Хотя христианство уже было распространено среди автохтонного населения и, скорее всего, от него пришло к недавно поселившимся здесь славянам, возникла необходимость создания новой церковной организации. Почву для этого в первой половине VII в. отчасти подготовили ирландские миссионеры. Исключительно важную роль при этом сыграл Зальцбург, откуда епископом Виргилием к карантанским славянам был послан епископ Модест, похороненный затем в старом церковном центре у "Святой Госпожи". С ним пришло и несколько монахов. Важное значение имели миссионерские монастыри, расположенные от Штивана близ Триеста до Иннихена и других городов на западной границе словенской этнической территории. В 807 г. Зальцбург получил статус архиепископства. С историей Зальцбургской митрополии связано образование исключительно важных для словенцев епископств Пассау, Фрейзинг, позднее Гурк (словен. Крка), ныне Клагенфурт (словен. Целовец), Зеккау (ныне Грац) и Лавант (ныне Марибор).
В этот наиболее ранний период христианизации и создания церковной организации в конце VIII–IX вв. возникли тексты, ставшие основой "Фрейзингенских отрывков".
К югу от Альп важным церковным центром был древний античный город Аквилея (словен. Оглей). Здесь возник Аквилейский патриархат, просуществовавший до 1750 г. Чтобы между этими двумя мощными центрами не возникало территориальных споров, еще Карл Великий в 811 г. определил, что граница между ними будет проходить по реке Драве.
Епископства Пассау и Зальцбург после 862 г. вступили в конфликт с моравскими славянами и их князем Ростиславом, который решил организовать собственный церковный центр, опираясь на поддержку византийского императора Михаила III. Из Константинополя к нему направили братьев Константина (Кирилла) и Мефодия – высокообразованных теологов и знатоков славянского языка. В Моравию они привезли с собой систему письма – глаголицу и евангелистар, которые должны были помочь организовать богослужение на славянском языке. Там ими были переведены также другие богослужебные книги. Отправившись затем в Рим для получения согласия папы на ведение богослужения на славянском языке, братья по пути остановились у князя, одновременно франкского графа, Коцеля (Коцела) в Нижней Паннонии, который стал одним из горячих приверженцев славянского богослужения. В 868 г. Константин и Мефодий были приняты папой Адрианом II и получили его поддержку. Константин в Риме принял монашество под именем Кирилл. В год его смерти – 869 г. – Нижняя Паннония после восстания стала независимой, и князь Коцель (Коцел) хотел также добиться церковной независимости, поэтому он попросил папу рукоположить вернувшегося Мефодия в архиепископы. Возведение Мефодия в сан архиепископа усугубило политический конфликт с германскими епископами, которые в 870–873 гг. сумели обманом даже заключить Мефодия под стражу. После вмешательства папы он был отпущен, трудился далее и в 885 г. скончался в Моравии. В последующие годы германские епископы и отстаиваемое ими богослужение на латинском языке победили, и ученики Мефодия вынуждены были бежать. Часть их удалилась в Далмацию, где так называемые глаголяши с тех пор использовали при богослужении староцерковнославянский язык. Славянское богослужение позднее распространилось также на некоторые пограничные области Словении, в том числе за пределами полуострова Истрия.
Кирилл и Мефодий являются для словенцев важными историческими фигурами не только благодаря своей религиозной и культурной деятельности. Многие столетия спустя их миссия стала рассматриваться как стимул для развития словенского национального самосознания. Отношение германских епископов к Мефодию стало символом германского вероломства. Культ славянских просветителей был популярен в конце периода средневековья: во времена сторонника Контрреформации епископа Т.Хрена Кириллу и Мефодию был посвящен словенский алтарь в Кельне.
Процесс поступательного культурного развития, становления политической и религиозной организации словенцев был прерван в конце IX – начале X в. вторжениями венгров, которые не только уничтожили труды славянских братьев на территории Паннонии, но также вызвали тяжелые непоправимые последствия для всех словенцев. После прекращения венгерских набегов и создания венгерского государства были окончательно прерваны непосредственные территориальные контакты с родственными племенами на территории современных Чехии и Словакии, граница отделила словенцев также от Славонии. Культура, политическая система и этногенез родственных племен стали развиваться самостоятельными путями.
После поражения венгров от Оттона I в Аугсбургской битве в 955 г. необходимо было вновь восстановить церковную и политическую систему. Германское государство на востоке ввело новую организацию – деление на земли, или марки. Было воссоздано и церковное управление, что еще более усилило значение подчиненных Зальцбургу епископств. Они как феодальные княжества получили значительные территории, в том числе к югу от Дравы. Около города Шкофья-Лока возникло самое крупное единое феодальное владение в Словении, подчиненное епископству Фрейзинг в Баварии. При нем для словенских верующих (а их у этого епископства было немало в различных областях словенской этнической территории, прежде всего в Каринтии) были созданы "Фрейзингенские отрывки".
Главами новых административных единиц, ставших после 962 г. частью Германской империи, правители назначали представителей семейств верного им дворянства, прежде всего из Баварии. Члены этих графских семейств давали на правах феодальной собственности небольшие земельные владения феодалам более низкого ранга. После 1000 г. символом феодала стал замок.
У словенцев вплоть до недавнего времени исключительной популярностью пользовалась предположительно первая словенская святая – Гемма Гуркская (Hema Krška). Она происходила из влиятельной знатной семьи, имевшей ряд земельных владений от Фриули до Дуная, в том числе в землях, населенных словенцами. Центральная часть этих владений располагалась в Каринтии и Штирии. Ее муж Вильем стоял во главе Савиньской марки, которая охватывала бассейн р. Савиньи и значительную часть современной Нижней Крайны. Гемма состояла в родстве с Прибиной и его сыном Коцелем из Нижней Паннонии. Поскольку ее муж и сыновья пали в династических битвах с другими крупными феодалами, она, хотя и была одной из богатейших женщин своего времени, решила уйти в монастырь, основанный ею в 1043 г. в Гурке (словен. Крке) в Каринтии. Постройки этого позднее закрытого монастыря стали основой создания там епископства. Из круга родственников Геммы – рода Асквинских – произошли многие аристократические фамилии (Вишньегорские, Свибеньские, Цельские и др.), оставившие яркий след в средневековой истории Словении.
Феодализм, основы которого были заложены еще франками, начал развиваться в Словении по немецкому образцу. Основной хозяйственной единицей было земельное владение, которое одновременно являлось единицей административного управления и судебной власти. Некоторое количество земли обрабатывалось непосредственно под началом феодалов, в основном же земельные угодья состояли из наделов зависимых крестьян. Размер таких наделов не был точно определен. Зависимые крестьяне могли иметь столько земли, сколько было нужно для того, чтобы прокормить всех членов крестьянской семьи, платить подати землевладельцам и церкви и одновременно обеспечивать определенное экономическое развитие. В последующие столетия крестьянские наделы все время делились на более мелкие участки земли. Так, например, к XIX в. среднее землевладение составляло в Словении половину крестьянского надела.
Поскольку в некоторых областях в границах словенской этнической территории ощущался недостаток населения для осуществления внутренней колонизации, крупные феодалы, владельцы огромных поместий, родом в большинстве своем из Баварии, привозили крестьян из своих владений в западной Баварии и восточном Тироле. Те, кто был индивидуально или небольшими группами поселен среди словенцев, вскоре ословенились, и об их происхождении напоминают лишь некоторые топонимы (названия местностей и деревень), например, Немшкавас (немецкая деревня) и фамилии. Крупные ареалы немецкоязычного населения, например, в горных окрестностях города Шкофья-Лока, к востоку от Толмина (Башка-Грапа) и в Кочевье, сохранялись еще в первой половине XX в. Последний такой анклав с центром в Кочевье (кочевары) исчез только зимой 1941–1942 гг., когда немецкоязычное население было выселено с этой территории на основании соглашения между оккупировавшими территорию Словении Италией и Германией.
После Карантании о какой бы то ни было словенской автономии речь не шла. Часть словенской аристократии (ее численность неизвестна), как показывает род предположительно первой словенской святой Геммы и ее мужа, вступила в семейные связи с новыми аристократическими родами, посланными в словенские земли германскими императорами. Другая часть исчезла. Окончательно еще не прояснена роль и судьба косезов – предположительно членов военной дружины карантанских князей, о которых до сих пор напоминают некоторые топонимы. Вероятно, часть их стала дворянами более низкого ранга, часть окрестьянилась.