Тех, кто не мог финансировать переезд с Сахалина, японские власти сажали на баржи и в три приема вывезли с острова, высадив их на пустынный берег бухты Де Кастри на виду у русских военных, следивших за операцией с соседнего маяка. Всего высажено было до 7,6 тысяч человек, включая стариков, женщин и детей, которым своим ходом нужно было добираться до ближайшего селения Мариинска, 56 верст через непроходимую тайгу. С точки зрения выселяемых сахалинцев, такой способ эвакуации был, пожалуй, самым неудобным. Российские власти, со своей стороны, были вполне удовлетворены решением японских военных. За две недели до высадки в докладе Приамурскому генерал-губернатору Р.А. Хрещатицкому военный губернатор Приморья А.М. Колюбакин настаивал, что, если "со стороны японцев будет поставлен вопрос о передаче на нашу территорию ссыльного элемента с о. Сахалина, чтобы было выговорено, что передача может состояться только в одном пункте, именно в Де Кастри", так как в более заселенных местах Южного Приморья "выброшенная масса преступного элемента" причинит всему населению как "нравственный", так и "материальный" вред. Только в самый разгар высадки в Де Кастри местные власти осознали все неудобство подобного выбора и обратились к японским военным с просьбой высаживать людей в Николаевске, на что японские власти ответили отказом.
Вообще военный губернатор предпочитал, чтобы весь "преступный элемент" перевезли "на пароходах прямо в Европейскую Россию", что более всего отвечало бы "обстановке военного времени", но такому варианту эвакуации воспротивились в Министерстве юстиции, которому с 1895 года принадлежало тюремное ведомство. Дело в том, что после подписания Портсмутского мирного договора правительство не теряло надежды возобновить ссылку на северную часть острова и приказало задерживать сахалинцев в Приморье, тем самым обрекая их на ненужные лишения и увеличивая число жертв.
Чужие среди своих: сахалинцы в России
Первоначальным пунктом сбора и сортировки эвакуированного населения на территории России стало село Мариинск, располагавшееся в глубине материка, на берегу озера Кизи, откуда сахалинцев партиями перевозили на баржах в Николаевск и далее в Хабаровск. Для организации транспортировки в Мариинск прибыл сам военный губернатор Колюбакин, до приезда которого местный крестьянский голова пытался мобилизовать крестьян в помощь эвакуированным, но те отказались. В результате главным источником провианта и перевозочных средств для сахалинцев стали Николаевская крепость и хабаровский Красный Крест, а организация жилья и питания легла на плечи самих сахалинцев.
Сортировка эвакуированных представляла собой задачу еще более сложную, чем организация жилья и перевозки сахалинцев, многие из которых не имели при себе никаких бумаг, подтверждающих их заявления об окончании сроков наказания или об участии в обороне Сахалина. Отсутствие документов объяснялось не только плачевным состоянием канцелярской части на Сахалине и хаотичностью эвакуации, но и тем, что в октябре 1905 года местные жители сожгли здание тюрьмы и канцелярию губернатора в Александровске, чем еще более осложнили процесс проверки и "фильтрации" эвакуированных. Очень незначительное число сахалинцев было отправлено обратно в тюрьмы, что не могло способствовать их переполнению и отразиться на развитии тюремного кризиса после 1905 года, как утверждают некоторые историки, хотя до 800 сахалинцев были сконцентрированы в сортировочных бараках в Забайкалье, где они пробыли до марта 1906 года, когда был издан указ, разрешающий сахалинцам селиться на территории России.
Идентификация и сортировка дружинников представляла особую проблему. Хотя за участие в обороне Сахалина дружинникам были обещаны льготы, для их получения сахалинцы должны были предоставить свидетельства командиров о достойном поведении на поле брани. Поэтому в Хабаровске была учреждена специальная Комиссия по разбору и удовлетворению жалоб сахалинских воинских чинов, прибывших из плена, и в результате опросов и проверок многие дружинники были признаны дезертирами; их отправляли в тюрьмы до окончания сроков наказания, остальных выпускали на поселение.
Хотя первоначальная сортировка происходила в Мариинске, главной задачей военного губернатора было вывезти тысячи жителей из переполненного села на баржах в Николаевск и Хабаровск до наступления холодов и обмеления Амура. Транспортировка шла медленно из-за недостаточного количества барж и неспособности различных ведомств скоординировать свои действия. Столкнувшись с реалиями эвакуации, Колюбакин не мог не пожалеть о том, что его желание о высадке сахалинцев в Де Кастри было в точности выполнено японской стороной. Через десять дней после начала эвакуации он писал генерал-губернатору в Хабаровск, что "действия японцев по выселению сахалинцев надо прекратить дипломатическим вмешательством, ибо они выселяют насильно семейства с грудными детьми и стариками без соблюдения сроков, что в данных условиях равносильно убийству". Через месяц с начала эвакуации Колюбакин, уже в полном отчаянии от "глумления" российских военных над ее проблемами, писал генерал-губернатору, что в случае дальнейшего промедления с транспортом он не ручается "за дурные последствия". Тем не менее эвакуация сахалинцев из Мариинска растянулась на 38 дней и закончилась только в середине октября, к моменту ратификации Портсмутского договора.
Из Хабаровска процесс эвакуации шел уже значительно быстрее, так как в крупных городах по пути следования сахалинцев местные власти прикладывали все усилия, чтобы "этот элемент" не задерживался на их территории. В Хабаровске, например, местные власти изолировали эвакуированных на баржах, пришвартованных на противоположном от города берегу Амура. Там, где изолировать сахалинцев не было возможности, им выдавались кормовые и прикладывались усилия к тому, чтобы они как можно скорее покинули местность. Надо сказать, что сахалинцы не стеснялись пользоваться своей репутацией каторжных, чтобы добиться своего от администрации. В своих воспоминаниях бывший канонир русской армии, возвращавшийся в Россию после окончания войны на Дальнем Востоке, говорил о том, как ему пришлось ехать в эшелоне, в котором из Владивостока в Европейскую Россию возвращались через Харбин, Читу и Иркутск до 800 дружинников.
Вопреки своим ожиданиям, демобилизованный канонир ничуть не пожалел о том, что ехал в компании бывших каторжных, скорее наоборот. В ситуации, когда сибирские пути сообщения оказались парализованы всеобщей забастовкой, а станции были переполнены демобилизованными и неуправляемыми солдатами, сахалинские каторжные были хорошо организованы, подчинялись артельным старостам, а главное – всегда получали зеленый свет, стоило им только пригрозить поджечь станцию.
Трудно сказать, как сложилась судьба сахалинцев в России. Скорее всего, они не стали дожидаться разрешения властей и поселились там, где позволяли обстоятельства. Только в марте 1906 года правительство издало указ, по которому бывшим сахалинцам было разрешено селиться в областях империи. Тем же указом сахалинцам должны были дополнительно выделить землю для поселения в Томской и Тобольской губерниях. Скоро в империи возникли сахалинские поселения, как, например, под Курганом, но уже через несколько лет от них мало что осталось.
В Хабаровске прибывающих сахалинцев размещали также и в бараках переселенческого комитета. В отличие от военной администрации, переселенческий комитет мало интересовался сортировкой сахалинцев. Переселенческие бараки были открыты всем желающим, что вскоре стало предметом серьезного недовольства со стороны Приамурской администрации. Хотя к концу 1905 года все эвакуированные сахалинцы выехали из бараков, вскоре начался поток обратной миграции: многие эвакуированные спешили вернуться на русскую часть Сахалина. Слухи о том, что в Хабаровске бывшим сахалинцам обеспечено бесплатное проживание и пропитание, быстро распространились по империи, и с декабря 1905 года сахалинцы стали стекаться в Хабаровск со всех концов России. Но, несмотря на недовольство местной администрации, переселенческие бараки не стали ни распространителями "огромных заболеваний", ни преступными притонами. Хотя некоторые сахалинцы и промышляли грабежом в городе, большинство людей, по выражению заведующего переселенческим делом, были настолько обездолены, что, невзирая на повсеместные "неудовольствия и беспорядки", оставались спокойны.
Вернувшимся на Дальний Восток сахалинцам было предложено расселиться в Приамурье и Приморье. Оценивая результаты этого расселения, генерал-губернатор Приамурья признавал, что администрация с делом не справилась. Переселенческий отдел формально приписывал желающих к поселениям, не наделяя их при этом землей. Последующие ревизии показали, что менее пятой части всех приписанных обосновались на местах. По мысли генерал-губернатора, если бы сахалинцам выделили землю и дали кредит, то результаты могли бы быть более утешительными". Однако там, где кредиты выдавались, результаты оставались теми же. По имеющимся данным, из 318 сахалинцев, получивших кредиты, только 71 проживал по месту приписки. Большинство сахалинцев, получив в кредит от го до 300 рублей, покинули селения и отправились на поиски лучшей жизни.