В следующем году русские войска вторглись в Финляндию в районе Тавастгуса и разгромили шведов. Согласно русским летописям, погибли 7 тысяч шведов вместе с их воеводой.
В июне-августе 1496 года полки, составленные из устюжан, двинян, онежан и важан, совершили поход в Эстерботнию и Каянскую землю, дошли до Ботнического залива и привели местных жителей в русское подданство. В том же 1496 году шведский воевода Свант Стуре с двумя тысячами воинов приплыл на семидесяти малых гребных судах (бусах) из Стокгольма в устье реки Наровы. Шведы осадили новопостроенную крепость Иван-город. От огня шведских пушек и мортир в крепости возник сильный пожар. Московский воевода князь Юрий Бабич струсил и с частью гарнизона бежал из крепости. Шведы заняли Иван-город и захватили в плен не менее трехсот его защитников.
Свант Стуре предложил Ливонскому ордену занять Иван-город, но получил отказ. Тогда шведы частично разрушили крепость и отплыли назад. Город снова заняли русские, которые возвели там новую, более мощную крепость с десятью высокими башнями. Тем временем королю Хансу I удалось возле Стокгольма разбить войско Стена Стуре (старшего), занять шведскую столицу и получить от ригсдага шведскую корону.
Таким образом, уния была вновь восстановлена. А вот Иван III остался «с носом». В 1497 году в Новгороде было подписано перемирие со шведами, произведен размен пленных, но никаких земель, обещанных Хансом I в Нарвском договоре 1493 года, Россия не получила. Единственное, что выторговал Иван III, это согласие шведской стороны вести сношения не прямо с Великим князем Московским, а только через его наместника в Новгороде. До 1478 года это было логично, так как Новгород был фактически независим от Великих князей Владимирских и Московских. Но позже это стало препятствием для нормальных отношений между странами, зато тешило азиатское тщеславие московских князей, мол, шведский король ниже меня, поскольку он может сноситься лишь с моим слугой.
24 марта 1510 года в Новгороде был подписан мир сроком на 60 лет. Условия его были основаны на Ореховецком мире, с учетом территориальных захватов шведов. Некоторые историки даже называют его продолжением Ореховецкого мира на 60 лет. Военных действий на границе не велось. Русские были слишком заняты литовскими, казанскими и крымскими делами. А в Швеции до 1523 года с переменным успехом шла борьба за унию.
В 1521 году рыцарь Густав Ваза поднял восстание против короля Кристиана II. Датские войска потерпели поражение, и в 1523 году ригсдаг избрал Густава Вазу королем Швеции. Новый король расторг унию. Вскоре датская аристократия свергла Кристиана II и с датского престола. Новый датский король Фридрик I признал Густава Вазу королем Швеции. На этом Кальмарская уния трех стран окончательно прекратила свое существование.
Густав Ваза испытывал крайнюю нужду в денежных средствах и попытался поправить дело за счет церкви. Это привело его к конфликту с епископами и Римом. В Швеции получили свободу проповеди лютеранские священники. Первыми новое вероисповедание приняли горожане Стокгольма – с 1525 года богослужение стало вестись здесь на шведском языке, год спустя Олаус Петри перевел евангелие. В 1527 году на риксдаге в Вестеросе король, поддержанный в первую очередь дворянством, настоял на секуляризации церковного имущества.
Официально реформацию приняли церковные соборы 1536-1537 годов. В 1539 году было введено новое церковное устройство. Король стал главой церкви. Церковным управлением ведал королевский суперинтендант с правом назначать и смещать духовных лиц и ревизовать церковные учреждения, включая епископства. Епископы сохранялись, но власть их ограничивалась советами-консисториями. Реформация способствовала укреплению независимости шведского государства в форме централизованной сословной монархии.