Подготовка к смещению Главковерха происходила на фоне обострявшегося противостояния офицерского съезда в Ставке с курсом Временного правительства. 14 (27) мая в результате обсуждения доклада о дисциплине в армии был сделан вывод о том, что армия пришла к развалу, что пришедшие из Петрограда лозунги привели к тому, что "темные солдатские массы недоверчиво относятся ко всякому, кто говорит за войну, будь то офицер или солдат". Съезд все больше и все очевиднее раздражал сторонников революции. 17 (30) мая один из его делегатов – прапорщик Никитин – поставил вопрос об ответственности за случившееся: "Приказ № 1 развалил армию в один день. Говорят, что это ошибка. Но есть ошибки и ошибки. Прежде губернаторов, по ошибке расстрелявших несколько человек, назначали в Сенат. А теперь по ошибке разрушена вся наша армия, подставлена под удары врага. И что же? Виновников этой ошибки тоже делают сенаторами". Эти слова вызвали аплодисменты офицеров и шум негодования солдат.
18 (31) мая съезд принял ряд резолюций ("О принципах командования", "О состоянии армии"), в которых говорилось о том, что армия должна получать приказы только от военных начальников, что необходимо обеспечить восстановление их власти, что в настоящий момент наблюдается полная потеря дисциплины, упадок воинского духа, потеря доверия к офицерам и, как следствие, "сведение авторитета начальника к нулю". 20 мая (2 июня) съезд принял резолюции "О единении солдат и офицеров", "О восстановлении дисциплины", призывавшие ради победы в войне восстановить дисциплину в армии, не останавливаясь перед использованием "самых суровых наказаний".
22 мая (4 июня) 1917 г. офицерский съезд в Могилеве завершил свою работу. Его закрывал А. И. Деникин, выступивший с горячей речью в защиту русского офицера: "Пусть же сквозь эти стены услышат мой призыв строители новой государственной жизни. Берегите офицера, ибо от века и доныне он стоит верно и бессменно на страже русской государственности, и сменить его может только смерть". Ответ на этот призыв последовал незамедлительно. В тот же день Алексеев был все же смещен, причем прибывший за два дня до того в Могилев Керенский ни словом не обмолвился во время встречи с Главковерхом, что готовит его смещение. Впрочем, Керенский не делал секрета из своих планов для своего окружения. Он приехал в Ставку с Юго-Западного фронта с готовым уже решением. Диалог с Брусиловым доказал ему правильность готовящейся смены.
"Кадровое решение" сопровождалось травлей Алексеева, Гурко и Драгомирова, которую начали Советы и их печать. Уход Алексеева вызвал у левых всплеск радости. "Мы от всей души приветствуем этот шаг, – отмечал орган большевиков Гельсингфорса. – Лучше поздно, чем никогда. Вред, нанесенный революции преступным поведением генерала Алексеева и окружающих его лиц, весьма велик. Погромная агитация ставки наделала слишком больших бед только потому, что наткнулась на стену высокой сознательности и революционности широких масс армии…" Интересно, что призывы к защите Родины и отказу от внутренней борьбы перед лицом внешнего врага уже назывались погромной пропагандой.
Уходя в отставку, Алексеев обратился к армии с прощальным приказом: "Почти три года вместе с вами я прошел по тернистому пути русской армии. Переживал со светлой радостью ваши славные подвиги, болел душой в тяжкие дни наших неудач, но шел с верой в Промысел Божий, призвание русского народа, доблесть русского воина. И теперь, когда дрогнули устои военной мощи, я храню ту же веру, без нее не стоило бы жить. Низкий поклон вам, мои боевые соратники, всем, кто честно исполнил свой долг, всем, чье бьется сердце любовью к родине, тем, кто в дни народной смуты сохранил решимость не давать на растерзание родную землю. Низкий поклон вам от старого солдата и бывшего главнокомандующего. Не поминайте лихом".
В этот момент активно поддержал Керенского командующий Юго-Западным фронтом. В телеграмме к министру Брусилов заявил, что готов "всеми силами оправдать доверие Временного правительства и Ваше". Уверенность в том, что именно он сумеет провести армию к победе, если возглавит Ставку, объективно делала Брусилова игрушкой в руках Керенского. Готовность к широкой социальной демагогии, замена решения вопроса демонстрацией, отданием распоряжения, пусть даже самого бессмысленного, но обязательно публичного, – все это роднило Брусилова с новыми властями, которые к тому же начали появляться в действующей армии.
Очень верную характеристику военному министру дал Половцов: ".Керенский знал командный состав армии еще хуже Гучкова, да кроме того он, по-видимому, боялся всякого человека с популярностью".
К этому следует добавить, что министр не очень жаловал Ставку. Популярность генерала Алексеева, выступавшего за сохранение твердой армейской дисциплины, не могла не вызывать опасений у Керенского: он твердо решился нанести удар по "реакции" в армии и назначить на пост Главковерха своего сторонника. Смена Алексеева была предопределена, на его место был назначен Брусилов. Он действительно оставил свой пост, как и обещал на совещании в Ставке перед поездкой в Петроград. И занял другой. Решение правительства не было внезапным для бывшего Главковерха: судя по всему, ничего обнадеживавшего для себя и армии от людей, с которыми он "совещался" в столице, ожидать было невозможно.
"Как ни тяжело было за последние месяцы командование армиями, – писал Алексеев генералу А. П. Скугаревскому, – как ни быстро шло разложение частей, я не решился бы сам оставить управление и обратиться в постороннего зрителя борьбы, которой в течение почти трех лет отдал все свои силы без остатка… Я оказался неудобным, неподходящим тем темным силам, в руках которых, к глубокому сожалению, безответственно находятся судьбы России, судьбы армии. Не ведая, что творят, не заглядывая в будущее, мирясь с позором нации, с ее неминуемым упадком, они – эти темные силы – видели только одно, что начальник армии, дерзающий иметь свое мнение, жаждущий возрождения в армии порядка и дисциплины, живущий мыслью, что русская армия не имеет права сидеть сложа руки в окопах, а должна бить неприятеля и освобождать наши русские земли, занятые противником, – для них неудобен и нежелателен. Меня смели."
23 мая (5 июня) интервью по поводу этой отставки дал глава правительства. Князь Львов заявил: "Генерал Алексеев на днях подал прошение об отставке. Свою просьбу генерал Алексеев мотивировал болезнью. Верховный главнокомандующий давно возбуждал вопрос об освобождении его от исполнения обязанностей, а здесь события назревали еще, и необходимо было, чтобы в Ставке боевая жизнь не нарушалась, почему Временное правительство и удовлетворило ходатайство генерала Алексеева". Особо было отмечено и то, что "отставка генерала Гурко не находится в зависимости от ухода генерала Алексеева".
Ориентировавшаяся на правительство пресса начала восхвалять бывшего Главковерха: он был назван "прекрасным организатором, человеком с большими познаниями", в уходе которого нет особых оснований для беспокойства, ведь правительство пригласило его в столицу. В России якобы происходило то же, что и во Франции, где Жоффр был переведен в распоряжение совета министров. Прекрасные слова были найдены и для Брусилова с Гутором (заменившим Гурко): они одни из первых примкнули к Временному правительству. После увольнения "по собственной просьбе", которая была хорошо подготовлена политикой Временного правительства, генерал Алексеев поступил в его распоряжение, но предпочел уехать в Смоленск. При этом сторонники Алексеева в Ставке по-прежнему держали его в курсе изменений в штабе.
Новый главнокомандующий сразу же проявил свою способность соответствовать новым требованиям. 30 мая (12 июня) он отдал свой первый приказ по армии: "22-го сего мая я назначен Временным правительством верховным главнокомандующим. Я смело, без колебания, принимаю на себя этот тяжелый пост служения народу для выполнения поставленной народом цели: довести нашего врага до согласия заключить с нами и нашими союзниками мир, почетный для нас и справедливый для всех, – мир, на условиях, установленных Временным правительством в полном согласии со всеми представителями народа. Наши враги с их правительствами, которые только одни имеют право вести переговоры о мире, на наши условия мириться без аннексий и контрибуций, с правом самоопределения народов не согласны, а потому выбора нам и выхода другого нет и быть не может, как только силой нашего оружия заставить его мириться и согласиться на наши столь умеренные условия".
Не был забыт и солдат "самой свободной армии мира". Брусилов призвал его защищать выстраданную народом свободу: "Если вы при старом режиме, под угрозой расстрела, храбро сражались и били врага, то неужели теперь, чтобы отстоять нашу свободу и нашу великую революцию, вы будете колебаться? Неужели вы хотите оправдать позорное для всех нас утверждение врага, что нас, якобы, свобода развалила, что мы недостойны ее, что русская революционная армия не грозная сила, а слабая разрозненная толпа недостойных свободы людей? Нет, я знаю русский народ и русского солдата. Я сам – русский солдат и смело перед русским правительством отвечаю отечеству. Отвечаю, что мы исполним наш долг до победного конца и добудем нашему отечеству почетный мир с ореолом сияния лучезарной свободы, которую мы навеки за собой закрепим".