19 мая 1919 г. Серпуховский совет составил докладную записку о засилье в Полевом штабе "Серпуховской крупной буржуазии", возмущавшем голодавшую (в отличие от сотрудников Ставки) "пролетарскую массу", и коррупции в его руководстве. Записка, несомненно, способствовала нагнетанию обстановки вокруг Полевого штаба. Формально она адресовалась Реввоенсовету Республики - фактически московской партийной организации, "взявшей" на себя политический контроль над "Красной Ставкой". Вопрос обсуждался на Московском партбюро. При чтении записки поражает осведомленность ее автора - он в курсе процессов, происходивших не только в высшем фронтовом (Полевой штаб), но и в центральном военном аппарате, располагавшемся в Москве, а именно - во Всероссийском главном штабе и Регистрационном управлении Полевого штаба РВСР. Сам Реввоенсовет в документе прямо не назван, однако фактически это камень в его огород. Степень информированности автора указывает на то, что этот документ уездного исполкома был прямо заказан для компрометации ПШ. Не то, чтобы в нем сообщалось что- либо новое о коррупции в штабе, просто о ней очень своевременно вспомнили…
22 мая на объединенном заседании Полит- и Оргбюро ЦК РКП(б) "Вследствие ряда сообщений о действиях Самойло на Восточном фронте, а также и о Костяеве" рассматривался вопрос "о Каменеве и дальнейшем положении дел Востфронта". Фактически рассматривали вопрос о замене Ф.В. Костяева на этот посту начальника ПШ; предлагалась кандидатура С.С. Каменева. Троцкий 24 мая отписал Склянскому, что Каменева целесообразнее назначить "командующим Восточным фронтом - по своему складу это командующий, а не начальник штаба". Из телеграммы Троцкого Э.М. Склянскому для Ленина, в частности, следует: 1) Вопрос о смене руководства Полевым штабом был делом решенным; 2) Ленин уже тогда предполагал удалить Ф.В. Костяева, а вместо недостаточно твердого (как следует из документа) и предельно лояльного Костяеву комиссара штаба С.И. Аралова - назначить М.М. Лашевича (ставленника Г.Е. Зиновьева); 3) скорее всего, Троцкий тайно был против указанных перестановок. Он дал Ленину свое согласие на смену Костяева, но заметил: "вся трудность" в замене генерала "лицом, которое было бы не хуже". В довершение: "при смещении Костяева нужно предварительно переговорить с Главкомом, чтобы не расстроить сразу всей машины", т. е. работы Ставки. Троцкий высказался против замены Аралова Лашевичем (разногласия его с Лашевичем общеизвестны), который, по словам Троцкого, вряд ли будет тверже Аралова. Понимая, что Семена Ивановича обязательно уберут, Троцкий предложил на пост комиссара Красной Ставки С.И. Гусева - своего давнего недруга и преданного "ленинца": из двух зол председатель РВСР выбрал, как ему казалось, меньшее.
2 июля ЦК постановил отозвать С.И. Гусева с Восточного фронта и назначить комиссаром Полевого штаба, если со стороны Троцкого не встретится препятствий. 3 июня об этом телеграфировал председателю Реввоенсовета Эфраим Склянский. Троцкий не возразил - и прогадал: 15 июня на заседании ЦК с его участием Главкомом было решено оставить Вацетиса, начальником ПШ назначить генерала М.Д. Бонч-Бруевича, "С.И. Гусева (!) назначить членом Реввоенсовета Республики с местопребыванием в Серпухове, поручив ему вместе с Бонч-Бруевичем сократить и изменить состав Ставки".
16 июня Троцкий направил заявление в ЦК РКП(б) с протестом против решения о необходимости чистки Полевого штаба. Заявление очень смелое и не очень выдержанное: "решение заключает в себе элемент причуды, озорства (! - С.В.): так оно будет воспринято… Можно принимать какие угодно свирепые решения, но в них не должно быть павловского каприза: "хочу кролика спарить с канарейкой - и больше ничего". Комбинация будет истолкована как причуда растерянности и отчаяния. Развал и предательство среди спецов станут больше. Особенно если это будет дополнено арестом Костяева, который… и работает 20 часов в сутки. В терроре элементы каприза ожесточают и дезорганизуют гораздо более, чем самая свирепая жестокость… Ставка - "вертеп"… не сомневаюсь в чудовищности преувеличения разных кумушек… Американская мудрость вообще рекомендует не пересаживаться с лошади на лошадь, когда переезжаешь через быстрый поток. Мы же в самый критический момент впрягаем таких лошадей, которые тянут заведомо врозь (И.И. Вацетис и М.Д. Бонч-Бруевич, отношения которых не сложились. - С.В.)". Обращение Троцкого проигнорировали, решение ЦК не отменил. 17 июня председатель РВСР подал в отставку, но Ленин сохранил его: Троцкий был нужен и в военном ведомстве, и в политической жизни. В записке Л.Б. Каменеву председатель Совнаркома "категорически протестовал" против всякой попытки чем-либо обидеть Л.Д. Троцкого и "настойчиво подчеркивал", что ЦК руководствуется "исключительно соображениями о международном значении т. Троцкого вообще и его роли в советской и партийной работе в РСФСР". Гусев же принялся активно проводить постановление ЦК в жизнь. Он сразу взялся за ПШ, в котором, как он заявил, служили одни заговорщики.