Дело в том, что московские государи Иван III, Василий III и Иван Грозный убивали всех без исключения своих родственников, даже самых отдаленных. И уже к 1606 году в живых не было ни одного прямого потомка Даниила Московского, младшего сына Александра Невского. Шуйские же происходили от старшего сына Александра Невского и формально имели больше прав на престол, чем московские князья. Однако к началу XVII века об истории удельных князей на Руси мало кто помнил.
Шуйского, в отличие от Годунова, не избирал Земским собором, его буквально выкричала толпа москвичей. Шуйскому было за 50 лет, ростом был он мал, лицом некрасив, умом недалек. Его кандидатура не устраивала десятки тысяч «гулящих людей», воевавших под знаменем Лжедмитрия I, его ненавидела польская шляхта, да и в Москве большинство бояр (Голицыны, Мстиславские, Романовы и другие) были настроены против царя Василия.
Сразу после известия о вступлении Шуйского на престол Москве отказались повиноваться почти все юго-западные и южные города от Путивля до Кром, восстала Астрахань. Осенью на Москву двинулась повстанческая армия под руководством Ивана Болотникова. В большинстве регионов страны началась гражданская война. Повстанцы действовали против Шуйского именем «вновь спасенного» Дмитрия. Лишь 10 октября 1607 года войскам Шуйского удалось взять Тулу, где засели остатки войск Болотникова. Самого Болотникова сослали в Каргополь и там утопили, а бывшего с ним самозванца – царевича Петра, якобы сына царя Федора Ивановича, повесили.
Однако пока царь Василий осаждал Тулу, в Стародубе-Северском появился новый самозванец, Лжедмитрий П. Личность нового самозванца до сих пор вызывает споры среди историков. Но наиболее правдоподобна версия польских иезуитов, утверждавших, что в этот раз имя Дмитрия принял шкловский еврей Богданко. Романовы, после прихода к власти в 1613 году, в самом деле говорили о еврейском происхождении Лжедмитрия II, а им в данном вопросе стоит верить. Кроме того, есть сведения, что после убийства Лжедмитрия II в его бумагах нашли еврейские письмена и талмуд.
Подобно Гришке Отрепьеву, шкловский самозванец набрал отряды польских телохранителей и малороссийских казаков, к нему присоединились жители юго-западных районов России, и весной 1608 года он пошел на Москву. Надо отметить, что у обоих Лжедмитриев в войсках не было ни одного солдата регулярной армии польского короля. Мало того, значительная часть польских панов, присоединившихся к Лжедмитрию II, была участниками мятежа против польского короля и они не могли вернуться домой под страхом смертной казни.
В двухдневной битве под Болховым, в районе Орла, силы Лжедмитрия разгромили царское войско. Основной причиной их поражения стало бездарное руководство главного воеводы князя Дмитрия Ивановича Шуйского, родного брата царя. Взяв Волхов, Лжедмитрий II двинулся на Калугу, а затем решил обогнуть Москву с запада и овладел Можайском, и уже оттуда начал наступление на Москву.
Царь Василий выслал против самозванца новое войско под началом двух воевод: Михаила Скопина-Шуйского и Ивана Никитича Романова. Но на реке Недлань между Подольском и Звенигородом в войске был открыт заговор. Князья Иван Катырев, Юрий Трубецкой, Иван Троекуров и другие решили перейти к самозванцу. Заговорщиков схватили, их пытали, знатных разослали в города по тюрьмам, незнатных казнили. Но царь Василий испугался известий о заговоре и велел войску не принимать сражения, а вернуться в Москву. Заметим, что во главе войска стоял Иван Никитич Романов, главными же зачинщиками заговора были его родственники – шурин Иван Троекуров, женатый на Анне Никитичне Романовой и зять его брата Иван Катарев-Ростовский, женатый на Татьяне Федоровне Романовой.