Формируясь из бывших удельных князей и вельмож, боярство в конце XV – начале XVI века всё же отчасти сохранило аристократический дух и, в то же время, подверглось систематическому ущемлению и ограничению своих прав (права совета – участвовать в принятии князем решений, и права отъезда к другому князю) со стороны Великого князья, смотрящего на бояр, как на своих слуг. Если Дмитрий Донской в своей духовной грамоте завещал детям: "бояр своих любите, честь им достойную воздавайте по их службе, без воли их ничего не делайте", то уже Иван III смотрел на бояр, как на собственных "холопов" (в то время как многие из бояр всё ещё воспринимали князя, как первого среди равных). По мнению бояр, московский государь, управляя всей Русью, должен был опираться на них – тех, чьи предки некогда владели частями этой земли. Это неизбежно вело к конфликтам, придворным интригам, опалам и казням. Великий князь всё более был склонен опираться на своих дворян и на незнатных чиновников-дьяков, из которых формировался административный аппарат управления. В.О. Ключевский отмечал: "Теперь, когда потомки прежних владетельных князей собрались в Москве, их прежняя власть, унаследованная от отцов, из одиночной, личной и местной превратилась в собирательную, сословную и всеземскую".
Это, разумеется, не могло нравиться московскому правителю. Он постоянно ограничивал "право совета" бояр (решая всё единолично) и "право отъезда". Как отмечает С.Г. Пушкарёв: "Право отъезда бояр и вольных слуг могло существовать только до тех пор, пока Русь была политически раздроблена; с конца XV в., когда уделы были уничтожены и крупные областные княжества присоединены к Москве, "отъехать" практически было некуда, кроме Литвы, но такой отъезд рассматривался уже как измена и побег и вёл к конфискации имений бежавшего. Таким образом, с конца XV в. все бояре и слуги московских государей становятся уже фактически слугами "невольными", т. е. они обязаны служить московскому государю и никому иному". Иван III, объявляя себя повелителем всей Руси и отождествив своё самодержавие с интересами православной веры, одновременно объявлял всех бояр, покидавших его, "изменниками" (даже если они ехали в Литовскую Русь, имевшую не меньше оснований, чем Московия, считаться русским государством).
До середины XV века между московским князем и боярами заключались договоры, по которым боярин должен был "служить" князю, а князь – "кормить" его, и каждый боярин имел право на отъезд и участие в совете князя. Таким образом, в это время, по С.Ф. Платонову, "московские князья и бояре составляли одну дружную политическую силу". Но при Иване III ситуация радикально изменяется: усиливается приезд бояр к московскому князю (из Литвы, Орды, других русских земель, захваченных москвичами). Складывается порядок местничества, определявший (на основе прецедентов) отношения между боярскими родами и порождавший постоянные споры. Теперь Боярская Дума становится постоянным органом с фиксированным членством. При этом вчерашние удельные, а ныне служебные князья не переставали помнить о том, что они – Рюриковичи, Чингисиды, Гедиминовичи, лишь злой волею судьбы поставленные ниже московского правителя. С.Ф. Платонов отмечал: "Помня своё происхождение, зная, что они потомки прежних правителей Русской земли, они смотрят на себя и теперь, как на хозяев Русской земли, с той только разницей, что предки их правили Русской землёй по одиночке, по частям, а они, собравшись в одном месте, около московского князя, должны править все вместе всей землей. Основываясь на этом представлении, они склонны требовать участия в управлении страной, требуют, чтобы князья московские советовались с ними о всех делах". Московские же князья последовательно ограничивали все права своих бояр, сурово расправляясь с непокорными.
Для управления Московией Ивану III нужны были и новые законы, и аппарат управления. В 1497 году Иван III издаёт Судебник – общерусский свод законов, унифицирующий правовые нормы и упорядочивающий процесс судопроизводства. Московское право становилось теперь общерусским правом. В Судебнике рассматривались вопросы организации судебной и административной системы в центре и на местах, социальные отношения (в частности, возможность ухода крестьян от помещиков лишь в Юрьев день). По Судебнику почти все уголовные преступления карались смертью (тогда как "Русская Правда" Киевской Руси вообще не знала такой меры наказания), а за мелкие кражи полагалось битье кнутом. Допускались и пытки в ходе следствия и кулачные поединки ("поле") истцов с ответчиками. В общем, Судебник 1497 года ярко отразил общую чудовищную деградацию общества Монгольской Руси в сравнении с Русью Домонгольской – в сторону огромного роста несвободы, жестокости и государственного насилия над человеком.
Централизованное государство и самодержавная власть, объединяя завоёванную ими страну (через захват и подчинение) и методически разрушая все существующие горизонтальные общественные связи и структуры, взамен нуждалось в разветвлённом бюрократическом аппарате управления, пронизывающем общество сверху донизу. И он, конечно же, вскоре появился. Система управления, сбора налогов и организации войска была позаимствована Московией у монголов (в свою очередь, некогда позаимствовавших всё это у Китая), а придворный этикет, религиозное обоснование и "национальная идея" – у византийцев.
На верхушке пирамиды власти находился сам московский великий князь, издающий законы, назначающий высших должностных лиц, ведущий суд и порой – всё реже и реже – командующий в важнейших военных походах. Князь советовался с Боярской Думой – постоянным совещательным органом, насчитывающим 15–20 человек, одновременно ставшим ядром сословной организации "благородной" части общества. Как подчёркивает историк Л.М. Ляшенко: "Власть царя постепенно становилась самодержавной, не терпящей противоречий и неподчинения. Боярская Дума, совещательный орган при великом князе, лишь внешне напоминала древнерусских советников-дружинников, поскольку не имела решающего голоса при обсуждении важнейших вопросов жизни государства… Так рушился ещё один возможный оплот ограничения великокняжеской власти: бывшие удельные владыки превращались из вассалов в подданных Москвы".
Следует отметить, что Иван III почти завершил дело ликвидации удельной системы, арестовывая своих братьев и отбирая их территории. По словам С.Ф. Платонова: "Дмитрий Донской дал старшему из пяти сыновей треть всего имущества, а Василий Тёмный – половину. Иван III уже не хотел довольствоваться избытком одних материальных средств и желал полного господства над братьями. При первой возможности он отнимал уделы у своих братьев и ограничивал их старые права. Он требовал от них повиновения себе, как государю от подданных… Словом, везде и во всём Иван проводил взгляд на великого князя, как на единодержавного и самодержавного монарха, которому одинаково подчинены как его служилые князья, так и простые слуги… Так, вместе с объединением Северной Руси совершалось превращение московского удельного князя в государя-самодержца всей Руси".
При Иване III начинают формироваться приказы – органы центральной исполнительной власти, управляемые дьяками – бюрократами, выходцами из незнатной среды. На смену временным поручениям, даваемым боярам, возникают постоянно действующие учреждения и присутственные места: казначейство, приказ Большого Дворца, Разрядный и Разбойный приказы. Усиливается влияние не родовитых, но грамотных чиновников-дьяков. Так было положено начало русской бюрократии, хотя общее число её представителей в эпоху Ивана III ещё не превышало 200 человек. Московия в административном отношении была поделена на уезды, станы и волости. Наместники территорий и "волостели" (мелкие местные начальники) присылались из Москвы и получали управление землями "в кормление" (состоявшее из части налогов и судебных пошлин) – в вознаграждение за их службу.
Главными ведомствами становятся Дворец и Казна. Дворец ведал великокняжескими землями и тяжбами о земельной собственности. Казна же была не только финансовым хранилищем, но и государственным архивом и внешнеполитическим ведомством. Дьяки вели делопроизводство и выполняли все технические функции.
К концу XV века в Московии сложилась система неограниченной единоличной власти великого князя. Повсеместно устанавливались отношения, подданства, выразившиеся в обращении бояр и князей к московскому правителю: "яз холоп твой". Князья Москвы, обладая безграничной властью, требовали безусловной покорности от своих подданных, воспринимали и крестьян, и бояр, и князей, как своих холопов. При этом в управлении страной московские владыки прежде всего делали ставку на насильственные военные методы, рассматривая Русь, как завоёванную территорию, ставшую их беззащитной добычей.