Идеи Бодуэна де Куртенэ плодотворно разрабатывались русскими и зарубежными лингвистами. В 1939 г. выходит книга Н.С. Трубецкого "Основы фонологии", которая представляет собой первое и законченное изложение основ фонологии с точки зрения реляционно-физической теории фонемы; благодаря своему системно-структурному подходу к языковым явлениям книга стала, говоря словами одного отечественного лингвиста, библией структурализма. По Э. Сепиру, звуки речи лишены структуры. "Если рассматривать язык как постройку и его значащие элементы как кирпичи этой постройки, то звуки речи можно было бы сравнить лишь с бесформенной и необожженной глиной, из которой сделаны кирпичи" [Сепир 1993: 43].
Фонологию сейчас рассматривают как некую философию фонетики, как своего рода "Серебряный век" фонетики, как очень "русский" феномен [Елистратов 2000].
Для Н.С. Трубецкого, как и для всей школы пражского структурализма, фонема является единицей противопоставления, способной различать морфемы или слова. У звука речи множество свойств, но не все эти свойства учитываются слушающими. Например, в словах суд и сад первый звук [с] звучит по-разному: в первом слове он огублен под влиянием следующего гласного [у], во втором слове [с] является неогубленным. Различие лабиальности/нелабиальности согласного для русского языка не является существенным, а вот противопоставление [у] и [а] в этих словах существенно, оно различает смысл слов. Н.С. Трубецкой выделяет с этой точки зрения фонологические и нефонологические противопоставления. Фонологические противопоставления дают разные фонемы, нефонологические – варианты фонем. Н.С. Трубецкой здесь противопоставляет фонетику и фонологию.
Каждая фонема, в свою очередь, состоит из целого ряда фонетических характеристик. Одни из этих характеристик существенны (релевантны) для фонемы, например, твёрдость/мягкость русского согласного, долгота/краткость чешского согласного. Другие характеристики несущественны (нерелевантны), например лабиальность согласного, долгота/ краткость гласного в русском языке. По Трубецкому, фонема – это сумма существенных (релевантных) признаков. Позже это определение ляжет в основу теории дифференциальных признаков фонемы. Известный этнолог К. Леви-Строс резюмировал сущность теории Н.С. Трубецкого: "…Фонология переходит от изучения сознательных лингвистических явлений к исследованию их бессознательного базиса; она отказывается рассматривать члены отношения как независимые сущности, беря, напротив того, за основу своего анализа отношения между ними; она вводит понятие системы" [Леви-Строс 1983: 35]. Теория Трубецкого, основанная на релятивности (относительности) физических свойств звуков речи, критиковалась представителями различных фонологических школ.
Иным путём пошёл ученик Бодуэна де Куртенэ Л.В. Щерба. Он акцентирует внимание на физических свойствах звука речи и его смыслоразличительной функции. Звуковая сторона, по Щербе, обладает известной автономностью. "…Если данное противопоставление фонологично, то каждая фонема, являясь членом такого противопоставления, есть автономная единица звуковой стороны языка" [Зиндер 1967: 85]. Фонема реализуется в отдельных звуках речи, так называемых оттенках, из которых один является типичным. Л.В. Щерба развивает здесь положение Бодуэна о фонеме как звуковом типе. Взгляды Щербы на фонему как звуковой тип, выделяемый в языке благодаря самостоятельности его качества и способности противопоставляться друг другу в сходных фонетических условиях, легли в основу концепции Ленинградской фонологической школы (ЛФШ), представленной Л.В. Щербой, Л.Р. Зиндером, М.И. Матусевич, Л.В. Бондарко и др. ЛФШ, в отличие от Трубецкого, не противопоставляет резко фонетику и фонологию. Напротив, аргументы в пользу истинности своей концепции ленинградцы ищут в фонетике. Их заслугой является дальнейшее развитие экспериментальной фонетики.
Мысль Бодуэна о тождестве фонем в тождественных морфемах легла в основу Московской фонологической школы (МФШ). Основы концепции этой школы заложены в работах Н.Ф. Яковлева и в первом приближении были сформулированы в статье "Математическая формула построения алфавита". Яковлев определяет в ней как одну фонему все позиционно альтернирующие (чередующиеся) звуковые единицы, когда они связаны главными чередованиями. Представители МФШ – Р.И. Аванесов, П.С. Кузнецов, А.А. Реформатский, В.Н. Сидоров, A.M. Сухотин и их ученики.
Существенное различие концепций Ленинградской и Московской школ А.А. Реформатский сформулировал так: "В этих двух направлениях речь идёт о разных предметах: в Ленинградской школе – о звуковом типе реальных звучаний в речи без учёта роли данных явлений в морфеме, а в Московской школе – о "подвижном элементе морфем", о единице, получающей "языковую ценность" и "рассматриваемой лингвистически" без всякой оглядки на "звуковой тип" [Реформатский 1970: 12].
МФШ не признаёт автономии фонетики, которая через морфонологию тесно связывается с морфологией. Фонему нужно рассматривать как элемент морфемы, и только на основе тождества морфем можно выявить ту или иную фонему. Если ЛФШ преодолевает разрыв между фонологией и фонетикой, то МФШ связывает воедино фонологию с морфологией.
Аргументируя необходимость учёта морфологических данных при объяснении фонетических процессов, А.А. Реформатский разбирает пример с двумя словами купаться и пяться. Сочетание звуков [т'с'] в сходных фонетических условиях ведёт себя по-разному: в первом случае [т'с'] переходит в [ц], во втором – этого перехода нет. Объяснить это можно только морфологически: перед нами разные грамматические формы глагола [Реформатский 1970: 59].
Как утверждают А.А. Реформатский и Л.Р. Зиндер, в основе концепции лежит понятие позиции. "…Позиция – это условия употребления и реализации фонем в речи" [Реформатский 1970: 115]. По способности фонологических противопоставлений различаются сильная и слабая позиция: "…Сильная позиция – это позиция благоприятная для выявления функции фонем, а слабая – неблагоприятная, ущербная" [Реформатский 1970: 110].
Фонемы выполняют две функции – узнавания (перцептивная функция) и различения (сигнификативная функция). В зависимости от функции в одних и тех же слабых позициях будут совершенно различные результаты. Перцептивно слабая позиция даёт вариации, а сигнификативно слабая позиция – варианты. Например, в словах [мат, м'ат, мат', м'am'] звук [а] находится в перцептивно слабой позиции (на него влияют окружающие согласные) – перед нами вариации фонемы <а>. В словах пруд и луг последние согласные находятся в сигнификативно слабой позиции (обязательное оглушение согласных в конце слова) – мы имеем варианты фонем <д> и <г>. Вариация относится к одной фонеме, а вариант – к двум. Например, звук [п] может быть основным видом фонемы <п> или вариантом фонемы <б>. Варианты возникают в условиях нейтрализации фонем.
Позиции существенны не для всей фонемы в целом, а для отдельных её признаков. Так, конец слова в русском языке по признаку звонкости/глухости – слабая позиция, а по твёрдости/мягкости – сильная.
Состав фонем, согласно требованию МФШ, выявляется в сильной позиции. Только в этой позиции мы можем определить фонемную принадлежность каждого звукового элемента морфемы. Так, в слове л руд [прут] фонемная принадлежность последнего элемента определяется после того, как он будет помещён в сильную позицию по звонкости/глухости, перед гласным – пруда. Здесь [т] – вариант фонемы <д>, нейтрализующийся (совпадающий) с вариантом фонемы <т>.
Как же быть с многочисленными случаями, когда определяемый звуковой элемент нельзя поставить в сильную позицию, например, первый гласный в слове корова?
{[а/о]пу[с/з]та}, {[в/ф]дру[г/к]} -это образец гиперфонемы в: [Моисеев 1995: 63]. По концепции МФШ, этот элемент отнести к определенной фонеме нельзя, он является членом гиперфонемы, группы чередующихся фонем. В слове корова первый гласный звук относится к гиперфонеме <о-а>. Понятие гиперфонемы критикуется за "агностицизм". Ленинградские фонологи, когда обсуждают вопрос о первом элементе в слове кто и последнем в слове кот, говорят, что определить фонемный статус этих звуков можно только с точки зрения автономности звуковой стороны [Зиндер 1967: 84–85].
Теоретические разногласия ЛФШ и МФШ приводят к различным практическим выводам. Обсуждая вопрос о конечной фонеме в словах дуб, роз, пруд и т. п. сторонники этих школ приходят к противоположным выводам. Для ленинградцев с их автономией звуковой стороны языка здесь будут фонемы <п>, <с>, <т>. Для москвичей, различающих фонему в пределах морфемы, здесь фонемы <б>, <з>, <д> в их вариантах.
Для ЛФШ [и] и [ы] – разные фонемы, поскольку акустически они существенно различаются; для МФШ [ы] – это вариация фонемы <и>, поскольку фонемный состав определяется в сильной позиции и в пределах морфемы. В примерах Иван, с Иваном [иван, с-ываном] [и] и [ы] чередуются, но это чередование не приводит к различению смыслов. Следовательно, [ы] не является самостоятельной фонемой. Второй аргумент москвичей состоит в том, что ни одно русское слово не начинается с [ы], в то время как все другие фонемы в этой позиции встречаются. Доводы в пользу <ы> как особой фонемы см.: [Фонин 1994].