Эта программа способствовала бурному росту наук, в том числе и общественных, которые строились по образу и подобию естественных, прежде всего, физики. Однако в начале XX века позитивистская программа (методология) столкнулась с целым рядом серьезных проблем, поставивших под сомнение ее эвристическую ценность. Главной из них можно считать недостаточность фактического подтверждения как единственного (и единственно возможного для позитивистов) критерия научности. Проникновение физики в микромир (мир элементарных частиц) поставило под сомнение возможность описать любое явление (как, например, электрон, так и более сложный объект) одним единственным (единственно верным) способом. Другими словами, любое описание (и объяснение, а также интерпретация) всегда неполно и избирательно. В этом суть принципа неопределенности, сформулированного В. Гейзенбергом, имеющий значение не только для физики, но и для науки как таковой. Столкнувшись с проблемами квантовой механики (прежде всего, с корпускулярно-волновым дуализмом электрона) Н. Бор выдвинул знаменитый принцип дополнительности, утверждая, что понятия частицы и волны, используемые для описания электрона, не противоречат, а дополняют друг друга. Этот принцип также утверждает зависимость результата исследования от избираемых средств и методов.
Поэтому ни одна научная теория не может считаться окончательной, непогрешимой, аподиктичной. А научные факты, с одной стороны, всегда частично подтверждают научную теорию и, с другой стороны, зависят, в свою очередь, от интерпретации с точки зрения той или иной теории. Все это заставило позитивистов пересмотреть основные положения своей программы. В результате в начале XX века формулируется неопозитивистская научно-исследовательская программа с соответствующей методологией. Взяв за основной критерий научности формальную логику и проводя на ее основе демаркацию науки и метафизики (последняя использует псевдопонятия, не поддающиеся проверке логическими нормами языка), представители неопозитивизма сформулировали в качестве основы своей методологии принцип верификации.
Принцип верификации - это требование сведения теоретических суждений к совокупности протокольных предложений, фиксирующих опытные эмпирические данные . При этом верификация бывает прямая, под которой понимается проверка утверждений, формулирующих данные наблюдения, и косвенная, предполагающая установление теоретических (логических) отношений между несколькими верифицируемыми утверждениями. Верифицированные суждения (утверждения) являются основой для построения логически истинной, непротиворечивой теории. Именно так - на основе логической непротиворечивости - пытался построить "чистую" (основанную исключительно на логике) систему права Г. Кельзен.
Однако претензии неопозитивистов на обнаружение единственно истинного метода научного исследования оказались тщетными. Наиболее серьезная критика, которая, по сути, развенчала неопозитивистскую методологию, была высказана К. Геделем, который был участником Венского кружка, сформулировавшего неопозитивистскую программу. В 1931 -1932 г.г. им были доказаны знаменитые теоремы неполноты и непротиворечивости формальных систем. Согласно первой из них, если арифметическая формальная система непротиворечива, то она неполна. Если же она полна - то она противоречива. Вторая теорема гласит, что если формальная система непротиворечива, то невозможно доказать ее непротиворечивость средствами, формализуемыми в этой системе. Все это свидетельствует о том, что право не может быть замкнутой непротиворечивой формальной системой.
Другим вариантом развития позитивизма в XX веке выступил структурализм как еще одна авторитетная научно-исследовательская программа. Его становление приходится на 30 - 50 г.г. прежде всего в лингвистике. В 50 - 60 г.г. структуралистская методология распространяется на другие области знаний, в частности, в антропологию.
Суть структурализма состоит в поиске инвариантной универсальной структуры, которая выражается во внешней форме объекта. В связи с этим может создастся впечатление, что структуралистская методология является разновидностью диалектики, напоминающей, например, поиск эйдосов Платона или знаменитый тезис Парменида. Однако структура в структурализма рассматривается как статичное образование, представляющее собой внутреннюю форму объекта. Поэтому можно обнаружить схожесть исходных установок структурализма и позитивизма.
Структура - это целое, образованное взаимосвязанными элементами таким образом, что каждый зависит от других и целого как такового; именно целое определяет место, роль, значение и основные характеристики отдельного элемента. Структура выступает формообразующим механизмом, порождающим внешний символический уровень объекта. "Структура - это инвариантно-статичное, замкнутое в себе абстрактное и императивное по отношению к своим пользователям целое, обладающее уровневой организацией и образованное конечным числом составляющих и правил их комбинирования, поддающихся систематизации и инвентаризации". Тем самым обнаруживается несомненно сходство структурализма и неопозитивизма, представленного, например, "чистой" системой права Г. Кельзена, так как обе они ориентированы на текст как главный объект анализа.