После государственного переворота 27 марта 1941 г. в Белграде стало ясно, что избежать войны Югославии не удастся. Осознавая реальность угрозы, словенская политическая элита усилила подготовку плацдарма для своего дальнейшего существования. 30 марта из Белграда в Любляну вернулся М. Старе с новостями и указаниями от входивших в кабинет министров югославского правительства словенцев Ф. Куловеца и М. Крека. Они настоятельно рекомендовали Словенской народной партии разработать стратегию на случай оккупации. В этот же день в Любляне состоялось совещание руководства СНП, на котором было решено, что партия не будет сотрудничать с властями противника и с нацистскими или фашистскими организациями. Участники приняли решение отправить заграницу своих представителей Ф. Габровшека и А. Кухара для отстаивания интересов Словении в союзническом лагере. В июне 1941 г. они уехали в Лондон, где оставались до 1943 г. 30 марта было решено направить курьера в Загреб для выработки совместной с хорватами политики в случае нападения на Югославию. Функции управления Дравской бановиной оставались в руках бана М. Натлачена, который, предвидя раздел словенских земель между двумя или тремя государствами, считал необходимым сделать все возможное, чтобы Словения была оккупирована только Германией.
В ночь на 6 апреля 1941 г. без объявления войны германские войска начали наступление на югославских границах, днем фашистская авиация подвергла бомбардировке столицу Королевства Белград. Сопротивление в Дравской бановине длилось не более двух дней. Как только на границах Югославии начались военные действия, по инициативе Натлачена был образован Национальный совет Словении, в который вошли члены Словен ской народной партии, Национальной радикальной партии, Независимой демократической партии и Национальной социалистической партии. Его председателем стал Натлачен. В то время создание Национального совета воспринималось представителями политической элиты как важнейшее событие, доказывавшее, что словенский народ "в решающие моменты может встать на защиту своих национальных интересов".
Вскоре произошло то, чего так боялся Натлачен: Дравская бановина была оккупирована и разделена между тремя государствами: Германией, Италией и Венгрией. Бóльшую часть словенских земель захватила Германия. Верхняя Крайна, Нижняя Штирия и часть Нижней Крайны номинально вошли в состав областей Каринтия и Штирия; Венгрия получила Прекмурье и словенскую часть Междумурья; Италия – Внутреннюю Крайну и бóльшую часть Нижней Крайны с Любляной.
С первых же дней оккупации на захваченных землях произошли существенные изменения. В германской и венгерской зонах политическая жизнь полностью остановилась, поскольку оккупационные власти взяли курс на ассимиляцию словенского населения. С этой целью создавались профашистские организации, которые должны были распространять нацистскую идеологию и воспитывать новое самосознание. На территории Прекмурья также стали развиваться новые для этого региона политические партии и организации, имевшие провенгерский характер. Люблянская провинция осталась единственной частью оккупированной Словении, где словенская политическая жизнь не была полностью уничтожена. В отличие от венгерских и немецких оккупантов итальянские власти пытались с первых же дней заручиться поддержкой местного населения. 17 апреля Национальный совет формально передал власть в руки итальянского гражданского комиссара. Натлачен и другие представители Совета направили Муссолини в Рим благодарность "за корректное поведение итальянской армии в ходе оккупации словенских земель". В этом послании также выражалась надежда, что вся территория Словении в скором времени сможет перейти под юрисдикцию Италии. На это Муссолини ответил, что фашистская Италия уважала и будет уважать культуру словенского народа и что скоро словенцы получат автономию, схожую со словацкой. Но несмотря на провозглашение принципов "либерализма", с первых же дней итальянские оккупанты начали проводить денационализаторскую политику.
Судьба оккупированных территорий была предопределена. Рано или поздно захваченные земли должны были быть аннек сированы. Первой аннексию осуществила Италия. 3 мая 1941 г. Люблянская провинция была провозглашена новой равноправной провинцией Королевства Италия. Главой провинции стал верховный комиссар, ему в помощь создавался совет – марионеточный орган, не обладавший какими-либо функциями, состоявший из 14 человек, выбранных из "передовых" слоев словенского населения. Возглавил его бывший бан Дравской бановины М. Натлачен. Совет просуществовал недолго и вскоре был распущен. Аннексия Прекмурья была осуществлена 16 декабря 1941 г. Согласно принятому закону, те, кто до 26 июля 1921 г. имел венгерское гражданство и потерял его в результате ратификации Трианонского договора, без особых формальностей восстанавливали свое венгерское гражданство. Что касается германской зоны, то, согласно проекту, разработанному нацистами, освобожденные земли Нижней Штирии должны были быть присоединены к государственной области Штирия, а земли Верхней Крайны включены в государственную область Каринтия. Однако для того чтобы осуществить аннексию, планировалось сначала германизировать население, что оказалось нелегкой задачей. Оккупационные власти пришли к заключению, что местное население недостаточно подготовлено к объединению с немецким народом, поэтому официальная аннексия была отложена на неопределенный срок.
Итальянские оккупационные власти уделяли внимание вопросам культуры и просвещения. Они разрешили двуязычие в школе, делопроизводстве, пресса продолжала выходить на словенском языке, преподавательский состав ни в школах, ни в университете не поменялся. Вкладывались деньги в развитие инфраструктуры, в частности, строились детские площадки и детские сады, завершались начатые еще до войны архитектурные проекты. При этом медленно, но верно итальянские власти насаждали свою идеологию и культуру. Для контроля за настроениями населения создавались различные идеологические организации. Одним из крупнейших было объединение "ГИЛЛ" (Люблянская итальянская молодежь), в которое вступали дети от пяти до семнадцати лет. Не осталось неохваченным и студенчество – на базе Люблянского университета была создана так называемая Университетская организация. Для старшего поколения были организованы такие институции, как Союз сельских женщин, фашистская просветительская организация "После работы" и др.
Диаметрально противоположной была политика немецких оккупантов, ориентированная на тотальное искоренение всего, что носило словенский этнический характер. После оккупации словенские школы были закрыты, словенские преподаватели подлежали увольнению, их место заняли учителя из Австрии или местные немцы. Идея двуязычных школ не рассматривалась. Были арестованы все личные, школьные и публичные библиотеки, большинство архивов вывезено в Австрию и Германию. Подобная ситуация складывалась и в венгерской оккупационной зоне. В мае 1943 г. был издан указ об уничтожении всех словенских книг и учебников, словенских национальных архивов и библиотек.