Предлогом для высадки японского десанта с военных кораблей, прибывших во Владивосток еще в январе 1918 г., послужил инцидент, когда в ночь на 5 апреля 1918 г. "неизвестные злоумышленники" совершили вооруженное нападение с целью ограбления владивостокского отделения японской торговой конторы "Исидо", в ходе которого были убиты два гражданина Японии. Тотчас эскадра Антанты с внешнего рейда Владивостока переместилась к причалам его внутренней гавани - бухты Золотой Рог. 5 апреля под прикрытием корабельных орудий, нацеленных на городские кварталы, высадились две роты японских пехотинцев и полурота английской морской пехоты, которые заняли важные объекты в порту и городе. 6 апреля десантировался отряд из 250 японских моряков, захвативший остров Русский с береговыми укреплениями, артиллерийскими батареями, военными складами и казармами. Адмирал Хирохару Като обратился к населению с воззванием, в котором извещал, что Япония берет на себя "охрану общественного порядка в целях обеспечения личной безопасности иностранных граждан", в первую очередь подданных японского императора. Через полгода японских подданных на российском Дальнем Востоке "защищало" уже свыше 70 тыс. японских солдат и офицеров.
Во время Гражданской войны и интервенции в 1918–1922 гг. японцы оккупировали Приамурье, Приморье, Забайкалье и Северный Сахалин, заняли Владивосток. На этих направлениях было сосредоточено более половины имевшихся тогда у Японии войск, то есть 11 дивизий из 21. Численность японских интервентов намного превосходила силы западных держав, высадившихся на Дальнем Востоке. Только с августа 1918 по октябрь 1919 г. Япония ввела на территорию дальневосточного края 120 тыс. человек, в то время, как общая численность интервентов в этом регионе в начале 1919 г. составила 150 тыс. Это объяснялось решимостью японского правительства "пойти на любые жертвы, только бы не опоздать к дележу территории России, которое произойдет после вмешательства США, Англии и Франции". Именно японцы стали ударной силой интервентов на Дальнем Востоке. И если англо-американские и другие силы Антанты совместно с Японией участвовали в интервенции в период с 1918 по март 1920 г., после чего были выведены с советских территорий, то сама Япония сохраняла там свое присутствие дольше всех - до осени 1922 г. Таким образом, период с апреля 1920 по октябрь 1922 г. был полностью самостоятельным японским этапом интервенции. Как позднее напомнит об этом факте И.В.Сталин, "Япония, воспользовавшись враждебным тогда отношением к Советской стране Англии, Франции, Соединенных Штатов Америки и опираясь на них, - вновь напала на нашу страну… и четыре года терзала наш народ, грабила Советский Дальний Восток".
Японцы поддерживали Белое движение на Дальнем Востоке и в Сибири, стараясь при этом сохранять выгодную для них расстановку сил: активно помогали атаману Забайкальского казачьего войска Г.М.Семенову и даже спровоцировали его конфликт с адмиралом А.В.Колчаком, посчитав, что деятельность последнего на посту Верховного правителя России может повредить дальневосточным интересам Страны Восходящего Солнца. Интересно в этой связи мнение самого Колчака об интервентах. 14 октября 1919 г. генерал Болдырев записал в своем дневнике о встрече с адмиралом: "Среди многих посетителей был адмирал Колчак, только что прибывший с Дальнего Востока, который, кстати сказать, он считает потерянным если не навсегда, то, по крайней мере, очень надолго. По мнению адмирала, на Дальнем Востоке две коалиции: англо-французская - доброжелательная и японо-американская - враждебная, причем притязания Америки весьма крупные, а Япония не брезгует ничем. Одним словом, экономического завоевание Дальнего Востока идет полным темпом".
За время своего хозяйничанья на Дальнем Востоке японцы вывезли немало пушнины, древесины, рыбы, ценностей, захваченных на складах порта Владивосток и других городов. Поживились они и за счет золотого запаса России, захваченного в Казани мятежным Чехословацким корпусом, а затем оказавшегося в распоряжении правительства Колчака, которое расплачивалось им со странами Антанты за поставку оружия и снаряжения. Так, на долю Японии пришлось 2672 пуда золота.
Присутствие японского экспедиционного корпуса подогревало накал Гражданской войны и рост партизанского движения на Дальнем Востоке. Бесцеремонное и наглое поведение захватчиков возбуждало ненависть и озлобление местного населения. Красные партизаны Приамурья и Приморья устраивали засады и нападения на вражеские гарнизоны.
Упорное сопротивление местных жителей интервентам привело к жестоким карательным акциям со стороны японских войск, пытавшихся такими мерами утверждать свое господство на оккупированной территории: сожжение за "неповиновение" целых деревень и показательные массовые расстрелы непокорных с целью запугивания местного населения вошли в повсеместную практику. Например, в январе 1919 г. японские солдаты дотла сожгли деревню Сохатино, а в феврале деревню Ивановку. Вот как описывал эту акцию репортер японской газеты "Урадзио ниппо" Ямаути: "Деревню Ивановка окружили. 60–70 дворов, из которых она состояла, были полностью сожжены, а ее жители, включая женщин и детей (всего 300 человек) - схвачены. Некоторые пытались укрыться в своих домах. И тогда эти дома поджигались вместе с находившимися в них людьми". То, что действовали японцы с особой жестокостью, отмечали даже их союзники-американцы. Так, в донесении одного американского офицера описывается казнь арестованных местных жителей, схваченных японским отрядом 27 июля 1919 г. на железнодорожной станции Свиагино, охранявшейся американцами: "Пятеро русских были приведены к могилам, вырытым в окрестностях железнодорожной станции; им были завязаны глаза и приказано встать на колени у края могилы со связанными назад руками. Два японских офицера, сняв верхнюю одежду и обнажив сабли, начали рубить жертвы, направляя удары сзади шеи, и, в то время как каждая из жертв падала в могилу, от трех до пяти японских солдат добивали ее штыками, испуская крики радости. Двое были сразу обезглавлены ударами сабель; остальные были, по-видимому живы, так как наброшенная на них земля шевелилась".
В феврале-марте 1920 г. все войска интервентов, кроме японских, покинули Владивосток, передав "представительство и охрану интересов союзников" на русском Дальнем Востоке и в Забайкалье Стране Восходящего Солнца. При этом Япония формально заявила о своем "нейтралитете". Однако в начале апреля японцы начали карательные действия против населения Владивостока и других городов, произвели нападения на революционные войска и организации Приморья. В качестве повода был использован так называемый Николаевский инцидент в марте 1920 г., во время которого в городе Николаевске-на-Амуре партизаны под командование анархиста Я.И.Тряпицина, расстрелянного вскоре по приговору народного суда, уничтожили более 850 захваченных в плен японских военнослужащих и гражданских лиц. Воспользовавшись этим, 31 марта 1920 г. японское правительство отказалось от эвакуации своих войск, которые 4–5 апреля внезапно нарушили договоренность о перемирии и приступили к "акции возмездия", в результате которой за несколько дней уничтожили во Владивостоке, Спасске, Никольске-Уссурийском и окрестных селениях около 7 тыс. человек. Сохранились фотографии японских интервентов, "с улыбками позирующих рядом с отрезанными головами и замученными телами русских людей".