Сепаратистская деятельность радикально настроенной части албанских группировок в автономном крае Косово началась сразу после войны и не прекращалась ни на один день. Объединение с Албанией оставалось главной целью таких группировок. Они шли к этой цели последовательно и упорно все годы. Менялись средства и тактика, но цель была неизменной, и она не зависела от статуса края, от количества вкладываемых в его развитие денег, от характера межнациональных отношений во всей федерации. Так и действовали по этапам: пропаганда национализма - в 50-е, демонстрации и провокации - в 60-е, вооруженная борьба - в 70-е, восстание - в начале 80-х, война за независимость - в конце 90-х. Подпольные организации в крае поддерживали албанские организации, разбросанные по всему миру: например, "Союз косоваров" (с центром в Италии, позже - в Турции), Третья "Призренская лига" (с центром в Нью-Йорке и филиалами в Турции, Австралии, Канаде, Франции, Бельгии, ФРГ). О националистической деятельности албанцев в Македонии писали мало. Однако и в этой республике под влиянием, главным образом, косовских настроений развивалась нелегальная деятельность тайных организаций, подпольных групп и вооружённых отрядов. Причём вооружённые отряды действовали преимущественно в 1945–1950 гг., а нелегальные организации и группы - до 1987 г. Наиболее активно подпольные организации орудовали в первые послевоенные годы и в период с 1967 г. по 1987 г. В Македонии подпольные группы и организации были раскрыты в общинах Куманово, Скопье, Тетово, Гостивар, Дебар, Кичево и Струга. В 1946 г. центр созданной ранее "Национальной демократической шиптарской организации" (НДШ) переместился в Скопье. Главные цели организации - "освобождение и объединение" албанцев в рамках "этнической территории".
В 50-е гг. сепаратистская деятельность в Косове начиналась с создания сети подпольных групп, с привлечения в них преданных людей, с пропагандистской деятельности, особенно среди молодежи, с налаживания связей в руководстве республики и страны. В конце 50-х - начале 60-х гг. в Косове была создана организация "Революционное движение за объединение албанцев" (позже она стала называться "Национальное движение за освобождение Косова и других албанских земель") под руководством Адема Демачи. В её составе было около 300 человек. В программе движения было записано: "Наша борьба будет долгой, и мы к ней должны подготовиться", а Устав начинался со слов: "Основная и конечная цель движения - освобождение шиптарских краёв, аннексированных Югославией, и их объединение с матерью Албанией". Чтобы достичь поставленных целей, предполагалось "употребить все средства" - и политические, и пропагандистские, и вооруженную борьбу, и общенародное восстание.
В 1962 г. к заседанию Исполнительного комитета (ИК) Союза коммунистов Сербии (СК СКС) был подготовлен обширный документ "О вражеской деятельности и негативных явлениях на Космете". В нём указывалось на антиюгославскую работу албанского посольства и пропагандистскую деятельность Албании посредством радио, средств массовой информации. Отмечалось создание нелегальных организаций албанцами на территории Югославии: только в 1960 г. их было раскрыто 5 (22 человека), в 1961 г. - 11 (70 человек). Целями таких нелегальных организаций были сбор оружия, небольшие демонстрации, диверсии на предприятиях, разбрасывание листовок, вывешивание албанских флагов и т. д. Но основной задачей этих групп считалась "борьба за присоединение Космета к Албании".
В 60-е гг. сепаратисты действовали уже активнее: устраивали провокации и диверсии, оскверняли церковные и культовые памятники, запугивали православное население. В указанном выше документе упоминается враждебная деятельность учителей и школьников, работников культуры и искусства, чиновников государственного и партийного аппарата. В этот же период стали заметной нетерпимость албанцев к сербскому населению края. За 10 лет из Косова уехало 500 семей сербов и черногорцев. В Епархиальном архиве в Призрене содержатся письма священников, которые сообщали об отъезде многих сербских семей из края, описывали их страдания. Дечанский игумен Макарий писал 3 апреля 1968 г. Сербскому Патриарху Герману: "Шиптари опять показывают свою исконную ненависть к сербам. Мы находимся в более тяжелой ситуации, чем во время австрийской или турецкой оккупации. Тогда мы имели хоть какие-то права… Ежедневными стали насилие, кражи средь бела дня, унижения и преследования. Вероятно, Вы и от других слышите, что происходит в Косове с сербами".
В одном из сообщений Министерства внутренних дел Сербии, составленном в 1966 г. на основании данных краевого отделения внутренних дел, подчеркивалось: "В средних школах, средних специальных заведениях, гимназиях и учительских школах молодежи легально преподают национализм… Враждебность растет. И таких акций в последнее время становится все больше… - организация бойкота, нападения на лиц черногорской и сербской национальности, угрозы и принуждения к отъезду с этой территории, открытые враждебные выступления в общественных местах…". Коммунисты Косова во главе с Ф. Ходжей требовали равноправия языков народов и народностей в федерации, переименования Устава края в Конституцию, определения СФРЮ как содружества равноправных народов и народностей, создания в крае Конституционного суда.
В 1968 г. в крупных городах Косова и македонских Тетове и Гостиваре произошли массовые выступления и демонстрации националистической албанской молодежи, которые были разогнаны полицией. Демонстранты требовали предоставить Косову статус республики, принять новую конституцию, объединить территории с албанским населением разных республик. "Тем демонстрациям, - вспоминал профессор из Приштины Ф. Агани, - предшествовали так называемые конституционные дискуссии в СФРЮ. Я участвовал в них, настаивая на требованиях, которые с того времени уже постоянно повторялись: самоопределение, Косово - республика…". Служба государственной безопасности отмечала, что националистические настроения в Косове ширятся, охватывая ряды интеллектуалов, студентов и школьников. В конце 60-х гг. в крае было разрешено использование албанских национальных символов (флаг, например, совпадал с национальным флагом Албании), созданы условия для научного и культурного сотрудничества с Албанией. Укрепление положение края в республике придало силы националистам. Под их давлением из края выселялись сербы и черногорцы. Неалбанские национальности были неравноправны в судах, при приеме на работу, при увольнении с работы. В период с 1961 г. до 1980 г. из Косова уехало 92 197 сербов и 20 424 черногорца. В конце 60-х гг. в Косове и Метохии активно действовало уже упоминавшееся "Движение за национальное освобождение Косова и других албанских земель", в Македонии - ряд более мелких организаций и групп, таких как "Национальная партия труда", "Куштрим и лирис", "Дер пер доре" (всего 52 человека) и др.