Морское крыло корпуса, или ВМС КСИР, во многом повторило организацию регулярных иранских ВМС. Штаб ВМС КСИР был размещен в Тегеране, а в зоне Персидского и Оманского заливов были сформированы командования двух военно-морских районов - 1-го со штабом в Бендер-Аббасе и 2-го со штабом в Бушире. Операционные зоны подчиненных командованиям сил совпадали с аналогичными зонами ВМС Ирана. Для решения боевых задач на море морское крыло корпуса было укомплектовано быстроходными катерами малого водоизмещения (около 100 единиц) , сведенными в бригады с местами постоянного базирования в Бендер-Аббасе и Бушиpe. В качестве передовых пунктов базирования катеров были определены острова Абу-Муса, Томбе-Бозорг и Сирри в зоне 1-го военно-морского района, остров Фарси и захваченный у Ирака полуостров Фао в зоне 2-го военно-морского района, а также разбросанные на всем протяжении Персидского залива иранские искусственные сооружения нефтедобычи.
Катера ВМС КСИР вооружались стрелковым и тяжелым пехотным оружием не только стационарного типа, но и носимым, главным образом, противотанковым, и, как показал опыт его боевого применения в последующий период, вполне пригодным для использования в специфических условиях войны в Персидском заливе. На катерах нашли применение специально изготовленные для этих отдельные направляющие реактивных систем залпового огня типа БМ-13 (иранское название - "Миникатюша"), 106-мм безоткатнве орудия, противотанковые гранатометы РПГ-7 и часть из 2008 американских противотанковых управляемых ракет (ПТУР) "ТОУ", переданных Тегерану скандально известным подполковником морской пехоты США Оливером Нортом , а также современные американские носимые зенитно-ракетные комплексы "Стингер", поступавшие в Иран через афганскую оппозицию .
Уже в мае 1987 года катера КСИР были использованы для нарушения морских перевозок в операционных зонах как 1-го, так и 2-го военно-морских районов - южнее и юго-восточнее острова Абу-Муса; и западнее и северо-западнее острова Фарси соответственно. Катера действовали, как правило, в темное время суток, что обеспечивало им скрытность и внезапность нападений, так как своевременно обнаружить столь малые быстроходные цели с помощью радиолокационных станций достаточно сложно. Одной из их первых жертв стал советский сухогруз "Иван Коротеев", атакованный в северной части Персидского залива 6 мая.
В марте 1987 года командование КСИР Ирана в целях усиления контроля над стратегически важным Ормузским проливом, в северную часть которого с 1986 года были перемещены также ocновныe нефтезкспортные операции страны, развернуло на островах Кешм, Хенгам, Хормоз и северо-восточном побережье пролива противокорабельные ракетные комплексы "Силкуорм" китайского производства - всего 12 пусковых установок с боекомплектом 40 ракет. Аналогичные комплексы были размещены на полуострове Фао для поражения морских целей в северной части Персидского залива и береговых объектов в Кувейте.
Боевые расчеты ракетных комплексов были сведены в два дивизиона, получившие названия "Сулейман 26" и "Асиф Фао 36", организационно включенные в 1-й военно-морской район ВМС КСИР. 3атем была сформирована еще одна береговая ракетная часть, развернутая на позициях в районе Бендер-Сирик в Ормузском проливе. После того, как мировая общественность оказала давление на Китай в целях прекращения поставок ракет, Иран закупил более 100 противокорабельных ракет в Корее. Были оборудованы новые позиции на островах Ларек и Абу-Муса, включавшие пусковые установки, радиолокационные станции, бетонированные укрытия и склады .
Развертывание ракет вызвало крайне негативную реакцию не только региональных кругов, но и стран Запада, увидевших в этом попытку Ирана поставить под свой полный контроль судоходство через международный пролив и изменить баланс сил в зоне Персидского залива в свою пользу. Осенью 1987 года ракеты были использованы против торговых судов и береговых объектов. 3 сентября запущенная с полуострова Фао ракета "Силкуорм" упала в двух милях от одного из кувейтских нефтяных комплексов. Через два дня двумя ракетами был нанесен удар по другим кувейтским объектам: порту Мина-Абдаллах и острову Файлака. 15 октября американский танкер под либерийским флагом был поражен иранской ракетой в порту Эш-Шуайба, а 16 октября кувейтский танкер "Си Айсл Сити" под американским флагом загорелся после попадания ракеты в 7 милях от порта Мина-эль-Ахмади . Так называемый "ракетный кризис" ускорил принятие решения об усилении военно-морского присутствия иностранных государств в регионе и во многом обусловил избыточный, неадекватный задаче защиты международного судоходства, характер наращивания группировки ВМС США в Заливе.
С весны 1987 года берет начало и расширение рамок минной войны, инициатором которой в этот период стал Иран, использовавший для проведения минных постановок как регулярные ВМС, так и только что созданные ВМС КСИР. Ранее лидером в применении этого вида морского оружия, ограниченном районом объявленной зоной ведения боевых действий, был Ирак. В северной части Персидского залива вертолеты ВВС Ирака привлекались для создания наступательных минных заграждений в проливе Хор-Муса и в районе иранского нефтяного месторождения "Ноуруз", а иракские катера в оборонительных целях осуществляли минных постановки юго-восточнее рейдовых причалов Мина-эль-Бакир и Xop-эль-Амая . Угроза судоходству со стороны скрытно выставленных Ираном минных заграждений весной и летом 1987 года стала причиной направления в Залив группировок иностранных минно-тральных сил, ранее не привлекавшихся в подобных масштабах в состав действовавших в регионе военно-морских сил.
Таким образом, в начале второго этапа третьего периода Вооруженной борьбы в Персидском заливе сложилась принципиально ситуация, характер которой определялся не только и не сколько активизацией традиционно привлекавшихся для решения боевых задач на море сил - иракской авиации и ВМС Ирана, - а появлением новых субъектов военных действий, включавшихся в борьбу на международных морских коммуникациях с прямо противоположными целями. Это - развернутые в Заливе ВМС США и ряда других стран НАТО и, созданные весной 1987 года, военно-морские силы КСИР Ирана.
Особенности развертывания, виды деятельности и характер противоборства группировки ВМС США и стран НАТО с иранскими силами будут подробно рассмотрены в четвертой главе данной работы.
Усиление присутствия ВМС неприбрежных государств в северо-западной части Индийского океана, вызванное необходимостью защиты международного судоходства от иранских атак, ни декларативно, ни практически не было направлено против Ирака и его авиации и не ограничивало ее деятельность. Напротив, объективно интересы такого присутствия и интересы Ирака по защите коммуникаций в Персидском заливе против общего противника - Ирана - совпадали. Угроза судоходству со стороны ВМС КСИР поставила перед авиацией Ирака, как впоследствии и перед командованием ВМС США в Заливе, задачу оказания противодействия нападениям катеров на торговые суда. В разряд приоритетных целей для самолетов ВВС Ирака были включены пункты передового базирования иранских катеров на островах и морских объектах нефтедобычи. В середине июля иракская авиация а течение трех дней наносила бомбовые удары по местам базирования ВMC KCMP Ирана в Персидском заливе.
Наиболее частым налетам подвергался остров Фарси (27° 59′ с.ш., 50° 10′ в.д.), действуя с которого иранские катера атаковали суда на имеющей важное значение для Ирака судоходной линии в кувейтские порты. Для проведения налетов на небольшой островок диаметром несколько сот метров и высотой всего 4 метра выделялось одновременно до четырех самолетов.
Массирование сил и средств становится в этот период одной из характерных черт использования иракской авиации в Персидском заливе. Так, в рейде на крупнейший иранский нефтехимический комплекс в порту Бендер-Хомейни 22 августа 1987 года участвовало 40 истребителей-бомбардировщиков, при этом все самолеты вернулись на базы. Менее чем через сутки повторный налет совершили 36 самолетов. Наряду с продолжением ударов по объектам нефтяной промышленности в северной части Персидского залива, которые, помимо комплекса в Бендер-Хомейни, включали нефтехимический комбинат в Бушире, остров Харк и соединенный с ним нефтепроводом нефтеперерабатывающий завод в Генаве, иракская авиация совершала регулярные рейды в удаленные от баз районы восточной части Залива и Ормузского пролива.