Драматично складываются в XV – начале XVI века и отношения между княжеской властью и церковью, постепенно утрачивающей свою независимость и взамен получающей покровительство со стороны московских государей и временное сохранение своих несметных богатств. Первым шагом на этом пути стали бурные события, случившиеся на Руси в княжение Василия II Тёмного и связанные с Флорентийской унией 1439 года – союзом восточного и западного христианства, заключённым между византийской православной церковью и римско-католической церковью. Уния была призвана помочь Константинополю выстоять в борьбе против натиска турок-османов (но не помогла: через 14 лет турки захватили великий город!) и ознаменовала долгожданное объединение христианского мира, причём православные сохраняли свои обряды и признавали главенство папы римского. Присутствовавший на объединительном великом Флорентийском церковном соборе глава русской церкви митрополит Исидор (грек, как и почти все предыдущие русские митрополиты) был горячим сторонником союза церквей, противником раскола христианского мира, и от имени русских христиан подписал унию. Однако ни московские церковные иерархи, ни князь Василий II не приняли этого.
Причины случившегося хорошо объясняют С.Т. Жуковский и И.Г. Жуковская: "Еретиками на Москве считали и католиков, и протестантов, и униатов… Даже недавние учителя в вопросах веры – греки – вызывали сильное подозрение в "нечистоте" православия (как, впрочем, и все остальные православные христиане, не являвшиеся подданными Москвы)… Вера в ту эпоху не связывала Русь с остальным христианским миром, а наоборот, отделяла от него. Чем дальше, тем больше православие воспринималось как религия одной нации, государства: его так и называли "русская вера". Само собой разумеется, что католиков и протестантов христианами не считали, всякое общение с ними, даже бытовое соприкосновение запрещалось (считалось, что православный русский человек осквернится даже тогда, когда сядет за один стол с армянином, хотя Армения восприняла христианство из той же Византии задолго до Руси)… "Истинность" и "чистота" христианской веры для большинства священнослужителей (даже высших) сводилась к точному исполнению обрядов, которым фактически придавалось значение магического ритуала". Считалось, что лучшим способом спасения души является пострижение в монахи (хотя бы перед смертью), а в миру – щедрые пожертвования на церковные нужды и неуклонное соблюдение всех обрядов. Неудивительно, что монастырские земли не дробились со временем (как у светских хозяев), а, будучи собственностью единого хозяина – церкви – концентрировались и накапливалисъ с течением лет.
Всё это вполне объясняет, почему в Москве не приняли ни Флорентийскую унию, ни воссоединения христианского мира, ни позицию греческого патриарха, ни даже собственного (но тоже греческого) митрополита Исидора. Ведь для русского православия, веками воспитывавшегося в духе ненависти к "латынству" и невежественного ощущения собственной исключительности, была характерна крайняя националистическая и ксенофобская нетерпимость и буквалистское, непросвещённое, ритуально-магическое, по сути, наивно-языческое понимание христианства ("обрядоверие"). Прибыв в Москву в 1441 году с известием об объединении всех христиан, Исидор был немедленно арестован Василием II, желавшим подчеркнуть свою ортодоксальность и привлечь к себе церковных иерархов, чья поддержка нужна была ему в феодальной войне, сотрясавшей тогда Русь. Исидор был низложен и лишён сана митрополита (позднее он бежал за границу). Выступая против Флорентийской унии, Василий II сыграл роль рьяного защитника незыблемости православия, чем завоевал симпатии русских епископов, которые активно помогли ему в борьбе за власть с его своенравными кузенами – Василием Косым и Дмитрием Шемякой.
Церковные деятели Монгольской Руси охотно поддерживали укрепление власти московских князей и их противостояние многоконфессиональной и веротерпимой Литовской Руси, и обосновывали этот процесс, взамен получая абсолютный контроль за духовной жизнью населения и щедрые пожалования. После низложения Исидора, нового митрополита – бывшего рязанского епископа Иону – избрал в 1448 году уже собор русских церковных иерархов по указанию великого князя московского, а не по назначению константинопольского патриарха.
Это знаковое событие означало обретение русской церковью автокефалии (независимости) от Византии и, одновременно, попадание её в зависимость от воли московского правителя. О последствиях этих событий историк С.Ю. Шокарев пишет: "Отныне глава русской церкви более не присылался из Византии, а "избирался" на соборе русских владык или, точнее, назначался великим князем. В борьбе церкви и государства, которая началась ещё в последней трети XIV в., (то есть при Дмитрии Донском – П.Р.) в середине XV в. верх одержала государственная власть. Великий князь теперь считался не только опорой и надеждой всех православных, но и, фактически распоряжаясь митрополичьим престолом, стал главным арбитром в решении церковных и даже многих догматических вопросов".
На Руси связывали между собой Флорентийскую церковную унию 1439 года и вскоре последовавшее падение Константинополя в 1453 году, считая, что гибель Византии – прямое следствие её отступления от истинной веры. В то же время в Литовской Руси, в Киеве появилась особая митрополия, принявшая униатство и объединение христианских церквей, причём её митрополиты по-прежнему назначались из Константинополя (что углубило религиозно-культурный раскол Руси на Московскую и Литовскую части).
Однако опредёленной автономией от власти князя московская церковь до конца XV века всё ещё обладала, изо всех сил отстаивая свое право на владение огромными земельными владениями и свирепо борясь с любыми ересями. Так, в 1479 году Иван III начал было учить митрополита Геронтия, как правильно исполнять религиозные ритуалы. Митрополит обиделся – и Ивану III пришлось уступить и извиниться.
По В.Д. Назарову, церковные иерархи XV – начала XVI веков "постепенно формировали и формулировали (в текстах и на практике) политическую доктрину Российского государства как полностью суверенного христианского православного царства". Теперь борьба с Ордой и её обломками была объявлена борьбой с "басурманством". И соответствующим образом начала переписываться и фальсифицироваться недавняя история, так что вчерашние верные слуги и союзники ханов – церковные митрополиты и московские князья – стали представляться героическими борцами с татарским гнётом. А противостояние Литовской Руси в её попытках освободить и объединить русские земли объявлялось священной борьбой с "латинством".
В конце XV века в Московии (прежде всего, в крупных городах, центрах книжной культуры, – Новгороде и Москве) возникают немногочисленные еретические движения, во многом сходные по своему социальному составу и идеям с аналогичными и синхронными им предреформационными движениями в Европе (вспомним гуситов в Чехии или Джона Виклифа в Англии). Русь всё ещё шла в ногу с Европой, хоть и существенно отставая в масштабах социально-культурных процессов. Еретики-вольнодумцы, находя поддержку среди наиболее образованных и мыслящих слоёв населения – горожан, низшего духовенства, дьяков и купцов, критиковали церковную иерархию, поклонение иконам и мощам (как языческое идолопоклонство), отвергали культ Троицы (как пережиток многобожия), коррупцию и катастрофическое нравственное разложение в церковной среде. В частности, еретики саркастически высмеивали эсхатологические утверждения церковных ортодоксов о том, что в 1492 году (семитысячном году от Сотворения Мира) непременно наступит Конец Света. Как известно, он тогда ещё не наступил, хотя именно в этом году Христофор Колумб открыл Новый Свет, а Иван III именно в этом году впервые назвал себя "государем всея Руси".
Русские церковные иерархи – нетерпимые, фанатичные, властные, воинственные (а часто и малообразованные), разумеется, резко выступили за немедленную беспощадную расправу с еретиками, требуя от княжеской власти "принять меры", следуя образцу католической инквизиции (в этом единичном случае призывая кое-что перенять у ненавистного Запада). Так, крупнейший церковный деятель конца XV века Иосиф Волоцкий недовольно писал в те годы: "ныне и в домех, и на путях, и на торжищах иноци и мирсии и вси… о вере пытают… от еретиков". А приверженец Иосифа Волоцкого (иосифлянин) новгородский архиепископ Геннадий писал в конце XV века с поразительной простотой и прямотой: "Люди у нас просты, не умеют по книгам говорить; так лучше уж о вере никаких речей не плодить, только для того и собор учинить, чтобы еретиков казнить, жечь и вешать".
Однако не все в церкви придерживались такого однозначного мнения о методах полемики с инакомыслящими. В последние годы княжения Ивана III в русской церкви возникли два противостоящих друг другу течения: иосифляне и нестяжатели, – борьба между которыми растянулась почти на сто лет и оказала огромное влияние не только на церковную, но и на политическую, социальную и духовную историю Московской Руси.