Конкистадоры-феодалы стремились вырвать у короны и абсолютные права на индейцев, что требовало признания их рабами по природе. Тут возникал вопрос о разумности, т. е. человечности индейцев, и сталкивались противоречивые мнения. Сторонники рабства индейцев обосновывали свои позиции античными идеями природно-климатического детерминизма: во влажном климате тропиков человек жить не мог, могли обитать лишь неполноценные существа.
Отсюда идея "слабости" человека Нового Света; ей суждена долгая жизнь. Доказывалась и животная грубость индейцев (например, во "Всеобщей истории Индий" Г. Фернандес де Овьедо писал о такой крепости черепов индейцев, что о них ломаются стальные мечи).
К середине 1530-х годов, когда корона восстановила рабство, индейский вопрос обрел особую остроту. Фронт конкисты расширялся, она охватывала все более широкие пространства Южной Америки (Андская зона и внутренние районы континента) и проводилась жестоко и с размахом, ибо ее участниками были уже опытные колонизаторы, завоеватели Антильских островов, Мексики и Центральной Америки. Происходила поляризация точек зрения в церковной среде, в Совете Индий дебатировались предложения, меморандумы, трактаты. Крайние взгляды сторонников рабства индейцев представлены в меморандуме епископа Томаса Ортиса, который так аргументировал свои предложения: "Люди из континентальных Индий едят человеческое мясо и подвержены содомскому греху более, чем любые другие индейцы. Они не знают законности, ходят голыми, не ведают любви, стыда, они, как ослы, тупы, безрассудны, бесчувственны… это дикие животные". Противоположная точка зрения изложена в послании мексиканского епископа Хулиана Гарсеса, обратившегося сначала в Совет Индий, занимавший консервативные позиции, а затем к Папе Римскому, и в ходатайствах священника Бернардино де Минайя, возмущенного зверствами конкистадоров Писарро и покинувшего его отряд.
События в Перу, особенно вероломное убийство верховного Инки, оказали сильное влияние на общественное мнение. Эти события и явный раскол среди духовенства вынудили в 1537 г. папу Павла III издать буллу "Сублимус деус", в которой говорилось: индейцы – "настоящие люди", а иные точки зрения суть дьявольские внушения. Минуя Карла V, она распространялась в Индиях. Период между 1537 и 1542 гг. – время напряженных теологических и юридических дебатов.
Имперские идеологи конкисты встретили сопротивление со стороны как части представителей церкви (наиболее радикальным среди них был Лас Касас), так и университетских кругов, испанских гуманистов – эразмистов. Гуманистическое движение в Испании в условиях союза абсолютизма и церкви, ставшего ядром общеевропейской контрреформации, было умеренным и мало развивалось в явно светских формах. Но секуляризация гуманистической мысли шла и под религиозно-схоластической оболочкой, что проявилось именно в вопросах о судьбе индейцев.
Крупнейшим центром гуманистического движения в Испании был Саламанкский университет, один из наиболее значительных учебных и научных центров Европы той поры. Здесь преподавали крупные представители гуманистической учености: филолог Элио Антонио де Небриха, юрист и историк итальянец Лючио Маринео да Бидино. Он был учеником известного итальянского гуманиста Джулио Помпонио Лето, с чьим радикальным кружком поддерживал связи. Множество нитей связывали испанских гуманистов с Эразмом и его кругом. В Испании широко распространилась "философия Христа", важнейшее религиозно-духовное течение эпохи Реформации, которое пропагандировало возвращение к раннехристианским этическим нормам и идеи равенства всей христовой паствы (прообразы секуляризированных идей естественного равенства).
Крупнейшие испанские гуманисты не могли обойти индейскую проблему. Альфонсо де Вальдес, секретарь Карла V, оказывал на него определенное воздействие, Эразм и Антонио де Гевара, авторы сочинений об "идеальном государе", считались его советниками. Имел авторитет видный представитель гуманистического движения в Испании, теолог и юрист Франсиско де Витория (1483–1546), получивший образование в Парижском университете, где он подружился с Эразмом. Вокруг Витории в Саламанке объединились единомышленники – теологи и юристы Мельчор Кано, Педро и Доминго де Сото (Доминго был духовником Карла V и другом Лас Касаса) и другие ученые, которые, отрицая аристотелевскую догматику в решении индейского вопроса, противопоставили ей связанные с евангельской "философией Христа" идеи естественного права. Утверждая человечность индейцев и распространяя на них идею естественного равенства перед Богом, гуманисты подвергли острой моралистической критике имперскую политику Испании. Причем значение идей испанских гуманистов о единстве рода человеческого как создания божьего (а в связи с этим новый подход к вопросу о правах людей и народов), о "земной" и божественной власти и их границах (а в связи с этим новые точки зрения на права монарха и папы) выходило далеко за пределы индейской проблематики.
Гуманистические искания испанских мыслителей, основывавшихся на новых представлениях о земном шаре (как писал Луис Вивес, "поистине открылся роду человеческому его мир"), при всей своей умеренности, по сути дела, были знаком историзации сознания, выходившего за рамки догматов и стремившегося преодолеть древний "монологический" этноцентризм в оценке ойкумены, свойственный и античному миру, и ортодоксальному христианству. Так, одновременно с рождением новоевропейского этноцентризма, лежавшего в основе имперской идеологии сторонников рабства индейцев – идеологии раннего этапа колониализма, в трудах выдающихся историков и полемистов XVI в., писавших в Испании и в Америке, возникали элементы принципиально новой системы мировидения, основанной на идее единства и многообразия мировой культуры.
Крайне важными для будущего были идеи естественного права, которые в религиозно-схоластической оболочке предвосхитили важнейшие положения XVIII в. Франсиско де Витория в цикле лекций "Об Индиях" ("De Indis гесепter inventis relectio prior"; первое издание – "Relectiones Theologicas", Lyon, 1577), прочитанных в 1538 г. в Саламанкском университете, пришел к отрицанию правового смысла папского дара, универсальности власти папы и короля, права короля на овладение Америкой (даже во имя приобщения к христианской вере) и к утверждению естественного суверенитета и равноправия народов (это дало основание современным историкам культуры рассматривать его в качестве родоначальника международного права).
Разумеется, следует учитывать, сколь не разработаны были взгляды испанских гуманистов, в своих представлениях о многообразии ойкумены во многом исходивших из традиционных идей о жесткой казуальной связи природы, климата и типа человека, и сколь далеки они были от исторического понимания типов культуры и уровня их развития. Так, Витория рассматривал культы, связанные с антропофагией и человеческими жертвоприношениями, как преступление против естественного закона, что оправдывало войну против индейцев, практиковавших такие культы. Мало внимания в тот период уделялось проблеме рабства негров, возникшей уже на рубеже XV–XVI вв., когда в Новый Свет стали завозить африканских невольников. В том, что испанская корона узаконила ввоз негров-рабов и выдала лицензии португальским торговым "кампаниям", сыграла роль и ограниченность взглядов защитников индейцев. Доказывая, что природа Нового Света не может производить рабов ("слабость", деликатность сложения индейцев), они призывали ввозить рабов из "сильного" Старого Света. Но впоследствии и Витория, и Сото, и Лас Касас пересмотрели эти взгляды и распространили на негров идею естественного равенства.
Стремясь нанести удар по сильным, особенно в Перу, феодалам-энкомьендеро, а также под давлением партии гуманистов, Карл V принял в 1542–1543 гг. Новые законы Индий, основанные на идеях Витории – Лас Касаса. Индейцы вновь были объявлены свободными вассалами, имеющими право на безопасность личности и на собственность, энкомьенда отменялась, термин "конкиста" упразднялся, вводились термины "вступление" (entrada) и "открытие" или "обнаружение" (descubrimiento). Однако Новым законам была суждена недолгая жизнь. В Перу начался мятеж, в Мексике власти приостановили действие законов, Совет Индий осаждали делегации из колоний. Деятельность Лас Касаса и его сторонников – епископов центральноамериканских провинций (Никарагуа, Гондурас, Панама, Гватемала, а также Новая Гранада) встретила решительное (вплоть до убийств) сопротивление. И через несколько лет Новые законы были отменены, конкиста продолжилась.
Кульминация борьбы по индейскому вопросу – публичный диспут 1550–1551 гг. между главным идеологом имперской партии историком, теологом и правоведом Хуаном Хинес де Сепульведой (1490–1573) и Лас Касасом.