В 1848 году он участвует во Всеславянском съезде в Праге, которое закончилось т. н. Святодуховским восстанием 12 июня, одним из руководителей которого и оказывается неистовый Михаил Александрович. После его подавления Бакунин скрывается в Германии, где выпускает воззвание к славянам, призывая их согласовывать свои действия с задачами западноевропейской демократии. Несмотря на различные клеветнические инсинуации в его адрес, которые то и дело появлялись среди партий социалистического толка, Бакунин не оставляет своих замыслов организовать восстание в Богемии – он посылает туда эмиссаров, порой самолично нелегально заезжая туда и проверяя положение дел. И хотя восстание в Чехии поднять не удалось, Бакунин вновь оказывается в самом центре событий и, во что очень трудно поверить, весьма неожиданно для себя. 4 мая 1849 года в Дрездене вспыхивает восстание. Бакунин не предполагал принимать в нем участие, однако по иронии судьбы его можно было увидеть в первых рядах восставших, а его решительные действия приводили в шок даже закаленных борцов. После подавления восстания в ночь на 10 мая он был арестован в Хемнице и заключен под стражу. После крепостного заключения в Кёнигштайне в апреле 1850 года этот беспокойный русский эмигрант был приговорен саксонским судом к смертной казни через повешение, однако вскоре она была заменена пожизненным тюремным заключением, после чего Бакунин был выдан австрийскому правительству, которое, в свою очередь, больше года продержало его в крепостях Праги и Оломоуца (в последней крепости Бакунин сидел пять месяцев, прикованный цепью к стене). Ему вторично угрожала смертная казнь, однако и на этот раз смертный приговор, вынесенный уже австрийским правительством, был заменен на пожизненное заключение, после чего в 1851 году Бакунин был передан… русским властям. Как ни странно, в России его ждало более вежливое обращение, чем в "цивилизованной" Европе, а потому "вечный" революционер решил добиться свободы. Между ним и Николаем I началась своеобразная игра: царь хотел, чтобы Бакунин выдал план польского заговора, а нераскаявшийся революционер в своей объемистой "Исповеди", специально написанной по этому случаю, объяснял свои увлечения незрелостью ума и дурным влиянием неблагонадежных сторонних лиц. Поняв безуспешность своих попыток, царь приказал заточить Бакунина в одиночку. Хлопоты родных об его освобождении успеха не имели. После смерти Николая и восшествия на престол Александра II Бакунин уже (судя по всему, отчасти) искренно просил нового царя простить его, уверяя в полнейшем раскаянии. Наконец в марте 1857 года его отправили в Томск – тюремное заключение (до 1854 года в Петропавловской крепости, после – в Шлиссельбурге) было заменено ссылкой в Сибирь на поселение. Ссылка в Сибирь оказалась достаточно необременительной – Бакунин получил право поступить на гражданскую службу канцеляристом 4-го разряда, а его дядя, Н.Н. Муравьев-Амурский, генерал-губернатор Восточной Сибири, человек, пользовавшийся значительным весом в то время, всячески помогал неразумному племяннику. Переехав к дяде в Иркутск, Михаил Александрович стал близок к чиновному окружению губернатора, что оттолкнуло от него членов кружка Петрашевского. Однако после отзыва дяди из Сибири Бакунин понял, что вернуться назад и заняться "настоящим делом" у него нет никакой возможности. Тогда он бежал через Японию и Америку в Англию, оставив в Иркутске жену, на которой он женился в 1858 году в Томске. В декабре 1861 года он встретился в столице туманного Альбиона с А.И. Герценом и Н.И. Огаревым и стал сотрудничать в их "Колоколе", где намеревался публиковать статьи по славянскому вопросу. Главной своей задачей он по-прежнему считал пропаганду освобождения всех славян и объединение их в федеративное государство. Причем порой он даже допускал возможность того, что во главе такой федерации мог стать… царь. Главными пунктами его программы в русских делах были созыв Земского собора и освобождение крестьян с землей, которую выкупает государство. Обе эти меры должны были, по его мнению, "развязать" революцию.
Экстремизм Бакунина не пошел ему на пользу: Герцен отказался принять его в соредакторы "Колокола". К тому же разгоревшееся польское восстание 63-го года окончательно сделало невозможным совместную работу этих столь непохожих друг на друга людей. Бакунин ринулся в восстание, видя в нем пролог к русской, а затем и всеславянской революции. Сначала он пытался организовать в Польше русский легион; потом отплыл из Англии на пароходе "Ward Jackson", отправлявшемся с добровольцами и оружием к литовскому берегу. Экспедиция закончилась провалом и гибелью значительного числа ее участников. Эти неудачи расстроили планы Бакунина и практически уничтожили его надежды на организацию всеславянской федерации. Революционер начинает новый этап свой жизни: вместе с прибывшей к нему из России женой он отправляется в Италию, где живет до 1867 года.
Именно в эти годы происходит отказ от панславистских убеждений и коренной пересмотр всей идейной базы, а также тактики Бакунина. Именно в эти годы он закладывает основы своего анархического учения, сближается с революционной итальянской молодежью, выступает в итальянской прессе, составляет устав задуманного им всемирного тайного революционного общества, которое должно было покрыть все страны сетью своих отделений для подготовки всемирной революции. В качестве ядра Бакунин создает в Италии тайное братство.