Борис знал, что среди вызванных для участия в Земском соборе слишком много его недоброжелателей, и распорядился задержать их на пути в Москву. Но справиться с народом и боярством московским не удалось и на 7-й день после смерти Федора правительница вынуждена была публично заявить в Кремле, что хочет принять иноческий сан. Постричься, но не отказаться от власти, хотя в Новодевичий монастырь она уехала "простым обычаем", безо всяких церемоний. Среди претендентов были позиции двух братьев Романовых - Федора и Александра Никитичей. Раскол в Боярской думе вынудил Бориса сначала скрыться на своем кремлевском подворье, а позже бежать из Кремля к сестре в Новодевичий монастырь. Его интересы оставался представлять и защищать один патриарх, не пользовавшийся авторитетом среди боярства. Напротив - каждое его вмешательство в дела политические вызывало бурю негодования и оскорблений в адрес князя церкви.
17 февраля истек срок траура по Федору - приступили к избранию. Сторонники Бориса представили патриарху "хартию", в которой свидетельствовали, что якобы Грозный посетил больного Бориса и на пальцах показал, что Федор, Ирина и Борис для него равны, "как три перста", и что также показал Федор о Борисе. Явная ложь.
17 февраля с истечением срока траура сразу же приступили к избранию царя. Сторонники Годунова собрались на патриаршем дворе, где составили хартию в его пользу. Одновременно собравшаяся боярская дума предложила народу целовать крест именно ей. Народ отказался, сами бояре не могли договориться между собой. Годуновский собор организовал 20 февраля шествие к Александре и Борису в Новодевичий монастырь. Годунов ответил отказом и желанием постричься в монахи - ему надо было покончить с клеветой о цареубийстве. Настроение столицы стало меняться.
Патриарх распорядился оставить все церкви открытыми с вечера 20-го до утра 21-го, что привлекло в них множество народу. Утром шествие в Новодевичий монастырь было повторено, но с наиболее почитаемыми иконами и великим множеством народа. Борис сначала категорически отказывался и даже, обернув шею платком, показал, что скорее удавится, чем вступит на престол, но затем выразил согласие. Патриарх отвел его в монастырский собор и тут же нарек на царство.
Церковники первыми высказались в пользу Бориса, пригрозив, что если их ходатайство не будет удовлетворено, они затворят церкви и положат посохи. 26 февраля Борис проследовал в Кремль, был встречен хлебом-солью, благословлен патриархом в Успенском соборе на царство, но после этого снова вернулся в Новодевичий монастырь - он ждал ходатайства официального правительства, которого не последовало.
В течение марта Борис оставался в монастыре, но все чаще наезжал в свою вотчину и фактически начал выполнять функции правителя государства, в котором руководители приказов испытывали все большую необходимость.
Бояре вспомнили о жившем в деревне Симеоне Бекбулатовиче, хотя никакой популярностью этот чужеземец и не пользовался. Чтобы нейтрализовать эту интригу, сторонники Годунова организовали новое шествие в Новодевичий монастырь, после которого Годунов вообще отказался от престола, но старица Александра "повелела" ехать ему без промедления в Кремль: "Приспе время облещися тебя в порфиру царскую". Указание царицы должно было заменить решение Боярской думы. Борис 30 апреля вторично торжественно въехал в Кремль, выслушал службу в Успенском соборе и теперь уже водворился в царских палатах.
Чтобы подавить оппозицию, Борис распустил ложный слух о военной угрозе со стороны Крыма, начал собирать ополчение на Оке. Избирательной грамоты так и не было, а под сочиненным текстом стояли только подписи духовных лиц. По окончании Серпуховского похода Борис исполнял фактически царские функции, но это не было равнозначно коронации. До 1 сентября духовенство во главе с Иовом организовало еще одно шествие в Новодевичий монастырь, куда заранее приехал Борис, с просьбой, чтобы он венчался царским венцом "по древнему обычаю". Согласие. Присяга не в боярской думе, как то полагалось, а в соборе, где распоряжался Иов.
Ты был тиран, каких не часто видел свет,
Подобен Янусу, двуликий и чудесный.
Прекрасен, словно день, ты всем дарил привет;
Таков ты с виду был…Исаак Масса. "Борис Годунов". 1610 г.
О том, как рвались они к власти, знали все. Не "лучшие" костромские служилые люди, шаг за шагом завоевывавшие дворец, умевшие при всех обстоятельствах сохранить милость царя Ивана. Их, Годуновых, при дворе становилось все больше и больше. Не было тайны и в том, что хотели не просто чинов и вотчин, но и гарантий на будущее, чтобы окончательно закрепиться, чтобы не потерять места у престола. У престола… А, может быть, - впрочем при царе Иване еще рано было гадать, как далеко могли завести Годуновых их властолюбие и спесь. Верно одно, что пытались женить Грозного на своей родственнице - незадачливой "царской невесте", так и не смогшей, не успевшей стать по-настоящему царицей, попытались другую родственницу пристроить супругой к наследнику. А когда и то и другое ни к чему не привело, придумали новый ход - сосватали за второго царевича, слабого головой Федора, Ирину Годунову. Усилиями дяди с малолетства попала она в царские терема, переняла все обычаи, приохотилась к власти.
Правда, поначалу выигрыш не казался большим. Престол должен был достаться царевичу Ивану Ивановичу. Если какая власть и маячила перед Федором, то только на чужом, зарубежном престоле. Вся надежда у Годуновых была на Ирину: удержит в руках царевича, наставит на нужный путь, не оставит без совета и подсказки. К тому же Годуновы знали другое, скрытое от непосвященных: не больно ладил Грозный со старшим царевичем, не слишком ему доверял. И жен ему торопился своей волей менять, чтоб не обзавелся наследником до срока.
Грозный не стал мешать годуновским планам с замужеством Ирины. Надежд никаких на слабоумного сына не возлагал. Зато все изменилось, когда не стало царевича Ивана. И хоть имел уже Грозный еще одного сына - от Марьи Нагой, хоть и продолжал строить брачные планы с заморскими принцессами, не считаться с Федором было нельзя. И только тогда все поняли, как сумела прибрать мужа к рукам умная и властная Годунова. А Борис, как только стала она вместе с мужем царицей, начал бороться за ее права, за нерушимость ее брака.
А опасности подстерегали новую царицу на каждом шагу. Не могла она доносить ни одного ребенка, хоть беременела постоянно. Значит, вправе были бояре говорить о бесплодии, о необходимости Федору Иоанновичу "поять" другую жену. Борис посылает в Англию посла с тем, чтобы привез от королевы Елизаветы хорошего врача, опытную акушерку. Врача бояре пропускают в Москву, но акушерку задерживают в Вологде, откуда ей через год придется вернуться на родину, так и не увидав царицы.
Заболевает Федор в первый год своего правления, и Борис, не теряя времени, ищет царице жениха среди членов европейских монарших семей: вместе с рукой Ирины царственному претенденту предлагался и русский престол. Федор выздоровеет, дворцовые доброхоты не преминут его известить о задумке шурина и жены, но то ли не поверит им слабый головою царь, то ли сумеют Годуновы оправдаться перед ним, только мир в царской семье останется нерушимым.
Для Годуновых смысл игры очевиден: любой ценой престол должен сохраниться в руках законной, уже взошедшей на престол Ирины. Но зорко следя за бесконечно возникавшими интригами, Борис успевал позаботиться о материальных благах. Многое ему удалось получить еще при Грозном, теперь надо было пополнять благоприобретенное. И почти сразу после прихода к власти Федора он получает среди других вотчин село Козьмодемьянское на берегу речки Химки напротив села Ховрино. В 1585 году в документах появляется запись: "За боярином за конюшим Борисом Федоровичем Годуновым вотчина купли село Кузьмодемьянское, на речке Химке, а в нем церковь Кузьма и Демьян…" До этого времени в актах владельцем села назывался С.Г. Чубаров.
Царь Борис умел богатеть. К концу своего сравнительно недолгого правления он стал одним из самых богатых землевладельцев государства. В Московском уезде на землях, прилегавших к столице, ему кроме Козьмодемьянского принадлежали роскошно обстроенные и благоустроенные Большие Вяземы. По роскоши двор Бориса не уступал двору самого Грозного. Нидерландский купец Исаак Масса, оставивший "Краткое известие о Московии начала XVII века", описывает прием жениха царевны Ксеньи Борисовны: "Царь Борис во всем своем величии восседал на возвышенном троне, за столом по правую руку от него сидел сын его Федор, царевич Московский, а рядом с ним герцог… и царь ел и пил из посуды чистого золота, также царевич и герцог, а остальные по большей части из серебряной, и угощение было чрезвычайно великолепно, и все веселились от полуночи до ночи; в Кремле повсюду горели огни на особо приготовленных высоких жаровнях… И царь приставил к нему (герцогу. - Н. М.) Семена Никитича Годунова, своего дядю, прозванного правым ухом царевым, ибо ему вверены были сокровища и тайны царские; он был также человек весьма жестокий".
Мечта Бориса - основание новой, годуновской, династии. О ней гордо возвещала вызолоченная надпись под куполом надстроенной колокольни Ивана Великого. Сбыться его мечте не довелось. Провозглашенный царем Федор Борисович был задушен вместе с матерью, урожденной Скуратовой. Годуновские владения отписаны на других владельцев.
Это было одно из немногих приметных государственных дел мужа царицы Арины: при Федоре Иоанновиче устанавливается в 1589 году патриаршество. Только сказалась здесь не религиозность безвольного царя, но расчет все того же Бориса Годунова. Державший его руку первый патриарх Иов должен был стоять на страже годуновских интересов со стороны церкви.