Новый царский указ от 31 октября 1651 года предписывал все келии вновь возродившейся обители снести, старцев арестовать и их "с монастыря не спускать… беречь крепко". Но и на этот раз Капитону удалось уйти. Он перебирается ещё дальше на юг, в ещё более глухие вязниковские леса, между Шуей и Вязниками, окончательно исчезая из поля зрения правительства и церковной иерархии.
В дальнейшем церковные иерархи не раз высказывались о "еретичности" Капитонова учения. Но в чём же они усмотрели здесь ересь? Неужели лишь в крайнем аскетизме, вообще изначально свойственном христианскому учению? Судя по всему, сам Капитон, будучи простым иноком, священнического сана не имел, и все службы в его обители велись по особому, скитскому уставу. Этот устав не был каким-то собственным изобретением Капитона, но имел на Руси давнюю историю. "Беспоповщинская" практика была распространена у нас "с незапамятных времен, чуть не с самого начала христианства… - именно с той поры, когда выступают здесь простые иноки, подобные Кукше, и наряду с духовенством являются распространителями Церкви и представителями её среди язычников". По причине огромных пространств и крайней малочисленности священства жители многих областей привыкли в своих религиозных нуждах обходиться без священников и без храмовых богослужений. Так, церкви они заменяли часовнями, церковную службу - часовенной или келейной, священника - захожим старцем-иноком, а то и просто грамотным благочестивым мирянином.
Одновременно развивался церковный устав, приспособленный к этим условиям. Это был так называемый келейный устав, из которого впоследствии произошёл устав скитский, то есть устав службы домашней. В нём чинопоследования разных церковных служб (за исключением всенощного бдения и литургии) были приспособлены к отправлению их одним лицом в его келии, даже если это был простой инок, не имевший священного сана. Келейное правило, возникшее ещё на христианском Востоке, приобрело в жизни древнерусского подвижника первостепенную важность. Оно помещалось во всех Уставах, Псалтырях, Часовниках, Канониках, Старчествах, Сборниках и других богослужебных и учительных книгах. Постепенно келейное правило превратилось в скитский устав, по которому совершали службы многие монахи, особенно старчествующие и отшельники. А кое-где службы по скитскому уставу совершались даже в целых общинах.
В этой связи следует остановиться на таком общерусском явлении, как старчество. Многие исследователи совершенно справедливо относят его к числу наиболее характерных и специфических черт русского православия. В русском старчестве произошло своеобразное развитие древнейшего монашеского института духовного отцовства. Двойственная связь "монах - старец", изначально входившая в структуру православного монашеского уклада, со временем преобразовалась в институт духовного руководства, совета и назидания простых мирян. В частности, это имело место и в старообрядчестве. Не раз отмечалось, что старообрядческое движение в своем развитии опиралось на монастырский хозяйственный уклад и монашеский образ жизни. Собственно говоря, дом любого последовательного старообрядца представлял собою монастырь в миру. Это идеал, который рисовал ещё "Домострой", но который по-настоящему стал осуществляться в широком масштабе, видимо, только после раскола Русской Церкви - в той её части, которая осталась верной древлеправославной традиции, то есть у старообрядцев.
По этой причине, а также по причине пресечения правильно рукоположённого священства, древнерусская традиция старчества становится в старообрядчестве особенно актуальной. В этой связи характерно название одной книги, особенно популярной среди старообрядцев - "Старчество" - собрание деяний и изречений древних пустынников, прежде всего египетских отцов. Если и до раскола приходской священник воспринимался как представитель Церкви, который действовал исключительно от её имени и её силой, а по своим личным качествам, нравственным и духовным, мог никакими особыми достоинствами и не выделяться, то от старца, напротив, "требовалось непременное обладание личной харизмой и духовным авторитетом; его наставления выражали его собственный, добытый и пережитый им самим опыт подвига как Богообщения и единения с Богом. В нём важен и воздействовал - живой пример, самое явление его личности… В общении со старцем, в его наставлениях человеку явственно приоткрывался иной мир, иной, высший образ существования. Человек получал приобщение к жизни в подвиге и в устремлении к Богу, открывал для себя мерки этой жизни, её ценности, установки, подход - и пусть он не мог и не ставил целью следовать им во всей полноте, но он их усваивал в качестве твёрдых ориентиров своего мира".
При таком подходе оказывалось: церковная иерархия вроде бы далеко не главное, что нужно для спасения души. А если учесть достаточно сильное падение нравственного уровня духовенства после Смутного времени, то можно догадаться, почему Капитон и его многочисленные последователи, искренне желая спастись, старались избегать священников, особенно злоупотреблявших вином, а затем начали "погордевати священным чином" и совсем перестали ходить в церковь.
Вместе с тем не нужно забывать, что вестернизация России началась задолго до Петра I. Мутный поток западных обычаев и идей хлынул на Русь ещё с приходом первого Самозванца, то есть как минимум в начале XVII века, и затем начал постепенно отравлять своими миазмами правящую элиту Русского государства и Русской Церкви. С появлением в Церкви новых веяний Капитон начинает яростно их обличать. Особенно резко критиковал он поклонение новым иконам, написанным под западным влиянием и изображавшим Христа реалистически и чувственно. Здесь невольно вспоминаются отзывы протопопа Аввакума о "новом искусстве": "По попущению Божию умножися в нашей русской земли иконнаго писма неподобнаго изуграфы… Пишут Спасов образ Иммануила; лице одутловато, уста червонная, власы кудрявые, руки и мышцы толстые, персты надутые, тако же и у ног бедры толстыя, и весь яко немчин брюхат и толст учинен, лишо сабли той при бедре не писано. А то все писано по плотскому умыслу: понеже сами еретицы возлюбиша толстоту плотскую и опровергоша долу горняя… А Богородицу чревату в Благовещение, яко же и фрязи поганыя. А Христа на кресте раздутова: толстехунек миленькой стоит, и ноги-те у него, что стулчики. Ох, ох, бедныя! Русь, чего-то тебе захотелося немецких поступов и обычаев!"
Вполне естественно, что когда началась никоновская "реформация", Капитон безоговорочно принял сторону ревнителей старой веры и выступил с обличением новшеств. Теперь число учеников лесного старца увеличилось ещё больше за счёт тех, кому стало "сумнительно, что в церквах почали петь по новым книгам и в службах всё переменено". Неоднократно власти пытались выследить и арестовать Капитона, направляя воинские команды в вязниковские леса, но тщетно - старец был неуловим. "Но никакоже обрестися можаше, Самому Богу того покрывающу: иже во оной пустыни добре пожив, благочестие ревновав, святопреподобне преставися". Судя по всему, старец Капитон умер в конце 1650-х или в самом начале 1660-х годов. Последнее его местопребывание так и осталось тайной.
Дело Капитона продолжали его ученики: препоясанный железным поясом "дивный Леонид", строгий постник Симеон, "всепречудный Иаков", "всекрасный в пустынницех и предивный житием отец Прохор" и ученик Прохора, сподвижник самого Капитона - "великий и премудрый Вавила". Подвизаясь в вязниковских лесах, ученики Капитона проповедовали древлеправославие не только словом, но и личным примером. Постепенно учение лесных старцев широко распространилось среди крестьян Ярославского, Костромского, Рязанского, Владимирского, Тверского и Московского уездов. Слух о их иноческих подвигах и стоянии за старую веру быстро достиг столицы, и вязниковскими лесами заинтересовался приказ Тайных дел. В декабре 1665 года начался сыск, занявший около двух месяцев. За это время было арестовано до ста человек и сожжено 30 заклязьминских скитов.
Когда весть о приближении воинской команды достигла скитов, многие пустынники побежали ещё дальше в леса. Звали ученики бежать с собой и отца Прохора. Он же спокойно отвечал им: "Идите, чада, и укрыйтеся скоро, мене оставльше. Ибо аз прежде вас тако убежу, яко никогдаже постижен буду ловящими". Ученики блаженного отца Прохора удивились, но ослушаться старца не посмели и оставили скиты, поскольку воинская команда была уже совсем невдалеке. Старец же затеплил свечу и, приготовив кадило, вложил в него ладан. Покадив святые иконы и свою келию, он со многими слезами прочёл своё келейное правило. Воины уже подходили к его келии, когда он закончил молиться. Прохор спокойно лёг на своё ложе, оградил себя крестным знамением и, крестообразно сложив руки на груди, тихо отошёл к Богу. Ворвавшиеся в келию воины увидели чудную картину: свеча перед иконами ещё горела, кадило дымилось, испуская благоуханный дым, а старец без дыхания мирно покоился на своём ложе. Лицо его было необыкновенно спокойно и светло. Объятые страхом, воины выбежали вон из келии.