Однако усиливающиеся олигархические тенденции, эрозия институтов самоуправления, растущее социальное неравенство вели к тому, что многие рядовые новгородцы недальновидно не желали воевать за ставшие полупризрачными вечевые вольности (не ведая беспечно, какая страшная участь скоро ждёт их всех под игом Москвы). А новгородское ополчение было бессильно справиться с московским дворянским войском. К тому же новгородские "пригороды" (Торжок, Псков и другие), выслуживаясь перед московским князем и припомнив старые обиды, в решающий момент предали на гибель своего властного и гордого "старшего брата", не поддержали новгородцев в их отчаянном и отважном противостоянии московским захватчикам (и этим обрекли и себя самих на скорую и ужасную гибель).
В борьбе за Новгород Иван III умело использовал религиозные лозунги, представляя себя "защитником веры православной" в Новгороде, против литовцев, борцом с "отступниками от веры". Конечно же, его противники вовсе не выступали за католицизм, но лишь за военно-политический союз с Русью Литовской (которая в то время и не могла и не хотела присоединять к себе Новгород). Иван III же сумел представить этот союз как "измену вере" и русскому народу. (Подобно тому, как бояре, использующие своё старинное и дотоле нерушимое право отъезда от князя и уезжавшие в Литву, отныне осуждались, как "изменники"). Иван III в агрессии против Новгородской республики использовал не только религиозную фразеологию (борьба против "латынства" за "истинную веру"), но и социальную демагогию, делая вид, что покровительствует простым новгородцам против боярской олигархии. Эти лозунги – насквозь лживые и фальшивые – дали свои плоды, внеся разброд в нестройные ряды новгородцев.
Покорение Новгорода проводилось Иваном III последовательно, неторопливо, в несколько этапов, растянувшись на десять лет (1471–1479). Договор Новгорода с Литовским Великим князем Казимиром был объявлен Иваном III "предательством" и послужил поводом для начала агрессии Москвы против новгородской республики. В критический момент Литовская Русь не пришла на помощь гибнущему Новгороду, оставив его один на один с московитами. Архиепископ новгородский Феофил предал своих сограждан и тайно поддерживал Ивана III, видя в нем покровителя православия (несколько позже архиепископ также падёт жертвой репрессий со стороны этого "покровителя"). В решающей битве на реке Шелонь в июле 1471 года десятитысячное московско-татарское дворянское войско наголову разгромило сорокотысячное новгородское ополчение. В рядах новгородцев не было единства: предатели заколотили пушки (так что они не могли стрелять), а "владычный" (архиепископский) полк даже не вступил в битву.
Иван III впервые поступил с побеждёнными новгородцами не как с представителями другого независимого русского государства, а как с изменниками, зверски расправившись с пленными. Многим воинам отрезали носы, рты и уши, а четырем боярам (в том числе, сыну Марфы, отважному посаднику Дмитрию Борецкому) отрубили головы – вместо освобождения за выкуп, как тогда было принято. Иван III утверждал, вопреки очевидности, что Новгород – его исконная "отчина", как… и вся Русь. Обескровленный поражением город вынужден был признать это, выплатив Москве колоссальную контрибуцию и признав Ивана III своим "государем" (то есть господином).
А в 1478 году, после отчаянной попытки восстания, Новгород окончательно капитулировал перед полками захватчиков-москвичей. Последствия этого были катастрофическими и глубоко трагичными не только для вечевой республики, но и для всей русской истории. Опять нескольким боярам отрубили головы. Вече было навеки упразднено, а вечевой колокол как трофей отвезли в Москву. В Великом Новгороде сел московский наместник, управляющий отныне городом вместо избранных жителями тысяцких и посадников. Иван III приказал немедленно закрыть Немецкий и Готский торговые дворы в Новгороде (чем в корне подорвал основу новгородской торговли и могущества и разорил ненавистный город). Одной из главных обязанностей новгородцев отныне становится взаимное доносительство друг на друга.
Новгородский архиепископ был арестован, а его земли конфискованы в пользу князя. Семь тысяч семей – все знатные и богатые новгородцы, купцы и бояре – были насильственно переселены в глубь Московии, а их земли были конфискованы и переданы московским служилым людям, всецело зависящим от князя. Целями этих мер, регулярно повторявшихся затем московскими князьями на захваченных землях, было разорвать существующие там социальные связи, ослабить региональную оппозицию и, обеспечивая дворян землёй, создать социальную базу для поддержки режима московского князя. В Новгороде Иван III покусился не только на частное, но и на церковное землевладение, захватив архиепископские земли (и хотел повторить подобное затем в отношении всех церковных земель в Московии, но не смог из-за ожесточенного сопротивления церковных иерархов). После похода 1478 года на Новгород, Иван III вывез в свою столицу не только вечевой колокол оккупированного города, но и триста возов награбленного у завоёванных новгородцев имущества.
Казни, массовые переселения и конфискации, разорение новгородской торговли быстро ослабили Новгород и привели его к упадку под властью захватчиков-москвичей и к забвению о былых вольностях. Последний оплот свободы на Руси был уничтожен, и последнее "окно в Европу" заколочено на пару столетий. Новгород пришёл в запустение. Московским владыкам важно было искоренить даже память о былых вечевых свободах. По словам Г. Кенигсбергера: "Для великого князя Московского присоединение Новгорода с его богатой торговлей и обширными территориальными владениями означало принципиальное усиление своего положения, богатства и влияния. Но было ли падение единственного независимого города-государства выгодно для Руси в целом – это весьма спорный вопрос. С Новгородом исчез последний противовес московской автократии, которая не встречала серьезного противодействия вплоть до XX века".
Однако и присоединённый к Московии Новгород, Новгород, опустошённый и ограбленный оккупантами, Новгород, лишённый значительной части своего населения, лишённый своей заморской торговли и веча, всё ещё был страшен московским правителям. Не зря Иван III трижды (!) повторял разгром и разорение этого города, с массовыми казнями, переселениями и конфискациями. Именно здесь чуть позднее, в конце XV века будет один из оплотов еретических вольнодумных движений. Здесь ещё помнили о былом величии и свободе.
Уже в 1479 году была предпринята отчаянная, решительная и героическая попытка восстановить независимость Новгорода, оккупированного Москвой. Восставшие горожане, прогнав московского наместника, надеялись, что Ивану III, занятому в это время войной с Ливонским Орденом, Литвой, Ордой и собственными мятежными братьями, будет не до Новгорода. Они восстановили вече, избрали посадника и тысяцкого. Но Иван III вновь с войском подступил к Новгороду и жестоко расправился с восставшими. Московские каратели перебили часть населения непокорного города. "Чистки" в Новгороде на протяжении 80-ых годов XV века Иван III повторял раз за разом – казня и ссылая множество новгородцев и захватывая их земли, на которых "испомещал" своих дворян. По мнению Б. Кагарлицкого: "Поражение Новгородской республики… свидетельствует, что российское государство развивалось по той же общей логике, что и остальная Европа, где абсолютная монархия тоже не могла объединить и упорядочить страну, не покончив с остатками средневековых вольностей".
За Новгородом последовали завоевания московитами остальных русских земель. В 1485 году Москва захватила Тверское княжество, поставив точку в долгом противоборстве этих двух центров Северо-Восточной Руси. Последний тверской князь Михаил едва успел бежать в Литовскую Русь, оставленный своими боярами, чутко державшими "нос по ветру" и вовремя сумевшими сориентироваться в ситуации и переметнуться к Ивану III. Ещё в 1463 году Иван III ликвидировал Ярославское княжество, а в 1477 году – Ростовское, захватив их территории. В 1489 году Иван III захватил вольную Вятку, а чуть позднее – далёкую Пермскую землю, И здесь активные противники Москвы были казнены, а жителей массово переселяли в центр Московии. На ханский трон в Казани был посажен московский ставленник.
Где подкупом бояр, где посредством династического брака, где через протекторат с завещанием умершим князем своего княжества Москве, где путем прямой военной агрессии, Москва вбирала в себя остатки независимых прежде русских земель, всемерно ослабляя и грабя их и посредством этого усиливаясь сама. При этом Иван III не делился (как было прежде) со своими братьями – удельными князьями – захваченными землями, и отвергал старинное право отъезда своих бояр к его же собственным родным братьям-князьям. Самодержавные принципы стремительно утверждались в Москве XV века. По словам В.О. Ключевского, "князья удельные превращались в князей служебных". Продолжая московские традиции, Иван III забирал уделы своих братьев и других родственников, их самих арестовывая или даже казня.