Чтобы утвердить его власть и окончательно похоронить саму идею самозванчества, по приказу Шуйского объявили святым царевича Димитрия, а царевичем Дмитрием – объявили ребёнка, убитого в 1591 году в Угличе. Причём теперь была отвергнута версия о самоубийстве в припадке падучей и была принята версия о мученической гибели от ножей убийц, – версия, совместимая с канонизацией этого ребёнка. Его мощи привезли в Москву и срочно "организовали" ряд чудес вокруг них (чудесные "исцеления" больных бродяг, подкупленных Шуйским). Царевич был теперь объявлен убитым, а сам главный "эксперт" по данному вопросу Василий Шуйский (как в инокиня Марфа Нагая) в очередной (третий!) раз кардинально поменял свою позицию по поводу его гибели. В первый раз, возглавляя официальную следственную комиссию, он утверждал, что мальчик закололся сам, во второй (в преддверии подходящего в Москве самозванца) он заявил, что тот чудесно спасся от убийц, вместо него сразивших поповича, и теперь, в третий – что царевич-таки был убит в Угличе в 1591 году!
Однако народ благоразумно не верил и продолжал страстно ждать нового явления "подлинного царевича", скептически воспринимая все эти трюки с поспешной канонизацией и очередным переписыванием истории. Убитый царевич оказывался страшнее, могущественнее и неуязвимее любого из живых. А Шуйского, не избранного Земским Собором, многократно предававшего предыдущих государей и беспринципного, считали самозванцем, утратившим всякий авторитет и поддержку в обществе. Многие видели в нём лишь лживого и коварного узурпатора, притеснителя народа, ставленника бояр, убийцу "царя Дмитрия". Служилые люди ждали новый реинкарнации Дмитрия, чтобы расправиться с боярской олигархией и конституционализмом, укрепить самодержавие и крепостничество, а народ мечтал о народном царе, отменяющем крепостничество, близким простолюдинам и имеющем помазание от Бога и избрание от "всей земли".
Волновались низы, казаки, дворяне, провинция, приближённые первого Самозванца. По словам С.Ф. Платонова: "В… интриге, результатом которой явился Самозванец… участвовали народные массы, но направлялась и руководились они, как неразумные силы, из той же дворцовой и боярской среды… Но далее дело пошло иначе… Олигархи с Шуйским во главе вдруг очутились лицом к лицу с народной массой. Они не раз для своих целей поднимали эту массу; теперь, как будто приучаясь к движению, эта масса заколыхалась, и уже не в качестве просто орудия, а как стихийная сила, преследуя какие-то свои цели. Таким образом, воцарение Шуйского может считаться поворотным пунктом в истории нашей Смуты: с этого момента из Смуты в высшем классе она окончательно принимает характер Смуты народной, которая побеждает и Шуйского, и олигархию".
Вновь, как и полтора года назад, первой восстала "Украина" Руси. Летом 1606 года южные окраины поднялись под лозунгом поддержки "царя Дмитрия". Путивль, Чернигов, Курск, Елец, а за ними и Тула, и Рязань, и другие города прогоняли наместников и воевод Василия Шуйского. Приближённый первого Самозванца дворянин Михаил Молчанов, унёсший в суматохе московских событий государственную печать и сбежавший в Сандомир, в резиденцию Мнишков, рассылал от имени "царя Дмитрия" грамоты с призывом к восстанию. Внушив дворянину, служилому холопу князя Андрея Телятевского, Ивану Исаевичу Болотникову, что царь Дмитрий жив (и выдав для этого случая себя за него), Молчанов щедро передал ему полномочия возглавить в качестве "старшего воеводы" армию "спасшегося царя". Вторично убитый, Дмитрий вновь стремительно материализовывался – на радость народу и погибель Шуйскому. Также, как некогда "призрак" Дмитрия был использован боярами против Годуновых, теперь "призрак" Дмитрия использовался различными силами в борьбе против Шуйского.
Иван Исаевич Болотников, ставший "большим воеводой царя Дмитрия", был опытным бывалым воином и пережившим многое человеком. В его жизни были и войны с татарами (в качестве боевого холопа), и плен, и рабство на турецких галерах, и странствие по Италии, Карпатам, Германии и Польше. Болотников свято верил в то, что он действует от имени царя Дмитрия и проявил выдающиеся способности полководца и организатора. За ним стояли недовольные режимом Шуйского дворяне: Молчанов, Шаховской и его бывший хозяин, теперь подчинявшийся своему же холопу, князь Телятевский. Объявившись в мятежном и бурлящем Путивле, Иван Исаевич обещал всем своим сторонникам царскую милость, волю, богатство и прощение всех старых прегрешений.
В восстании Болотникова заметны многие признаки последующих крестьянских войн в России (XVII–XVIII веков): пестрота движения, сочетание различных (порой несовместимых) сил и лозунгов, самозванчество как объединяющая идея, решающая роль казаков как зачинателей движения и его главной военной силы, наступление с периферии к центру – Москве… Подобно последующим крестьянским войнам, армия повстанцев напоминает стремительно проносящуюся комету: небольшое организованное постоянное "ядро" и изменчивый обширный "хвост" из множества местных отрядов, стремительно возникающих и исчезающих.
Болотников призвал восставших избивать бояр – сторонников Шуйского и занимать их места, обещал своим соратникам щедрые земельные и денежные раздачи, пожалование их холопами и боярскими чинами. В "прелестных письмах" (воззваниях) Болотникова холопам предлагалось убивать бояр и дворян, насиловать их жён и дочерей и захватывать их имущество. По мнению В.Б. Кобрина: "Мы не находим здесь призыва к изменению феодального строя, а только намерение истребить нынешних бояр и самим занять их места".
Движение болотниковцев было на редкость пёстрым по своему составу, объединив ненадолго холопов, казаков, крестьян, дворян и посадских людей. Такие пёстрые и недолговечные коалиции противоположных социальных и политических сил, на миг объединяющихся не "за что-то", а "против кого-то" – станут характерной чертой Смутного времени. При этом одни его участники выступали против закрепощения, другие – против боярского правления, третьи – против диктата Москвы над окраинами, четвёртые просто желали пограбить и выдвинуться. Неудивительно, что эта огромная пёстрая коалиция не могла быть долговечной и прочной, ибо объединялась лишь вокруг тактического лозунга: "за истинного царя Дмитрия против узурпатора Шуйского".
В октябре 1606 года стотысячная армия Болотникова, разбив царские полки в нескольких сражениях и блокировав подвоз к Москве хлеба с юга (что вызвало в столице голод), подошла к Москве и встала у села Коломенское, осадив город. Дворяне Истома Пашков, Прокопий и Захар Ляпуновы во главе дворянских отрядов из Тулы и Рязани тоже подошли к Москве и соединились с болотниковцами. На сторону восставших перешли города Поволжья (Арзамас и др.), Можайск и Ржева. Однако Шуйского в разгоревшейся гражданской войне поддерживали север страны, жители Москвы (боясь кары за гибель Лжедмитрия) и церковь (объявившая анафему восставшим). Бунтующий казацкий юг столкнулся с консервативным зажиточным севером, пёстрая "партия бунта" (дворяне, казаки, холопы, крестьяне) – с "партией порядка" (боярство, духовенство).
Ряды болотниковцев были ослаблены, во-первых, их разобщённостью, конкуренцией вождей и нарастающими конфликтами между холопами и дворянами, во-вторых, чудовищной жестокостью восставших (оттолкнувшей от них многих союзников), в-третьих, посулами Шуйского, призывавшего дворян перейти на его сторону и отойти от бунтарей, в-четвёртых, затянувшимся до неприличия отсутствием того самого "царя Дмитрия", от имени которого действовали повстанцы. 15 ноября 1606 года Прокопий Ляпунов, а 2 декабря и Истома Пашков со своими отрядами перешли на сторону Василия Шуйского. Болотников был разбит в трёхдневном страшном сражении у села Коломенского талантливым полководцем – юным Михаилом Скопиным-Шуйским (племянником царя) и бежал сначала в Калугу, а затем в Тулу. Тысячи восставших попали в плен и были по приказу Василия Шуйского утоплены в Яузе. От армии болотниковцев начали отходить многие дворянские отряды, ибо, по справедливому замечанию С.Ф. Платонова: "И немного надо проницательности, чтобы понять, что в данном случае во имя Дмитрия соединились социальные враги": дворяне, выступавшие за дальнейшее закрепощение, и народные низы, жаждавшие возвращения Юрьева дня и повсеместного истребления дворян.
Тем временем, за неимением "исчезнувшего" "Дмитрия", новые самозванцы, меньшего калибра, росли, как грибы из-под земли. В декабре 1606 года в Путивле объявился казак Илья Коровин, провозгласивший себя "царевичем Петром", сыном царя Фёдора Ивановича. К лету 1607 года армии Болотникова и "царевича Петра" соединились в Туле, где были осаждены громадной армией Василия Шуйского, бросившего против них все силы. В это время Астрахань и всё Нижнее Поволжье захватил "царевич Иван-Август" – самозванец, назвавшийся сыном Ивана IV от одной из его многих жён, а следом за ним появилась и казацкие "царевичи" Лаврентий, Симеон, Савелий, Василий, Климентий, Ермилка, Гаврилка, Мартынка… Одновременно в Среднем Поволжье, лишь полвека назад огнём и мечом присоединённом к Московии, началось всеобщее освободительное восстание местных народов против русских захватчиков.
Перегородив дамбой реку Упу, войско царя Василия затопило Тулу, оставив осаждённых без продовольствия. Болотников и "царевич Пётр" с армией сдались царю 10 октября 1607 года, заручившись его клятвенным обещанием сохранить их жизни. Разумеется, это обещание никто и не собирался выполнять. "Пётр" был казнен в Москве, а Болотников сослан в Каргополь, где ослеплён и утоплен в проруби. Тысячи повстанцев были перебиты, другие тысячи разбежались по стране.
Но в этот момент пропавший "Дмитрий" объявился наконец вновь, собрав вокруг себя остатки разбитых армий своих приверженцев. И гражданская война, охватившая к этому времени уже почти все сословия и регионы страны, заполыхала с утроенной силой.