Министр князь A. M. Горчаков безоговорочно поддержал этот тезис. Он потребовал прекратить военные операции и заняться обустройством завоеванных территорий, утверждая непререкаемую власть России вместо того, чтобы ввергать ее в авантюры, чреватые созданием внешнеполитических проблем с Англией, равно как вовлекать Россию в ряд военных походов с риском вызвать восстание населения на уже завоеванной территории. Важно, полагал он, ослабить Коканд изнутри, постоянно провоцируя отделение Ташкента. Россия возьмет затем город под свое покровительство. 25 января 1865 года специальная комиссия после дебатов приняла решение передать ведение политических и торговых дел со Средней Азией в Оренбург. Решено было также объединить завоеванную территорию по Кокандской и Сырдарьинской линиям – от западного края Иссык-Куля к Аральскому морю – в один регион, который войдет в Оренбургскую губернию. Первым военным губернатором нового региона, облеченным особыми полномочиями в связи с отдаленностью территории и особенно со сложностью обстановки, должен был стать генерал Черняев.
Следствием этих решений стало, с одной стороны, предоставление Черняеву расширенных полномочий, достаточных для того, чтобы получить одобрение его предложения продолжить наступление. С другой стороны, решение вопроса было передано под контроль людей, находившихся далеко от Санкт-Петербурга, в первую очередь под юрисдикцию генерал-губернатора Оренбурга. Черняев мог заявить открыто, что вопрос состоит не в том, чтобы раздвинуть границы Российской империи мирным путем, как предлагает правительство, поскольку, по его словам, у Западного Туркестана нет естественных границ. По его мнению, весь регион следует подчинить военным путем. И его покорение нужно начать с Ташкента, владение которым важно для России.
События благоприятствовали Черняеву. В то время как российское правительство обсуждало свои намерения, эмир Бухары воспользовался перемирием, чтобы двинуть свои войска в Фергану. В начале 1865 года он сосредоточил их в Самарканде, откуда совершил марш на Ура-Тюбе и оттуда в Фергану. Обратив себе на пользу столкновение армий Бухары и Коканда, Черняев 28 апреля 1865 года предпринял штурм Ниязбека, крепости в Чирчике, которая контролировала водоснабжение Ташкента. Затем, несмотря на неравенство в соотношении сил (у Черняева было 1300 солдат и 12 пушек, у Алимкула – около 6 тыс. солдат и 40 пушек), он двинулся на Ташкент, где 9 мая встретил войска Алимкула. Состоялось кровопролитное сражение. Особенно большие потери понесла армия Коканда, которая потеряла 300 человек, включая своего предводителя, в то время как русские войска понесли лишь незначительные потери.
Затем Черняев обратился к правительству за инструкциями относительно того, как поступить с Кокандом, лишившимся предводителя, а также с алчными устремлениями эмира Бухары, которые еще больше разожгла гибель Алимкула. Ответ правительства свидетельствовал о неопределенности его позиции. Горчаков подтвердил необходимость решительного отпора претензиям эмира Музаффар эд-Дина на Коканд, но в то же время он призвал Черняева к сдержанности, напоминая, что Россия стремится прежде всего к миру в Азии с тем, чтобы развивать торговлю с регионом, а состояние войны и беспорядки могут только помешать этому.
Правительство Российской империи направило в Бухару своих представителей, чтобы решить вопрос о предоставлении равных прав торговцам России и Бухары. Горчаков тем временем послал генерал-губернатору Оренбурга генералу Н. А. Крыжановскому весьма разумную декларацию о намерениях для гражданских и военных властей в Кокандском ханстве, разъясняющую цели политики России. Горчаков указал также на необходимость соблюдения осторожности, поскольку "текст могли ошибочно интерпретировать как призыв к неподчинению законным властям, поэтому документ следует использовать с максимальным благоразумием и только тогда, когда успех предприятия не ставится под сомнение".
Между тем в Ташкенте голод и засуха вызвали конфликт между народом и властями. 10 июня султан Коканда Сеид-хан бежал из города просить помощи у Бухары. Поэтому Черняев решил покончить с проблемой раз и навсегда. Послав войска под командованием А. К. Абрамова блокировать дорогу на Бухару, он окружил Ташкент и поздно ночью 14 июня начал штурм города. 17 июня 1865 года Ташкент капитулировал. Войдя в город, Черняев издал прокламацию. Чтобы успокоить население, он обещал уважать исламскую веру и местные обычаи, а также не зачислять мусульман на службу в русскую армию. Эти обещания и обязательство не взимать в течение года налоги успокоили людей.
Не успел Черняев захватить Ташкент, как стал противником идеи образования из него независимого ханства. Он полагал, что для сохранения завоеваний требуется продолжение наступления к истокам Сырдарьи. Генерал Н. А. Крыжановский возражал против перемещения границ и поддерживал план создания ханства, поскольку "суверена легко контролировать". Он выступал за сооружение укреплений по линии Нияз-Бек, Чиназ и далее. Генерал особо настаивал на передышке в наступлении для того, чтобы консолидировать позиции России на завоеванных территориях посредством административной работы. В столице, пока П. Н. Стремухов продолжал тревожиться по поводу проблем, которые "одностороннее решение судьбы Средней Азии вплоть до Бухары" могло создать, военный министр Д. Ф. Милютин склонялся к промежуточной позиции между экспансионизмом Черняева и желанием министра иностранных дел сделать из Ташкента отдельное ханство. В практическом плане он предложил, чтобы Ташкент располагал определенной автономией в виде муниципальной власти, "защищаемой Россией от Бухары".
Сначала план МИДа, казалось, брал верх, поскольку в сентябре 1865 года Крыжановский отправился в Ташкент с намерением собрать влиятельных граждан города с целью назначения суверена и провозглашения независимости города вне территорий, простирающихся до Сырдарьи. Однако влиятельные деятели, главным образом религиозные, представили ему документ на узбекском языке с требованием, чтобы контроль над религиозной жизнью города был передан в руки кази-каляна. Крыжановский отказался рассматривать это требование, поскольку оно противоречило его плану ослабления влияния духовенства ради торговцев, которые, полагал он, должны сыграть ведущую роль в выборе суверена. Состоялся бурный спор с Черняевым по поводу выполнения плана. Черняев уклонился от обсуждения вопроса о провозглашении независимости Ташкента, выдвинув в качестве оправдания довод о беспорядках, которые могут вспыхнуть, и угрозу вмешательства эмира. Вопрос в конце концов разрешился в соответствии с рекомендациями генерал-губернатора, поскольку экономические круги империи склонили чашу весов в его сторону.
Город должен был стать главным центром, и тогда влияние Бухары постепенно ослабнет. Даже такой завоеватель, как Черняев, который знал Среднюю Азию, понимал, что Бухара с ее огромным историческим и религиозным влиянием представляла опасность для господства России. Но если бы Ташкент превратился в экономический центр и преимущества его нового положения почувствовало местное население, тогда Российская империя могла бы надеяться на то, что станет противовесом священной Бухаре и устранит ее влияние. С этого времени правители России поняли, что имперская предприимчивость в Ташкенте является самым надежным способом постепенного подрыва духовного сопротивления.
Вот почему Крыжановский добивался от Милютина усилий по превращению Ташкента в коммерческий центр. При содействии Милютина несколько наиболее значительных русских компаний: "Савва Морозов и сыновья", "Иван Хлудов и сыновья" и "Братья Барановы" – объединились в 1866 году в "Ассоциацию по торговле с Ташкентом и Средней Азией". Благодаря полковнику Д. И. Романовскому, которому было суждено сыграть роль вдохновителя и подлинного представителя правительства, они добились от властей определенных гарантий (охраны караванов и страхования товаров) и важных концессий (земли в Западном Туркестане, должности и право закупать сырье у государства по оптовым ценам) взамен на постоянную ориентацию бизнеса на Среднюю Азию. Обсуждая с ассоциацией вопрос о направлении в регион научных экспедиций для учета ресурсов Западного Туркестана, правительство дало ясно понять, что придает проблеме большое значение.
Вместе с тем, поскольку прилагались такие усилия с целью отвести Ташкенту роль центра торговли России с Востоком, едва ли было возможно тянуть время с определением его статуса. Главной проблемой стала безопасность русских купцов и товаров. Поскольку эмир Бухары повысил свой престиж среди завоеванных народов благодаря своим военным успехам, царское правительство без колебаний встало на сторону Черняева. Следовало целиком и полностью уберечь население Ташкента от устремлений Бухары. Единственным решением была аннексия. В августе 1866 года присоединение Ташкента к империи было провозглашено царским указом.
Бухара
Теперь на авансцену российской политики вышел вопрос о Бухаре. Некоторое время правительство выжидало и стремилось наладить переговоры с эмиратом, несмотря на военную угрозу Фергане со стороны эмира. Колебания царских властей объяснялись разными факторами.
Во-первых, правительство воздерживалось от нападения на эмират, потому что считалось с военной силой Бухары. В то же время оно опасалось взрыва религиозного фанатизма, который могло вызвать вторжение на бухарскую территорию. В действительности власти преувеличивали силу бухарской армии, как и степень приверженности населения к суверену. Как показывало время, они не ошибались в отношении влияния мусульманского духовенства на верующих. Однако накануне наступления русских бухарцы были настолько обременены материальными трудностями, что были готовы скорее восстать против властей, чем защищать их или сопротивляться зарубежным завоевателям, даже если те были неверными (кафирами).