Могила, как человек ученый, принял деятельное участие в тогдашней горячей полемике, происходившей между православными и католиками. Некто Кассиан Сакович, прежде православный учитель киевской школы и написавший вирши по-русски на смерть Сагайдачного, отступил от православия сначала в унию, а потом в католичество и сделался ненавистником отцовской веры. Когда Могила в 1642 году собирал собор, Сакович написал против этого собора по-польски едкую сатиру, а вслед за тем разразился обширным сочинением на польском же языке под названием "Перспектива заблуждений, ересей и предрассудков русской церкви". Сакович в этом сочинении держится способа, введенного иезуитами и долгое время сохранявшегося в Польше во всех спорах и нападках католиков на русскую церковь. Способ этот состоял в том, что подмечались и собирались случаи всевозможнейших злоупотреблений, зависевших как от невежества, так и от дурных качеств тех или других личностей, занимавших священнические места, и такие случаи принимались как бы за нормальные признаки, присущие православной церкви. Все сочинение Саковича наполнено подобного рода обличениями. Кроме того, Сакович как ревностный последователь римской церкви старается осуждать все, что в православии несходно с нею. В ответ на это Могила написал обширное сочинение, явившееся в 1644 году под названием "Λíθos (Литос) альбо камень". Сочинение Могилы под псевдонимом Евсевия Пимена (т. е. благочестивого пастыря) было написано по-польски, так как главною целью автора было представить в глазах поляков несправедливость нападок их духовных против православия; но в то же время существовала и его русская редакция, до сих пор остающаяся в рукописи . "Литос", кроме посвящения Максимилиану Бржозовскому и предисловия к читателям, состоит из трех отделов: в первом рассуждается о таинствах и обрядах; во втором – о церковном уставе; в третьем – о двух главнейших догматических различиях восточной церкви от западной: об исхождении Св. Духа и о главенстве папы. Автор в некоторых местах относится с бранью и резкими остротами к своему противнику, называет его прямо лжецом; или, например, по поводу желания Саковича ввести в русскую церковь латинские обряды выражается так: "Неудивительно, что тебе, новообращенному рачителю римского костела, хочется весь римский чин перенести в восточную церковь! Как сам ты с одним ухом, так хочешь, чтобы все люди были одноухие и порезали бы себе уши!" Но с совершенным беспристрастием автор "Литоса" признает справедливость многих злоупотреблений, указанных его противником; только он объясняет их печальным положением церкви, не имевшей долгое время пастырей и умышленно угнетаемой униею, а также невежеством и рабским положением приходских священников под властью панов. Сакович, например, обвиняет православных священников в том, что они совершали насильные и противозаконные браки. На это автор "Литоса" говорит: "Это бывает; но что же делать священнику, когда пан ему говорит: или обручай, поп, или голову подставляй; поневоле поп будет все делать, когда господин города, либо села, или управляющий господина начнет устрашать бедного священника дубиною, а иногда прикажет бросить в тюрьму". Многие нападки Саковича Могила называет ложью и клеветою и прямо свидетельствует, что приводимых Саковичем признаков нет и не было в православной церкви. Вообще во взгляде на значение обрядов Могила отличает существенные, главные признаки от прибавочных. Существенными он называет те, которые при всяких видоизменениях должны оставаться непоколебимо; они, по толкованиям Могилы, заключаются: а) в материи, б) в форме или слове и в) в интенции (намерении) совершающего священнодействие. Таким образом, в таинстве крещения вода составляет материю; произнесение слов "крещается во имя Отца, Сына и Св. Духа" – форму; наконец, внутреннее намерение или желание совершающего таинство низвести благодать Св. Духа – интенцию. Точно так же в литургии существенную часть ее составляют, кроме внутреннего намерения священнослужителя: материя , т. е. хлеб и вино, и форма, т. е. освящающие ее слова Спасителя: "приимите, ядите и пиите от нея вси". Весь чин богослужения, в который облечены или заключены существенные признаки, может видоизменяться в разных церквах. Смотря по местностям, древним обычаям и преданиям могут существовать различные обряды, – но это не мешает вселенскому единству Христовой церкви, если только при этом нет уклонения от признаваемой церковью догматики. Таким образом, к римскому обрядному чину следует относиться с равным уважением, как и к восточному, несмотря на его различие, насколько этот чин не уклоняется от учения вселенской церкви. Обряды могут в одной и в той же церкви – смотря по временным потребностям – изменяться, дополняться и сокращаться, но не иначе как на основании соборов. Каждый из священников в отдельности должен строго исполнять все постановленное принятыми в данное время богослужебными книгами. Таков был взгляд знаменитого митрополита на весь строй внешнего богослужения; он относится непримиримо к римской церкви, но никак не по причине различия богослужебного чина, а за ее догматические заблуждения, из которых признание абсолютного главы в особе Римского Папы занимает первое место. Замечательно, что противник Могилы, Сакович, между прочим, ставит в упрек православной русской церкви и то, что она лишена "великородных господ". Могила говорит: "Православные роксоляны (т. е. русские), уверовавши в Христа Господа, не сомневаются в том, что Христос, как мысленный глава, управляет восточною церковью по своему обещанию: "се аз с вами до скончания века". Русь имеет всесильное предстательство своего благочестия в лице Христа Господа, правящего сердцами великих государей. Так и в псалме 145 псалмопевец написал: "не надейтесь на князей, сынов человеческих". А что у Руси нет великородных господ, то что в этом дурного! Ведь и первоначальная церковь начала созидаться не великородными господами, а убогими рыбарями, однако Бог через них преклонил к вере во Христа и монархов, и великородных властителей. Души самых незнатных правоверных христиан также искуплены многоценною кровью Христовою, как и души великородных властителей, а потому и те, и другие должны быть равноценны". Наконец, автор "Литоса" совсем не враг соединения с римскою церковью. "Восточная церковь, – говорит он Саковичу, – всегда просит Бога о соединении церквей, но не о таком соединении, какова нынешняя уния, которая гонит людей к соединению дубинами, тюрьмами, несправедливыми процессами и всякого рода насилиями. Такая уния производит не соединение, а разделение…" Появление "Литоса" вызвало в польской литературе ряд полемических сочинений, в которых авторы почти уже не касались вопроса об обрядности, а главным образом доказывали правильность признания Папы главою церкви. Из них иезуит Рутка, давая произвольный смысл разным выражениям "Литоса", делал выводы, что автор его принадлежит скорее к какой-нибудь протестантской, чем восточной церкви.