Японцами была разработана специальная тактика морских сражений. Для борьбы с противником на воде были сформированы специальные подвижные отряды малых атакующих боевых лодок, предназначением которых было препятствовать высадке монголов на берег. Натренированные японские воины должны были брать крупные монгольские корабли на абордаж, уничтожать на них живую силу врага и сжигать его суда.
Японцы ожидали, что монголы вернутся туда, где их постигла неудача. Так оно впоследствии и произошло. Монголы, будучи мастерами шпионажа, должны были знать, что японцы готовятся к обороне и строят укрепления. Проще было высадиться в другом месте. Однако они пришли туда, где все было готово для отражения нападения.
В 1279 году Хубилай, считавший себя одним из величайших императоров в мире, в последний раз попытался дипломатическим путем склонить Японию к смирению перед своей могущественной империей. Посланники великого хана, прибывшие в столицу сёгуната Камакура, держали себя надменно и нагло. На этот раз они потребовали еще большей дани и грозили еще более страшными карами в случае отказа. Но все попытки монголов были тщетны. Угрозы только еще больше раздражали японских правителей. Подобно предыдущим представителям хана, присланным к Ходзё Токимунэ, иноземные послы были обезглавлены, а их головы отправлены в мешках хозяину. Хубилай был взбешен. Он понял бесполезность и бесперспективность всех переговоров, объявил Японию провинцией своей империи и отдал приказ о подготовке новой военной экспедиции с целью уничтожения непокорного государства и физической ликвидации ее глав. На этот раз Хубилай решил расправиться с Японией окончательно и выделил для ее захвата значительные силы.
Второе нашествие было назначено на весну - лето 1281 года. В это время тайфунов около Кюсю бывает меньше. В начале 1281 года по приказу верховного правителя полководцы Хубилая начали формировать новую армаду кораблей и приступили к разработке конкретных планов операции захвата Японских островов. Весь Южный Китай с его корабельными верфями был в руках монголов, что позволило им строить руками китайских судостроителей новые корабли. Постройка военных судов началась незамедлительно. На этот раз монгольское командование располагало почти в пять раз большим количеством кораблей, чем в 1274 году.
К западным берегам острова Кюсю, где должны были происходить боевые операции, по планам завоевателей, предполагалось на этот раз подойти одновременно с двух сторон. В первой флотилии (восточной группе) было 900 кораблей и примерно 42 тысячи монгольских, корейских и китайских воинов на борту. Как и прежде, она выходила из корейского порта Хаппо, вторая флотилия - главные силы (южная группа), насчитывала около 100 тысяч человек, разместившихся на 3500 кораблях, и выдвигалась из китайского портового города Нинбо (современная провинция Чжэцзян). Общее командование военными действиями Хубилай возложил на монгольского полководца Алахана.
Никогда ни прежде, ни впоследствии в истории не составлялось армии вторжения больше, чем монгольский флот 1281 года, ни по количеству кораблей, ни по численности войск. Достаточно отметить для сравнения, что знаменитая испанская армада, направленная тремя столетиями позже к берегам Англии, имела в своем распоряжении только 130 кораблей и 27 500 воинов.
Второй флот Хубилая состоял из больших, средних и малых военных кораблей, а также большого числа вспомогательных судов, предназначенных для транспортировки продовольствия и питьевой воды. Большие корабли монгольских завоевателей имели довольно внушительные размеры, превышая по длине 70 метров. Помимо пеших войск на кораблях монголов размещались конные соединения монгольской кавалерии, были приготовлены новейшие по тому времени осадные орудия, предназначенные для сокрушения городских стен, установлены всевозможные метательные машины для обстрела береговых укреплений. Кроме того, на ряде судов имелись небольшие кузницы для изготовления подков для коней, ремонта оружия и военного снаряжения. Прочные корпуса боевых кораблей снаружи укреплялись еще и металлическими листами, а на верхних палубах были сооружены специальные конструкции с прикрепленными к ним шкурами животных, предназначенными для защиты воинов от стрел неприятеля. Для маневрирования в прибрежных водах корабли снабжались веслами и гребными колесами.
За годы, прошедшие со времени первого нашествия монголов, японцы строили оборонительные сооружения и готовились к отражению атак с моря. Они правильно рассчитали намерения врага, который опять избрал остров Кюсю исходным пунктом вторжения. Намного лучше были подготовлены конные воины и пехотинцы.
Основой подготовленных оборонительных укреплений японцев был ряд защитных линий, из которых самую большую продолжительность имела массивная стена, возведенная вокруг бухты Хаката - высотой 2,5 метра протяженностью в 20 километров. Стена достаточно эффективно прикрывала побережье от противника. Береговые укрепления были построены таким образом, чтобы защитить стенами синтоистские святыни, в числе которых были храмы Сумиёси дзиндзя, Хакодзаки гу, сожженный монголами во время первого нашествия и вновь восстановленный, и Касии гу. На берегу залива были воздвигнуты башни и сторожевые вышки, с которых велось постоянное наблюдение за водной поверхностью. Между морем и защитными сооружениями японцы устроили массу всевозможных ловушек, которые должны были препятствовать врагу в продвижении вперед. Небольшие, но чрезвычайно подвижные гребные военные суда, построенные японскими мастерами в ожидании вторжения, стояли наготове в разных местах бухты, ожидая приближения неприятеля. В постоянной боевой готовности находились и сухопутные силы японцев. Армия сёгуната на Кюсю состояла из ста тысяч самураев, двадцать пять тысяч человек располагались на соседнем острове Хонсю в резерве.
Боевой дух японских войск был очень высок. Даже японские пираты - вако (дословно - японские бандиты), состоявшие из деклассированных элементов (ронинов) и контрабандистов, которые в течение первой половины XIII века терроризировали прибрежное население Кореи, временно оставили свое преступное ремесло и присоединились к правительственному флоту. Бакуфу на противостояние монголам направляло вако, которые были, в основном, выходцами с островов Цусима и провинции Хидзэн (современные префектуры Сага и Нагасаки).
Япония была готова к отражению нового завоевания. Были готовы к вторжению монгольских орд и острова Цусима и Ики, гарнизоны которых, как и в 1274 году, должны были погибнуть первыми. Знало об этом и гражданское население островов, по мере своих сил помогавшее военным в сооружении укреплений. Никакой надежды на спасение и помощь с Кюсю и Хонсю у местного населения не было, и жители Цусима и Ики готовились отдать свои жизни за как можно более дорогую цену.
Тем временем японские шпионы сообщали с континента малоутешительные вести о масштабах готовящейся агрессии и об идущей полным ходом подготовке к походу. Войск, предназначенных для вторжения, было так много, что их невозможно было сосчитать даже приблизительно. Сутками люди заполняли суда грузами, необходимыми для экспедиции. К лету корабли и войска были подготовлены к выходу в море.
В июне 1281 года из портов Хаппо и Окпо на Корейском полуострове вышла первая группа кораблей. Приблизительно в это же время началась погрузка на корабли второй группы, которая должна была выйти из Южного Китая.
Во время второго вторжения захватчики обошли острова Цусима и Ики с востока. Первое сражение произошло около деревни Сэкаимура на острове Камидзима архипелага Цусима. Как и прежде, малочисленные самурайские отряды дрались отчаянно, обороняя свои позиции, и смерть встретили достойно. Следующая схватка произошла около поселка Кацумото на острове Ики. Японский гарнизон был полностью уничтожен во много раз превосходящими его силами наступавших.
После повторного опустошения Цусима и Ики монгольский флот приблизился к острову Кюсю. 23 июня монголы, как и в первый раз, вошли в бухту Хаката. Видимо, монголы все же не знали о фортификационных сооружениях японцев, хотя должны были догадываться, что их ждут. Войска монголов высадились прямо перед оборонительной стеной на побережье, где сразу же попали под жестокий удар со стороны японских лучников. Сотни монголов не успели сделать по японской земле и нескольких шагов. На место погибших подоспели новые отряды атакующих. Корабли с метательными машинами начали приближаться к берегу.