Ливонские власти, испуганные возросшей военной мощью Московского государства, поспешили начать мирные переговоры, завершившиеся 1 сентября 1481 года подписанием в Новгороде 10-летнего перемирия. Условия его были зафиксированы в двух соглашениях, в первом случае скрепленных представителями дерптского епископа и Пскова, во втором – Ордена и Великого Новгорода. Обе стороны, договорившись сохранить старую границу ("А земли и воде Великому Новугороду с князем мистром старыи рубеж – Щуцкого (Чудского – В. В. ) озера стержнем Наровы реки в Солоное море"), несколько изменили условия обеспечения торговли русскими товарами в Нарве (Ругодив) и других городах Ливонии .
Укрепив свою власть в Новгородской земле и отразив агрессию ливонцев против Пскова, великий князь вновь обратил внимание на восток. Он принял решение завоевать для жившего в Москве татарского царевича Мухаммеда-Эмина Казанское ханство. В 1482 году Иван III начал готовить большой поход на Волгу, однако тогда дальше демонстрации московской силы дело не пошло. Устрашенные возможностью сокрушительного русского вторжения татары поспешили заключить с русским государем мир, по-видимому, на весьма выгодных для него условиях . Несостоявшийся поход интересен несколькими подробностями своей подготовки. Во-первых, как и 1469 году, вторжение готовилось не только с запада – на Волжском направлении, но и с севера – на Устюжско-Вятском, куда с полками были посланы воеводы Василий Федорович Сабуров, Василий Федорович Образец Симский и князь Семен Иванович Хрипун Ряполовский. Во-вторых, для участия в походе в Нижнем Новгороде была сосредоточена артиллерия, в том числе и осадная, при которой находился Аристотель Фиораванти. И наконец была создана и действовала единая система управления войсками. Об этом свидетельствует сохранившийся фрагмент наказа, посланного стоявшим в Нижнем Новгороде воеводам – Ивану Васильевичу Булгаку, Семену Ивановичу Молодому Ряполовскому и Ивану Юрьевичу Шаховскому. Он содержал указание (по определению Ю. Г. Алексеева, "директиву главного командования") действовать против противника в "лехких судах", видимо, для устрашения его .
Мирные отношения с Казанью вполне устраивали Ивана III, но когда в 1485 году недовольные Али-ханом казанцы выступили против него, великий князь поспешил использовать эту ситуацию и все-таки добиться провозглашения новым "царем" своего ставленника Мухаммед-Эмина. К Казани было отправлено русское войско под командованием князя Василия Ивановича Шихи Оболенского и Юрия Захарьича Кошкина. Они успешно выполнили свою задачу, и казанским "царем" стал 17-летний Мухаммед-Эмин, почти всю сознательную жизнь проживший в Москве и вполне готовый признать верховную власть русского государя. Однако его подданные к этому готовы не были. Особое возмущение вызвало у них согласие нового хана выдать врагов Москвы присланным от великого князя воеводам – Василию Ивановичу Оболенскому, Василию Семеновичу Тулупу Стародубскому и Тимофею Прозоровскому. Узнав об этом, "князи казанские воле ему не дали, хотели Магмедина самого убити" . Зимой 1485/1486 года Мухаммед-Эмину и его младшему брату Абдул-Латифу пришлось бежать к великокняжеским воеводам и под их защитой отступить на русскую территорию. Иван III радушно принял изгнанников. Мухаммед-Эмин был пожалован городом Каширой, щедрые пожалования получил его брат и другие знатные беглецы.
Воспользовавшись бегством Мухаммед-Эмина, на казанский престол при поддержке ногайцев вернулся Али-хан. Сохранилось сообщение о его намерении расправиться со своими недругами (без сомнения, теми князьями и мурзами, которые передали престол Мухаммед-Эмину), но им также удалось уйти в русские пределы.
Весной 1486 года московские полки сумели вернуть Мухаммед-Эмина на казанский престол, но после их ухода сторонники Али-хана вновь взяли верх и вынудили московского ставленника бежать на Русь.
Поддержка, оказанная Иваном III сопернику Али-хана, несомненно испортила и без того сложные русско-казанские отношения. Косвенным подтверждением тому является начавшееся укрепление городов, которые могли подвергнуться татарскому нападению . Новая война была неизбежна, и великий князь, учитывая опыт прошлых неудач, решил добиваться политического подчинения Казанского ханства. Лишенный престола, но сохранивший титул "царя", Мухаммед-Эмин вынужден был дать Ивану III вассальную присягу и назвать его своим "отцом" .
В Москве начинаются масштабные военные приготовления, так как реализовать далеко идущие замыслы великого князя о подчинении Казани было невозможно без окончательной победы над Али-ханом и воцарения на казанском престоле Мухаммед-Эмина. 11 апреля 1487 года в решающий поход на Среднюю Волгу выступило войско, которое вели лучшие московские воеводы – князья Данила Дмитриевич Холмский, Иван Андреевич Дорогобужский, Семен Иванович Хрипун Ряполовский, Андрей Васильевич Оболенский и Семен Романович Ярославский. 24 апреля вслед за ними к выступившему на Казань войску выехал и "царь" Мухаммед-Эмин .
Татары попробовали остановить продвижение московской рати, но были разбиты в сражении близ устья реки Свияги и отступили к Казани. 18 мая 1487 года началась осада города. Казань окружили валом и частоколом (острогом). Отряд князя Али-Газы (Алгазы), пытавшийся препятствовать осадным работам русских, был разбит и отогнан за Каму . Осада продолжалась три недели, по истечении которых 9 июля 1487 года Казань сдалась, русское войско вступило в город. Али-хан, его жены, мать царица Фатима, братья Мелик-Тагир и Худай-Кул, а также сестра, царевна Ковгар-Шад, были уведены в плен. Свергнутого хана вместе с женами заточили в Вологде, его близких – на Белоозере, в пригородной слободе Карголом, другие знатные татары оказались "розсажены по посельским" (великокняжеским селам). Репрессии не ограничились выводом самых опасных противников Москвы. В Типографской, Воскресенской летописях и Третьем кратком Волоколамском летописце содержатся сведения о казни "коромолных князей и уланов" и "иных коромолников" .
Пленные татары, согласившиеся дать "роту" (присягу), что "им государю хотеть великому князю добра", были отпущены обратно в Казань, где прочно воцарился Мухаммед-Эмин, а московским наместником при нем стал Данила Васильевич Шеин.
Победа, одержанная Москвой над Казанью, имела огромное значение. Окончательно покорить татарское государство в 1487 году не удалось, но на долгие годы оно попало в тесную зависимость от русской политики. Впрочем, московское правительство не выдвигало тогда к Казани особенных территориальных и политических требований, ограничившись полученными от нового казанского "царя" обязательствами не воевать против Русской Державы, не выбирать нового хана без согласия великого князя, а также гарантиями обеспечения безопасности русской торговли. Мухаммед-Эмин пользовался полным доверием и поддержкой русского правительства вплоть до кризиса 1495–1496 годов, когда Казань была захвачена войсками сибирского царевича, шейбанида Мамука. Свергнутый казанский "царь" укрылся на Руси, где получил в кормление Каширу, Серпухов и Хотунь. Командуя великокняжескими войсками, он принимал участие в войне с Литвой 1500–1503 годов.