Потерпев поражение от превосходящих сил противника, Манко Инка укрылся в труднодоступной горной местности Вилькапампа, ставшей центром своеобразного новоинкского государства и освободительной борьбы индейцев.
После убийства Манко Инки испанцами в 1544 г. его младший сын - Тупак Амару взял руководство движением в свои руки. И снова завоеватели прибегли к испытанному методу. Усыпив бдительность вождя, они захватили его в плен и в 1572 г. казнили.
В 1542 г., через год после смерти Писарро, стремясь упрочить свою власть (а также в связи с участившимися в Перу междоусобицами среди конкистадоров), Мадрид учредил вице-королевство Перу. В него вошли почти все владения Испании в Южной Америке и некоторые центральноамериканские земли.
Со временем Перу стала одной из самых драгоценных "жемчужин" в испанской короне. Случалось, что вице-королей Мексики переводили в порядке повышения на аналогичную должность в Перу. При этом их жалованье заметно увеличивалось.
Вице-король пользовался по существу неограниченной властью. Он отчитывался лишь перед королем и Верховным советом по делам Индии в Мадриде. Не меньшей властью в колонии обладала католическая церковь. Она призвана была "освятить" завоевание, придать конкисте вид дела праведного, угодного всевышнему. Поэтому за спиной испанского воина, как тень, маячил монах с распятием в руках.
Вся духовная жизнь колонии находилась под неусыпным наблюдением церкви, которая не только имела различного рода доходы, но и являлась одним из крупнейших землевладельцев. Особенно укрепились ее позиции в связи с учреждением в Перу инквизиции, которая, по горькой иронии судьбы, начала свою деятельность в год открытия в Лиме первого в Южной Америке высшего учебного заведения - университета св. Марка (1551). Это произошло 16 лет спустя после основания самой Лимы.
Надо сказать, что Лима была не первым построенным испанцами городом в Перу. Вскоре после высадки на перуанской земле Писарро основал высоко в горах город Хауха, который предполагал превратить в центр и оплот конкисты. Однако место он выбрал неудачно: топливо взять было негде, а климат оказался суровым. Безуспешно пытались испанцы возделывать здесь привычные для них культуры. Люди и домашние животные никак не могли акклиматизироваться. Главной же причиной, побудившей конкистадоров взяться за поиски нового места для будущей колонии, была насущная потребность в порте, столь необходимом для укрепления ее связей с метрополией.
В декабре 1534 г. специальный поисковый отряд отправился в долину Римак и остановил на ней свой выбор: удобная бухта, пресная вода, плодородные земли, жаркое, как в Испании, солнце. Словом, все необходимое минус капризы климата. Никому и в голову не пришло, что солнце ярко светило в долине в тот день, можно сказать, случайно, оно вообще появлялось там из-за свинцовых туч лишь на три летних месяца (а ведь в южном полушарии декабрь как раз и является самым разгаром лета). Люди Писарро никак не могли предположить, что яркое солнце через два месяца скроется на весь остаток года в пелене мокрого тумана, а с берега, омываемого холодным течением, начнут дуть ледяные ветры. Испанцы, сами не ведая того, выбрали место, микроклимат которого позднее один перуанский писатель назовет "тюремным". Говорят, что немало способствовали этому и проводники-индейцы, которые заведомо дезинформировали пришельцев.
Лиму, первый камень которой Писарро заложил 18 января 1535 г., стали застраивать по строгой схеме, точно соблюдая деление на квадраты (окружающая долину горная гряда, извилистая река и т. п. не всегда позволяли впоследствии выдерживать такой принцип). После образования вице-королевства Лима официально стала его столицей.
В целях укрепления испанского господства вице-королевство было разделено на провинции во главе с губернаторами. Городами и сельскими округами управляли подчинявшиеся губернаторам коррехидоры (исправники). Последним подчинялись касики (старейшины) индейских поселений. В городах вице-королевства функционировали муниципальные органы власти - кабильдо, состоявшие из городских советников и судей, на первых порах избиравшихся. Позднее упомянутые должности превратились в наследственные, а иногда ими даже торговали. Деятельность кабильдо также контролировали коррехидоры.
На всех уровнях и во всех звеньях испанской администрации процветали коррупция и бюрократизм. Королевские чиновники не гнушались взятками, шли на подлоги, грабили казну. Сложившиеся в Перу формы общественного устройства, экономической жизни, культуры колонизаторы или игнорировали, или стремились уничтожить. Говоря об американских индейцах, Ф. Энгельс отмечал, что "испанское завоевание оборвало всякое дальнейшее самостоятельное их развитие" .
Новую общественно-экономическую формацию - феодальную, объективно более прогрессивную, чем первобытнообщинная и рабовладельческая, характерные для Перу того времени, завоеватели навязали индейцам силой. Правда, феодальный строй здесь отличался заметным своеобразием, так как "складывался в специфических условиях колониального режима и под определенным влиянием некоторых социально-экономических институтов, существовавших в Америке до начала ее завоевания".
Как и в других захваченных областях, в Центральных Андах конкистадоры подвергали местное население жестокой эксплуатации. Практически на рабский труд обрекались формально свободные индейцы. В ткацких мастерских, так называемых обрахе, индейцы трудились от зари до зари. Еще до рассвета они получали от управляющего задание, а затем взаперти выполняли его. Двери мастерской открывались дважды: в полдень, когда жены приносили мужьям скудную пищу, и при наступлении темноты, когда управляющий забирал готовую продукцию и жестоко наказывал не справившихся с порученной работой. Правда, в отличие от раба, работник обрахе получал мизерный заработок, из которого половина сразу же вычиталась на уплату различных налогов, другая шла собственнику мастерской за полусгнившие продукты, которые индеец был обязан приобретать в местной лавочке.
Такой подневольный труд напоминал, по меткому замечанию испанских исследователей и моряков Хорхе и Антонио де Ульоа, "никогда не прекращающую движения каторжную галеру, когда порт с возможным отдыхом в ней удаляется все дальше, несмотря на то, что гребцы гребут к нему в ожидании этого отдыха, не щадя своих сил" .