Министры имели право законодательной инициативы. Ежегодно они должны были предоставлять отчеты о деятельности министерства императору и в Сенат. Формально Сенат мог отменить распоряжение министра, если оно не соответствовало действующему законодательству.
Существовавшие ранее коллегии целиком или частью вошли в состав новых органов центрального управления. Каждое министерство получило так называемый Наказ, где определялись его задачи. Самым большим и многофункциональным стало Министерство внутренних дел.
С момента создания и в настоящее время министерства являются основным органом центрального управления, обладающим реальной государственной властью. Связанные с необходимостью к адаптации в различных исторических условиях они, изменяя свой статус и полномочия, тем не менее всегда оставались центральным и системообразующим звеном в структуре государственного аппарата.
Министр внутренних дел, согласно Манифесту об учреждении министерств, должен был "пещись о повсеместном благосостоянии народа, спокойствии, тишине и благоустройстве всей Империи". Это выразилось в сосредоточении в МВД исполнения большого объема внутренних функций государства. В нем первоначально было образовано четыре основных структурных подразделения. Они назывались экспедициями.
В компетенцию первой из них входило "заведывание делами народного продовольствия и соляной части", а третья - экспедиция государственного хозяйства - занималась вопросами "усовершенствования земледелия", управляла государственными фабриками и заводами, добычей торфа, каменного угля, обеспечивала переселение крестьян на новые земли, следила за состоянием дорог. В 1806 году обе эти экспедиции МВД были объединены. Четвертая экспедиция называлась "экспедицией общественного презрения". В ее ведении были больницы, "богоугодные заведения", содержание тюрем.
Перечень названий центральных (федеральных) органов исполнительной власти в различных государствах не отличается единообразием. Общим, объединяющим их фактором, является то, что они создаются и наделяются соответствующими полномочиями, направленными на практическую реализацию задач и функций государства. Например, в Израиле (7,5 млн. населения) в мае 2006 года было сформировано новое правительство, в состав которого вошли 25 министров. В США (на 305 млн. населения) действует четырнадцать федеральных министерств: госдепартамент (по имеющимся полномочиям он выполняет роль Министерства иностранных дел), финансов, обороны, юстиции, внутренних дел, сельского хозяйства, торговли, труда, здравоохранения и социальных служб, жилищного и городского строительства и др. Примерно столько же министерств в Японии (около 120 млн. населения).
В современной России продолжается поиск оптимальной системы государственного управления, осуществляемый во всех ветвях власти, в том числе и в исполнительной ветви власти. В 90-х годах XX столетия в ходе не всегда системно проводимых реформ делались неоднократные попытки преобразования министерств из органов государственной власти, занимавшихся в период СССР преимущественно управлением отраслевой хозяйственной деятельностью в органы государственного управления.
В этот период прослеживалась стойкая тенденция, направленная на приспособление прежнего государственного аппарата к решению новых политических, экономических и социальных задач. Это проявлялось уже в текстах указов Президента РСФСР. В них говорилось, что министерства и ведомства РСФСР являются правопреемниками упраздняемых министерств и ведомств СССР.
В 1996 году число министерств было сокращено до 24. Все министерства и ведомства были сгруппированы в 9 блоков (экономический, социальный, сотрудничества со странами СНГ, национальной, региональной и правовой политике и т.д.).
Указом Президента Российской Федерации от 14 августа 1996 года N 1176 "О системе федеральных органов исполнительной власти" статус министерств определялся как органы исполнительной власти, проводящие государственную политику и осуществляющие управление в установленной сфере деятельности, а также координирующие деятельность в этой сфере иных федеральных органов исполнительной власти.
Государственный комитет рассматривался как федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий на коллегиальной основе межотраслевую координацию по вопросам, отнесенным к его ведению, а также функциональное регулирование в определенной сфере деятельности.
Иные организационно-правовые формы федеральных органов исполнительной власти (федеральная служба, российское агентство, федеральный надзор) рассматривались как федеральные органы исполнительной власти, осуществляющие специальные (исполнительные, контрольные, разрешительные, регулирующие и другие) функции в установленных сферах деятельности.
Начиная с 2000 года в России значительно изменилась система исполнительной власти. Например, появился институт полномочных представителей президента по семи федеральным округам. Это повлекло за собой необходимость нормативного закрепления взаимоотношений между новыми и прежними федеральными органами государственной власти и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации.
Принятие новой системы и структуры федеральных органов исполнительной власти Российской Федерации повлекло за собой не только количественные, но и качественные изменения в их прежнем правовом статусе. Их общее количество возросло с 67 до 81. Вместо 24 федеральных министерств осталось 15. Например, в состав ФСБ России вошли бывшие до этого самостоятельными федеральная пограничная служба и ФАПСИ. В ходе административной реформы структурные изменения произошли и в других федеральных органах исполнительной власти. Для ныне действующей структуры федеральных органов исполнительной власти характерны следующие особенности:
- вместо существовавших ранее министерств и ведомств (государственные комитеты, комитеты, службы, агентства, департаменты) организационно-правовыми формами стали только федеральные министерства, федеральные службы и федеральные агентства;
- за исключением МИД России и МЧС России, в системы других федеральных министерств входят федеральные службы и федеральные агентства от 1 (МВД России) до 6 (Минтранс России);
- в зависимости от соподчиненности федеральные службы и федеральные агентства теперь делятся на четыре вида: имеющие самостоятельный статус, руководство которыми осуществляет Президент Российской Федерации (7); имеющие самостоятельный статус, руководство которыми осуществляет Правительство Российской Федерации (8); входящие в состав федеральных министерств, руководство которыми осуществляет Президент Российской Федерации (8); входящие в состав федеральных министерств, руководство которыми осуществляет Правительство Российской Федерации (42).