Руководство Коммунистической партии Югославии (КПЮ) в конце войны столкнулось с серьезным сопротивлением албанских националистов и вынуждено было с декабря 1944 г. по февраль 1945 г. вести с ними вооруженную борьбу. Оперативный штаб сообщал в декабре 1944 г., что на территории Косова орудуют "шиптарские банды", которые находятся большей частью в горах, получая помощь и продукты питания в сёлах, их поддерживающих. В отношении таких сёл предлагалось проводить репрессии. По всему краю действовали албанские контрреволюционные комитеты, которые укрепляли дух неповиновения, проводили пропаганду "Великой Албании", организовывали сопротивление народной власти, призывали не вступать в армию Тито. Албанские отряды сопротивления насчитывали, по разным данным, от 10 до 16 тыс. человек. Между восставшими албанцами и партизанской армией, в которой большинство составляли сербы и черногорцы, велись распри. Было убито около 3 тыс. албанцев. Восстание удалось погасить, часть албанцев перебралась в Грецию, часть осталась в горах и продолжила сопротивление новой власти. В начале февраля 1945 г. в Косове было введено военное управление, заменяющее гражданскую власть в крае. На должности политического комиссара, командующего и коменданта были назначены сербы. Партийные организации Косова и Метохии также возглавляли сербы.
На первом заседании Областного народного комитета Косовско-Метохийской области прозвучали призывы к вхождению края в состав Сербии. Великая Антифашистская Скупщина Сербии в апреле 1945 г. приветствовала такие высказывания. В июле 1945 г. после отмены военного положения косовары, лояльные к новой власти, собрали Областную народную Скупщину Косова и Метохии и выразили желание "всего населения области присоединиться к федеративной Сербии как её составная часть".
За время войны территорию Косова, по разным данным, покинули от 100 до 200 тыс. сербов и черногорцев, а населили около 70–100 тыс. албанцев из Албании, которые так и остались в этих краях, используя благоприятную политическую обстановку в Югославии в 1944–1948 гг. Многочисленные манифестации албанского населения Косова, проходившие в 1945 г., выражали нежелание албанцев находиться в составе Сербии. Тито пытался успокоить ситуацию, с одной стороны, заявлением о предполагаемом вхождении Косова в состав Албании, а с другой, - освобождением албанцев от ответственности за преступления против сербского населения, совершённые во время войны. Весной 1945 г. И. Броз Тито говорил албанцам Косова: "Мы знаем, что вы пошли в немецкую армию, что вы боролись против нас, но это не значит, что мы призываем вас к ответственности. Мы знаем, что вы были обмануты, что не все из вас убийцы и преступники, что 90 % из вас заблуждались, и что сейчас настало наше время вам помочь, объяснить, чего мы хотим. Мы не хотим, чтобы шиптары в Косове были людьми второго или третьего сорта. Мы хотим, чтобы у вас были свои права, равноправие, был свой язык, свои учителя, чтобы вы ощущали себя в своей стране". 6 марта 1945 г. было принято постановление "О временном запрещении возвращения колонистов в места их прежнего проживания" - в Македонию, Косово, Метохию, Срем и Воеводину. Земля не вернувшихся сербов и черногорцев, составлявшая, по некоторым сведениям, площадь около 25 тыс. га, отдавалась албанцам. Как отмечалось на заседании Скупщины Народной Республики Сербии в октябре 1948 г., "в Косове и Метохии исправлена несправедливость, нанесённая еще до войны шиптарам, когда у них отнимали земли". После войны албанцы представляли большинство населения Косова и Метохии: по переписи 1948 г. их численность составляла 498 242 человека (или 68,45 %), сербов - 171 911 человек (или 23,62 %), черногорцев - 28 050 человек (или 3,85 %). В Македонии за послевоенные годы численность албанского населения также значительно увеличилась. В 1953 г. оно составляло 12,4 % от всего населения республики, а в 1991 г. - 21 %. Особенно большой рост албанского населения происходил в общинах Куманово, Скопье и Тетово.
Известный политик, ученый и писатель, близкий соратник И. Броз Тито Милован Джилас писал в своих воспоминаниях, что правительства Албании и Югославии в конце войны "в принципе стояли на точке зрения, что Албания должна объединиться с Югославией, что разрешило бы и вопрос албанского национального меньшинства в Югославии". Это "принесло бы не только непосредственные выгоды и Югославии, и Албании, но одновременно покончило бы с традиционной нетерпимостью и конфликтами между сербами и албанцами. И - что… особенно важно - это дало бы возможность присоединить значительное и компактное албанское меньшинство к Албании как отдельной республике в югославско-албанской федерации". И. Броз Тито намного больше интересовала судьба задуманной им балканской федерации, ядром которой стала бы Югославия. Он готов был пожертвовать Косовом, чтобы сделать собственные планы привлекательными для Албании. Э. Ходжа подтверждал такое желание, дословно повторив слова И. Броз Тито в письме в ЦК ВКП(б): "Косово принадлежит Албании и должно быть присоединено к Албании. Мы желаем этого от всей души, но в настоящий момент не можем этого допустить, потому что реакция великосербов еще очень сильна".
Автономный край
Особый статус территориальной политической единицы Косово и Метохия получили только после образования Федеративной Народной Республики Югославии (ФНРЮ). Каждое послевоенное десятилетие повышало статус Косова и приносило существенное расширение автономии - от автономной области в составе Сербии в 1945 г. до автономного края с широчайшими полномочиями, практически равноправного с республиками субъекта федерации, в 1974 г.
Косово-Метохийская область на заседании представителей районов 25 мая 1948 г. проголосовала за Устав области, который действовал до февраля 1953 г., когда был принят новый. Устав подтверждался Народной Скупщиной Сербии. Верховными органами народной власти в Косове и Метохии стали Областной народный комитет и Областной исполнительный комитет. Делегаты Косова и Метохии представляли интересы области как в Скупщине Сербии, так и в парламенте Югославии. Конституциями ФНРЮ и Сербии предусматривалось, что Косово-Метохийская область посылала 15 своих представителей непосредственно в Вече народов Народной скупщины ФНРЮ, а также в Скупщину Сербии.
Политическая жизнь в Косове и Метохии в послевоенные годы проходила под знаком широкого вовлечения албанцев в общественную жизнь. До 1948 г. Народный фронт в области объединил 227 358 албанцев в более чем 57 тыс. организаций. Хуже дело обстояло с членством в КПЮ. Членами партии были лишь 0,35 % всего населения. Из них албанцы составляли 32 %, а сербы и черногорцы - 64 %.