Приведенный эпизод показывает, что дисциплина на корабле "Надежда", которым командовал Крузенштерн, была не на высоте, если такое высокое и облечённое особыми полномочиями лицо, как русский посланник в Японии, мог подвергнуться со стороны экипажа и самого капитана "Надежды" ряду оскорблений. Не случайно, вероятно, и то обстоятельство, что "Надежда" в течение своего плавания несколько раз находилась в весьма рискованном положении, в то время как "Нева" только один раз села на коралловый риф и притом в таком месте, где его нельзя было ожидать по картам. Всё это наводит на предположение, что общепринятое представление о ведущей роли Крузенштерна в первом русском кругосветном путешествии не соответствует действительности. Не меньшее, если не большее значение в проведении всей экспедиции сыграл Ю. Ф. Лисянский, и если он до сих пор оставался менее известным в широких кругах читателей географической литературы, чем Крузенштерн, то только по своей исключительной скромности, а также и потому, что Крузенштерн опубликовал своё описание путешествия на кораблях "Нева" и "Надежда" иа три года раньше, чем Лисянский, занятый ответственными заданиями по долгу службы. Следует прежде всего иметь в виду, что Лисянский во время своей командировки в Англию умелым выбором кораблей, инструментов и снаряжения обеспечил прекрасное состояние всей материальной части экспедиции. Это одно уже являлось гарантией её успеха. С другой стороны, оба корабля, хотя и связанные единым планом действий, в действительности провели экспедицию самостоятельно, так как по условиям погоды они неоднократно теряли друг друга. Кроме того, по самому плану экспедиции, корабли имели самостоятельные задания. Хотя первую часть пути в Англию, а затем через Атлантический океан в обход мыса Горн корабли должны были совершать вместе, но затем у Сандвичевых (Гавайских) островов они должны были разъединиться. "Надежде", согласно плану экспедиции, следовало итти на Камчатку, где она должна была оставить свой груз. Затем Крузенштерну следовало отправиться в Японию и доставить туда русского посла Н. П. Резанова со свитой. После этого "Надежда" должна была снова вернуться на Камчатку, взять груз пушнины и отвезти его в Кантон для продажи. Путь "Невы", начиная от Гавайских островов, был совершенно иной. Лисянский должен был итти на северо-запад, к острову Кадьяку, где находилась в то время главная контора Российско-Американской компании. Здесь предполагалась зимовка "Невы", а затем она должна была взять груз пушнины и доставить его в Кантон, где была назначена встреча обоих кораблей - "Невы" и "Надежды". Из Кантона оба корабля должны были направиться в Россию мимо мыса Доброй Надежды. Этот план был осуществлён, хотя и с отступлениями, вызванными штормами, надолго разъединившими корабли, а также продолжительными остановками для необходимых починок и пополнения продовольствия. По пути на Камчатку Крузенштерн производил съёмки на Маркизских островах, а на пути с Камчатки в Японию - описание побережий Японии и Сахалина. Он составил подробную карту этого острова, причём определил 105 астрономических пунктов. Естествоиспытатели, присутствовавшие на корабле, собрали ценные ботанические, зоологические и этнографические коллекции. На корабле "Надежда" производились наблюдения над морскими течениями, температурой и плотностью воды на глубинах до 400 м, приливами, отливами и колебаниями барометра. Наблюдения над морскими течениями выполнялись и на "Неве" Лисянским. Он производил также систематические астрономические наблюдения для определения долгот и широт и установил координаты целого ряда посещённых экспедиций пунктов, в том числе всех гаваней и островов, где "Нева" имела стоянки. Эти измерения отличались большой точностью и в ряде случаев близко совпадают с современными данными.
Лисянским чрезвычайно подробно изучена также вся трасса проделанного им пути. В составленном им позже описании путешествия сообщается ряд советов, практически важных для капитанов кораблей будущих дальних плаваний. В этих заметках Лисянский очень подробно описывает наиболее выгодные пути входа и выхода из гаваней и предупреждает будущих путешественников о возможных опасностях. Кроме того, Лисянский производил регулярные замеры глубин у посещённых им берегов, что представляло большую важность для будущих плаваний в этих мало изученных акваториях, где описания береговых линий были весьма редки и ограничены.
Большой заслугой Лисянского является подробное изучение всей береговой линии близ посещённых им пунктов. Он произвёл одновременно и проверку существовавших в его время карт, особенно карт Гаспарского и Зондского проливов, и выполнил силами своего экипажа ряд самостоятельных съёмок, на основании которых были составлены или уточнены карты Кадьяка и других островов, прилегающих к северозападному побережью Аляски. Кроме того, Лисянский открыл небольшой остров на 26° с. ш., к северо-западу от Гавайских островов, который, по желанию экипажа "Невы", был назван его именем.
Подробные наблюдения над природой, бытом населения и его хозяйством были произведены Лисянским во всех посещённых им районах: на островах Тенериф и Св. Екатерины, на острове Пасхи и особенно на Маркизских, Вашингтоновых и Гавайских островах, а также на Кадьяке и других у северо-западных берегов Америки. Во время своего кругосветного путешествия Лисянский собрал великолепную коллекцию различных предметов, утвари, одежды, оружия и самых разнообразных редкостей тропических островов Тихого океана, Северной Америки, Бразилии и Канарских островов. Тут были также разнообразные раковины, куски лавы, кораллы, обломки горных пород.
Производя серию систематических научных наблюдений, связанных с нуждами навигации и общими интересами географии, Лисянский одновременно успешно выполнил возложенное на него Российско-Американской компанией поручение. Он без особых задержек прибыл на Кадьяк, причём еще в пути им было получено известие о вооружённом столкновении русских колонистов с местными жителями. Это известив заставило Лисянского торопиться и как можно более сократить время, необходимое для достижения русских поселений на Кадьяке, где он предполагал оказать Российско-Американской компании возможную помощь. События, развернувшиеся в колониях за год до организации плавания "Невы" и "Надежды", сводились к следующему. В 1802 году тлинкиты внезапно напали на крепость Архангельскую на острове Ситке и подожгли её и находившееся в гавани купеческое судно. По рассказам нескольких уцелевших во время нападения местных жителей, взятых в плен тливкитами и затем выкупленных Компанией, нападением руководили английские матросы с судна капитана Барбера, которое в это время находилось на Ситке.
Таким образом, имело место не только восстание местного населения, но и поддержка этого восстания со стороны англичан. Интересно, что и Головнин, посетивший русско-американские колонии через несколько лет (в 1809–1811 годах), отмечает участие в восстаниях местных жителей против Российско-Американской компании, американских её конкурентов. Он описывает "вражду диких, вызванную беззаконием компанейских управителей и подогретую американскими охотниками-хищниками".
Прибыв в русско-американские колонии, Лисянский, естественно, должен был принять участие а происходивших там событиях. Он принуждён был поддержать Баранова и находившихся в его распоряжении промышленников силами своего экипажа, а также своей артиллерии. 18 сентября 1804 года на Ситку был высажен десант. Однако крепость Архангельская, занятая тлинкитами, была взята не сразу, а лишь после восьмидневной осады, когда тлинкиты, "получившие сильный вред и урон в людях, оставили крепость ночью, удалились, оставя и все военные запасы".
Интересно отметить, что по донесению об экспедиции Баранова и Лисянского о действиях против тлинкитов, сохранившемуся в фондах Министерства иностранных дел, тлинкиты "запасены были орудиями, порохом, взятым прежде в разорённой крепости и купленным у бостонцев". Таким образом, поддержку восстаний тлинкитов против русских осуществляли не только английские купеческие корабли, но и американские. Это обстоятельство служит иллюстрацией той острой конкуренции, которая имела место между русскими, англичанами и американцами, в отношении островов, прилегающих к северо-западным берегам Америки.
После занятия Архангельской крепости её решено было срыть и перенести в недоступное для нападения место, на высокую гору, где раньше было тлинкитское селение. Это новое укрепление стало центром управления колониями и было названо Новоархангельском. Все события, касающиеся взятия Архангельской крепости и сооружения Новоархангельска, подробно описаны Лисянским.
После зимовки в русско-американских колониях, Лисянский прибыл в Кантон, где встретился с кораблём "Надежда".
Если особые задания экспедиции в русских колониях были успешно выполнены Лисянским, то этого нельзя сказать о той части планов экспедиции, которая была связана с организацией посольства в Японию. Посольство Н. П. Резанова не увенчалось успехом. Хотя он и был окружён вниманием и всевозможными знаками почёта и уважения по прибытии в Японию, но завязать торговые отношения с этой страной ему не удалось. Причиной была та изоляция Японии от других стран, которая существовала с первой половины XVII столетия. В это время ряд западноевропейских держав пытался втянуть Японию в сферу своего колониального влияния. Португальцы, испанцы и голландцы приезжали в Японию. Вслед за ними появились католические миссионеры. Правом исключительного миссионерства в Японии, дарованным римским папой, пользовался известный иезуитский орден. Своим вмешательством в жизнь Японии миссионеры вызвали большое недовольство японского правительства.