Особенно это отрицательно сказывается на развитии молоди плотвы и щуки, так как эти рыбы откладывают икру на растительность мелководий. Например, весной с освобождением водохранилища от льда щука выходит на мелководье и начинает нереститься. Икра сначала висит на стеблях растительности, позднее опускается на дно. На мелководье вода прогревается быстрее, что способствует быстрому появлению личинки. После выхода из икры она несколько дней имеет желточный мешочек, содержащий в себе нужный для питания личинки и малька желток. Достаточно окрепшим ыалек щуки становится примерно через 20 дней. В период весеннего паводка стабильным уровень воды в водохранилищах в течение такого срока бывает не всегда. Если учесть, что, например, щука мечет икру на глубине 10–15 см, то в результате понижения уровня воды в этот период может полностью погибнуть отложенная икра.
Немалое влияние на скорость развития икры оказывает температура воды. Так, понижение ее замедляет развитие икры и увеличивает время инкубационного периода.
Ихтиологи отмечают, что в результате изменения в водохранилищах кормовой базы состав пищи рыб в них резко отличается от пищи рыб в реках. Так, например, лещ, густера, язь, ерш, которые в реках питались бентосом — придонными и находящимися в грунте дна мелкими организмами (водные насекомые и их личинки, мелкие моллюски), и в водохранилище продолжают использовать такой же корм, но уже совершенно другого зоологического состава.
В водохранилищах в рационе рыб нет личинок и куколок мошек, крупных речных поденок и ручейников, редко встречаются моллюски и черви, зато много всевозможных личинок и куколок комаров-дергунов, или хирономид (мотыля).
Изменился в водохранилищах и характер питания рыбы в различные поры года. Весной в реке рыба питается личинками и куколками мошек. В водохранилищах весна для них — наиболее голодное время. Лишь личинки комара (глиптотен-дипес) несколько смягчают суровые для рыб условия. В кишечнике же донных рыб весной иногда встречается мясо крупных двустворчатых моллюсков из раздавленных льдом раковин. В течение всего лета и осени рыбы питаются рачками и хирономидами. Хорошо питаются в водохранилище хищники — щука, судак, налим и окунь. Молодь и мелкая рыба составляют их пищу в течение всего года.
Изменения в кормовой базе оказали влияние и на клев рыб. В водохранилищах он не совпадает по времени с клевом в реках и озерах. Понижение уровня воды в водохранилище повышает активность клева, его колебание при водосбросе и поступлении воды из рек, впадающих в водохранилище, ведет к неравномерному развитию зоопланктона в различных районах водоема. Это часто приводит к перемещению рыбы в поисках пищи из одного района водохранилища в другой и является одной из причин непостоянства клева в различных его частях. Рыболовам надо учитывать и то, что зоопланктон ночью сосредоточен в верхних слоях воды, днем — глубже. За планктоном перемещаются по глубине и питающиеся им рыбы.
Существенную роль в жизни рыб играет кислород. Чем больше его в воде, тем разнообразнее видовой состав рыб.
С созданием водохранилищ увеличивается площадь зеркала воды, изменяются условия обитания рыбы. Все это приводит к тому, что форель, голавль, подуст, елец, пескарь и некоторые другие виды рыб в основном уходят в верховья рек и реки, где интенсивное течение и чистая вода. Щука, окунь, плотва, ерш, карась, линь также обосновываются в новых удобных для них местах. Крупная щука занимает глубокие закоряженные места. Мелкая щука, окунь, плотва уходят в прибрежную зону на мелководье, богатое водной растительностью, и к устьям рек, впадающих в водоем.