1808 года) он произвёл под руководством и при непосредственном участии Александра I серьёзные структурные преобразования в организации всех видов сухопутных сил.
Министерство военных морских сил возглавил сорокавосьмилетний адмирал Николай Семёнович Мордвинов. Его отец адмирал Семён Иванович Мордвинов был автором оригинальных трудов по геометрии, астрономии и навигации, оставил переводы с французского по эволюции и экзерциции флота. Он отдал сына во флот юношей, а в двадцать лет Н. С. Мордвинова послали на три года в Англию для совершенствования в морском деле.
Прямой, честный и неподкупный, Н. С. Мордвинов не заискивал ни перед кем и тем нажил себе могущественных врагов, в том числе в лице Потёмкина и его преемника в Новороссии - де Рибаса.
Павел I присвоил Мордвинову чин адмирала и назначил членом адмиралтейств-коллегии. Мордвинов привлёк внимание Александра I непримиримой позицией по отношению к казнокрадству Кутайсова. Когда зашла речь о министре военных морских сил, то свой выбор Александр остановил на Мордвинове.
Однако министром он оставался лишь три месяца, не сработавшись со своим заместителем адмиралом Павлом Васильевичем Чичаговым, на сторону которого перешёл Александр.
А дело обстояло так. В 1802 году был учреждён "Комитет для приведения флота в лучшее состояние". Члены комитета, подобно их коллегам из "Воинской комиссии для рассмотрения положения войск и устройства оных", считали Россию неуязвимой на своей территории, почему ограничили флот чисто оборонительными функциями в прибрежных зонах Балтики и Чёрного моря и отказались от создания мореходного флота, способного решать стратегические задачи на океанских коммуникациях. Мордвинов не согласился с этим и вынужден был уйти в отставку. Министром стал Чичагов.
Что же представляло собой министерство военных морских сил?
Оно трансформировалось из учреждённой Петром I адмиралтейств-коллегии, вошедшей в состав министерства всеми своими шестью экспедициями: комиссариатской, интендантской, казначейской, артиллерийской, счётной и инспекторской. С образованием министерства дополнительно появилась лишь военная по флоту канцелярия, а через год - департамент министра морских сил.
Видимо, не следует переоценивать значение новых органов власти - министерств. Уходя корнями в систему коллегий, они сохранили от них множество родимых пятен, переняв стиль, форму и методы их деятельности. Тем не менее это был шаг вперёд. Новые учреждения в большей степени согласовывали свои действия с другими структурами государства, полнее и быстрее осуществляли свои функции.
5 декабря 1802 года Александр утвердил доклад военной коллегии, подписанный министром военных сухопутных сил Вязьмитиновым, о порядке увольнения со службы унтер-офицеров, по тем или иным причинам не могущим служить далее. Приводя в соответствие разные правительственные акты - "О вольностях дворянству" от 18 февраля 1762 года, инструкции 1764 и 1766 годов, грамоту от 21 апреля 1785 года "На права, вольности и преимущества российскому дворянству", устав о полевой службе 1797 года - военная коллегия предлагала увольнять дворян в отставку с унтер-офицерской службы не ранее чем через двенадцать лет, исключая больных и раненых.
Что же касается унтер-офицеров, происходивших не из дворян, или же обер-офицерских детей, чьи родители имели только личное дворянство, то им срок выхода в отставку увеличивался на три года и равнялся пятнадцати годам.
Для них предусматривались льготы службы в офицерских чинах в инвалидных командах. Отдельный пункт предусматривал льготы и за теми унтер-офицерами, которые выслужили себе чин, беспорочно прослужив пятнадцать лет, даже если начали службу рекрутами. Если же они уходили по ранению, то именными императорскими указами могли получить обер-офицерский чин, а вместе с ним и личное дворянство.
20 февраля 1803 года был опубликован указ "О свободных хлебопашцах", которым разрешалось помещикам отпускать своих крестьян на волю поодиночке, семьями и целыми селениями - "всем миром". Крестьяне при освобождении получали надел земли, но их освобождение оговаривалось условиями, выдвинутыми их господином. Правда, чтобы они не были чересчур кабальными, эти условия утверждались министерством внутренних дел.
Этот указ был составлен и принят Александром после того, как граф Сергей Петрович Румянцев отпустил на волю нескольких своих крестьян, пожаловав им и землю. Поступок Румянцева дал толчок Александру, чтобы своим указом призвать помещиков последовать примеру графа. Однако большинство дворян неодобрительно встретили этот указ, и пользы от него было мало. Даже такой просвещённый человек, как поэт Г. Р. Державин, министр юстиции и генерал-прокурор, писал, что Румянцев отпустил своих крестьян на волю "из подлой трусости, чтобы подольститься к государю, воспитанному в либеральном духе Лагарпом".
В эти же годы Александр многое сделал для развития науки, просвещения и искусств. В 1803 году по повелению Александра была образована комиссия для обследования дел в Академии наук. Возглавил её Н. Н. Новосильцев. Он пришёл к выводу, что если в Академии и есть злоупотребления, то состоят они в том, что "сословие, посвящённое наукам, почти порабощено корпорацией писцов".
Однако бороться с этой "корпорацией" довелось уже не прежнему президенту Академии наук А. Л. Николаи, а его преемникам, в том числе самому Н. Н. Новосильцеву, вступившему на пост её президента.
По министерству народного просвещения менее чем за полгода были выработаны "Предварительные правила народного просвещения", которые царь утвердил 24 января 1803 года. Немалую роль в создании этого документа сыграл министр народного просвещения граф Пётр Васильевич Завадовский - опытный администратор, ведавший учебными заведениями и Пажеским корпусом ещё в царствование Екатерины II.
Во исполнение "Предварительных правил народного просвещения" были образованы шесть учебных округов, в губернских городах организованы гимназии, а в уездных - уездные училища. В Казани и Харькове основали университеты, а университеты в Вильно и Дерпте реорганизовали и расширили.
В Петербурге в 1804 году открылся Главный педагогический институт, готовивший преподавателей гимназий. В 1819 году он был преобразован в Петербургский университет.
Впоследствии были открыты Институт путей сообщения, Медико-хирургическая академия, Горный кадетский корпус, Земледельческое училище, Училище правоведения, Коммерческое училище, а в Таганроге и Одессе - первые коммерческие гимназии. Особое место в истории России занял открытый в 1811 году знаменитый Царскосельский лицей.
Получила развитие книгоиздательская деятельность, появилось много новых журналов, альманахов и газет. Среди них - "Русский вестник" С. Н. Глинки, "Чтение в беседе любителей русского слова" А. С. Шишкова, "Отечественные записки" П. П. Свиньина, "Вестник Европы" Н. М. Карамзина, где в 1814 году было опубликовано первое стихотворение А. С. Пушкина "К другу стихотворцу", несколько журналов Вольного общества любителей словесности, наук и художеств, "Сын Отечества" Н. И. Греча и многие другие.
Высокую оценку современников получила меценатская деятельность Александра, одарявшего и поощрявшего пенсиями, подарками и единовременными выплатами многих талантливых писателей и учёных. Вице-президент Петербургской Академии наук Анри Фридрих Шторх писал: "Редко какой-нибудь правитель оказывал такое поощрение литературе, как император Александр. Замечательные литературные заслуги лиц, находящихся на службе, вознаграждаются чинами, орденами, пенсиями; писатели, не состоящие на государственной службе, за литературные свои труды, доходящие до сведения императора, нередко получают подарки значительной ценности. При настоящем положении книжной торговли русские писатели не всегда могут рассчитывать на приличный гонорар за большие научные сочинения... В таких случаях император, смотря по обстоятельствам, жалует писателям иногда крупные суммы на напечатание их трудов. Многие писатели посылают свои рукописи императору, и, если только они имеют какую-нибудь полезную тенденцию, он велит печатать их на счёт кабинета, а затем дарит обыкновенно всё издание авторам".