Государственный деспотизм и абсолютизм, вошедшие в русскую жизнь в Монгольскую эпоху, вновь усиливались, систематизировались, упорядочивались и слегка "модернизировались" (в духе Нового времени, требовавшего "регулярного государства" и бюрократической стандартизации управления). По словам Б. Кагарлицкого: "Россия и Англия переживали один и тот же мировой кризис, но каждая страна – по-своему. Если Англия дала образец революционного выхода из "кризиса XVII века", то Россия – реакционного. И эти результаты отразили не только разный уровень социально-экономического развития или разные политические традиции, но… разные места, которые эти две страны заняли в складывающейся миросостеме… Победившая в 1648–1649 году "середина" объединилась не с "низами", а против "низов"… Модернизация могла быть проведена только сверху, только под присмотром государственных солдат и чиновников, которые не дали бы сельским массам возможности ворваться в процесс".
Верхушка посада в Московии была слаба и не соединилась с низами (как в Англии и во Франции в ходе революций, образуя единое "третье сословие"), а тяготела к царской власти и дворянству, прося привилегий и монополий, эксплуатации деревни и закрепощения крестьян, – прося не о снятии "тягла" с себя, а о его распространении на других. (Уложение, идя навстречу посаду, отменило "белые слободы", обложив их обитателей тяжёлыми налогами). Того же – сословных привилегий – в обмен на безоговорочную поддержку самодержавной власти и ограничение боярской аристократии – требовали дворянство и казённая церковь. Поэтому "конституция" Московской Руси – Уложение 1649 года, упорядочивая все сословные, земельные, военные и финансовые вопросы жизни государства, в отличие от европейских конституций, вырванных у монархов революциями и ограничивающих их власть парламентскими органами, напротив, оформила в Московии систему царского абсолютизма и тотального крепостничества. Тысяча статей Уложения охватывала все стороны жизни, а само Уложение, размноженное в двух тысячах экземплярах, было разослано по всем уголкам страны. Стабильность, регулярность и "равный для всех закон и суд", провозглашаемые в Уложении, оказались не ограничителями государственного произвола, а его надёжными основами. За самодержавием навеки закреплялась роль высшего арбитра по всем вопросам и единственного подателя всех милостей.
Дальнейшие реформы государственного управления, армии и налоговой системы диктовались логикой непрерывных войн и завоеваний, проводимых самодержавием в XVII веке. Для этих завоеваний нужна была мощная армия (хорошо обученная, профинансированная, унифицированная и лояльная самодержавию), а значит, нужны были эффективно работающие бюрократические учреждения и налоговая система, выкачивающая из населения нужные для завоеваний средства. А присоединение новых земель требовало стандартизации законов и управляющих органов, непрерывных реформ и модернизации государства. По словам В.Н. Козлякова: "Новые земли, существовавшие до включения в состав Московского государства в иных правовых и политических условиях, отнюдь не сливались с прежней "всей землёй", сохраняя на первых порах своеобразное административное и сословное устройство, свой экономический быт, вплоть до хождения параллельной валюты. Но вопрос о "притирке" друг к другу старых и новых территорий существовал, и власть несомненно была заинтересована в унификации управления. Другими словами, имперский вызов диктовал имперский ответ. Отсюда увеличившееся в обществе значение приказной бюрократии, заполнявшей собою управленческие ниши на месте прежнего самоуправления и служившей власти лучшим инструментом для проведения необходимой административной унификации".
Вторая половина XVII века проходит в России не только под знаком непрерывных войн и захватов земель, но и (в связи с этим) под знаком угасания Земских соборов, органов местного самоуправления и аристократических учреждений и, одновременно, под знаком бюрократизации всех сфер жизни, централизации и стандартизации государственной власти. Очень ярко заметна эта тенденция вытеснения аристократии бюрократией на примере эволюции Боярской Думы. Если в первые годы правления Романовых Боярская Дума играла заметную роль в решении государственных дел (что нашло выражение в известной формуле, традиционно открывающей все законы и указы: "Царь решил, а бояре приговорили"), то затем наблюдается упадок Боярской Думы, вытеснение из её состава аристократических родов и всё больший удельный вес в ней дворянства и даже приказной бюрократии. Думу всё реже созывают. И одновременно, стремительно растёт её численность (что делает Думу неработоспособной и обесценивает звание члена Думы). Если в 1613 году в Боярской Думе было 29 человек, то в 1690 – уже 153. Компетенция Боярской Думы была неопределённой и расплывчатой (как и у Земских соборов). Монарх мог решать любые вопросы как с Думой, так и без неё. При слабых и никчёмных правителях (вроде Михаила) роль Думы возрастала, а при сильных и самостоятельных (как при Алексее) – падала. Алексей Михайлович откровенно предпочитал опираться на лиц, приближённых к нему – "ближних", "больших" бояр. Как свидетельствует подъячий Григорий Котошихин, бежавший из Московии за границу и написавший книгу о Руси, Алексей Михайлович "какие великия и малыя своего государева дела похочет по своей мысли учинити, с бояры и с думными людьми спрашивается о том мало – в его воле, что хочет, то учинити может". По мере падения роли Думы возрастала роль думских комиссий во главе с влиятельными боярами, назначенными царём. Исчезнет Дума уже при Петре I, который не распустит её, а просто перестанет созывать и пополнять её новыми членами – так она тихо "вымрет" и сойдёт со сцены.
В 1682 году, при царе Фёдоре Алексеевиче, пал важнейший бастион русской аристократии – местничество. Стремясь уравнять всех "подданных" в их полной зависимости от абсолютизма государя и оценивая их не по "роду", а по личной преданности монарху и идя навстречу настойчивым просьбам дворянства и приказной бюрократии, Фёдор Алексеевич повелел сжечь "разрядные книги", окончательно заменив аристократический принцип управления и назначения бюрократическим.
Чем больше укреплялся абсолютизм и чем меньшее значение имели "земские" и аристократические органы (Земские соборы, Боярская Дума, местное самоуправление), тем большее значение приобретала приказная бюрократия, навсегда ставшая отныне опорой русского самодержавия. В это время формируется постоянный состав приказов, круг их обязанностей. Чиновники (дьяки, подъячие) рекрутировались из бедных дворян, детей священников, постепенно складываясь в постоянное сословие со своими связями и интересами.
Чиновники получали денежный оклад, земельные владения, натуральные пожалования. Однако главным источником их дохода навсегда стали взятки ("посулы", "почести", "поминки" – русский язык предлагал множество слов для их обозначения), позволяющие говорить о "доходных" и "недоходных" приказах. С этого времени "крапивное семя" чиновников – мздоимцев и душегубов – становится одним из главных героев русской народной культуры.
Бюрократические органы в центре и на местах стремительно "разбухают", увеличиваясь в численности и окончательно искореняя "земское" начало. За полвека (1640–1690) численность бюрократии в Московской Руси выросла в три раза (с 1611 человек до 4657), причём большинство её было сосредоточено в московских центральных приказах. Возникает множество новых приказов (Монастырский, Малороссийский), достигая общего числа в 50, причём их компетенция и задачи не были чётко разграничены, что вело к постоянным конфликтам и путанице, усугубляло волокиту и неразбериху. Дикие нравы чиновников XVII века породили, например, такую характерную и доселе актуальную пословицу: "Рыба рыбой сыта бывает, а человек человеком". Мздоимство, жадность и сутяжничество приказных – ведущие темы русских сатирических повестей XVII века.
Приказы являлись главными органами исполнительной власти, осуществляли административное и хозяйственное управление страной, решали все вопросы, начиная от внешней политики до военных и кадровых вопросов. Дьяки и подъячие, ведшие делопроизводство, обладающие опытом, знаниями и связями, постоянно возраставшие в числе, обретали всё больший вес в делах государства.
Приказы делились на патриаршие, дворцовые (они управляли хозяйствами патриарха и царя) и государственные (подразделявшиеся по территориальному и функционально-отраслевому принципу): Посольский, Разрядный, Поместный, Стрелецкий, Пушкарский, Рейтарский, Аптекарский, Сибирский, Приказ Казанского дворца и пр. В штате приказа могло насчитываться от нескольких человек до сотен. В 1664 году в 43 приказах насчитывались 771 человек, а в 1677 году в 38 приказах – уже 1702 человека! Дублирование функций, запутанность приказной системы и её неэффективность порождали чудовищную неразбериху, волокиту и взяточничество. Государь непосредственно вмешивался в рассмотрение всех важных дел, ибо приказная пирамида вела к его особе. Весь XVII век наблюдаются постоянные реформы и реорганизации приказов: их слияние, разделение, переподчинение, попытки централизации и упрощения приказной системы.
Был создан особый, наделённый чрезвычайными функциями приказ (с целью контроля и согласования всех органов и должностных лиц государства) – Приказ Тайных Дел. Этот приказ представлял собой личную канцелярию царя Алексея Михайловича, непосредственно подчинённую ему и ведавшую политической тайной полицией, царским хозяйством и кадровыми вопросами. Человек, сказавший "сакральную" формулу: "слово и дело государево", немедленно доставлялся в Приказ Тайных Дел и мог донести на любых известных ему "крамольников".