К февралю 1941 г. начальник мобилизационного отдела Организационно-мобилизационного управления генерал Н. И. Четвериков и его заместитель комбриг П. Н. Голубев завершили работу над проектом мобилизационного плана, получившего наименование МП-41. План 12 февраля был утвержден правительством СССР. По нему намечалось развернуть Вооруженные Силы СССР в количестве 344 расчетных дивизий, из них стрелковых, горнострелковых и мотострелковых - 198, моторизованных - 31, танковых - 61, кавалерийских - 13. Реализация мобилизационного плана требовала призвать из запаса около 5 млн. человек, в том числе до 600 тыс. командиров и 885 тыс. человек младшего начальствующего состава. Кроме того, предусматривалась передача Вооруженным Силам из народного хозяйства 248 тыс. автомобилей, около 36 тыс. тракторов и 730 тыс. лошадей. Обеспечение войск вооружением и боевой техникой планировалось осуществить за счет войсковых запасов, хранящихся на складах округов и центра, а также за счет поступления из промышленности в 1941–1942 гг. В мобилизационном плане при подъеме по варианту "Запад" численность западных военных округов определялась в 6,5 млн человек при общей численности войск (без формирований гражданских наркоматов) 7,85 млн человек (в действительности к началу войны численность западных округов составляла всего 2902 тыс. человек).
М. В. Захаров, оценивая мобилизационный план, отмечал: "Формирование новых частей и соединений планировалось провести в одну очередь. Создание вторых и третьих эшелонов формирований на этот раз не предусматривалось. Видимо, только ради формы ставились задачи: за первое полугодие войны дополнительно сформировать 9 артиллерийских полков, к концу года увеличить численный состав армии на 219 тыс. человек, а госпитальную сеть - на 400 тыс. коек" . По мнению Захарова оборонная промышленность страны, не имея необходимых материальных возможностей, не могла своевременно и в достаточном количестве обеспечить развертывание в сжатые сроки большого числа частей и соединений, особенно моторизованных и танковых дивизий. В войсках не хватало средств заправки и транспортировки горючего, имущества связи, особенно кабеля, полковых и армейских радиостанций.
В конце февраля маршал Тимошенко и генерал армии Жуков провели совещание сотрудников Генштаба по вопросу состояния железных, шоссейных и грунтовых дорог. Выводы в основном сводились к следующему: сеть шоссейных дорог в западных областях Белоруссии и Украины находится в плохом состоянии. Многие мосты не выдерживают веса средних танков и артиллерии, а проселочные дороги требуют капитального ремонта. Нарком обороны отмечал, что в 1940 г. по заданию ЦК ВКП(б) наркомат путей сообщения разработал
7-летний план технической реконструкции западных железных дорог. Однако пока ничего серьезного не сделано, кроме перешивки колеи и элементарных работ по приспособлению железнодорожных сооружений под погрузку и выгрузку войск и вооружения.
В Генштабе были обеспокоены и тем, что в непосредственной близости от новой границы строились аэродромы и размещались военные склады. По свидетельству А. М. Василевского Генеральный штаб и лица, непосредственно руководившие в наркомате обороны снабжением и обеспечением жизни и боевой деятельности войск, считали наиболее целесообразным иметь к началу войны основные запасы подальше от государственной границы, примерно на линии р. Волга. Против этого были заместители наркома обороны Г. И. Кулик, Л. 3. Мехлис и Е. А. Щаденко, считавшие, что агрессия будет быстро отражена и война во всех случаях будет перенесена на территорию противника. "Видимо, они находились в плену неправильного представления о ходе предполагавшейся войны, - отмечал Александр Михайлович. - Такая иллюзия, к сожалению, имела место. Весной 1940 года Центральный комитет партии на совещании по вопросам идеологической работы в Вооруженных Силах подверг критике тезис о легкой победе. Из этого тезиса кое-кто сделал неверный вывод, что действия советских войск обязательно будут носить с самого начала только наступательный и притом непременно успешный характер, а раз это так, то и склады должны быть уже в мирное время придвинуты поближе к войскам. Следовательно, и размещать их следует, готовясь к войне, на территориях новых приграничных районов".
В марте 1941 г. генерал армии Жуков направил в округа директивы с разъяснением порядка разработки и обеспечения плана мобилизации. Срок отработки планов на местах он установил до 1 мая, а затем перенес на 20 июля. Одновременно Жуков вместе со своим заместителем генералом Соколовским представил мобплан председателю Комитета обороны при СНК СССР маршалу Ворошилову. Время шло, а решения не принимались, и тогда Жуков в апреле был вынужден доложить лично Сталину об отсутствии промышленного мобилизационного плана. Проект плана было поручено рассмотреть заместителю председателя СНК СССР Н. А. Вознесенскому, группе руководителей наркоматов и Госплана, но время все равно оказалось упущенным.
8 марта Совнарком СССР принял постановление о призыве на большие учебные сборы 903 806 человек. Одновременно было принято постановление, которое касалось функций Генштаба Красной армии. На его основе нарком обороны маршал Тимошенко 15 марта подписал приказ № 0113, согласно которому на заместителя наркома обороны, начальника Генерального штаба, кроме руководства деятельностью управления Генштаба, возлагалось руководство вопросами снабжения горючим, организации связи, противовоздушной обороны страны и Академией Генерального штаба. В его непосредственном подчинении находились Генштаб Красной армии, Управления снабжения горючим и связи, Главное управление противовоздушной обороны Красной армии и Академия Генерального штаба. В результате Генштаб утратил часть своих функций и стал на один уровень с другими органами высшего военного управления.
Недооценка роли Генштаба, частые изменения в его организации не могли не отразиться на подготовке страны и ее Вооруженных Сил к отражению агрессии. Г. К. Жуков в своих мемуарах отмечал: "Ни мои предшественники, ни я не имели случая с исчерпывающей полнотой доложить И. В. Сталину о состоянии обороны страны, о наших военных возможностях и о возможностях нашего потенциального врага. И. В. Сталин лишь изредка и кратко выслушивал наркома или начальника Генерального штаба. Не скрою, нам тогда казалось, что в делах войны, обороны И. В. Сталин знает не меньше, а больше нас, разбирается глубже и видит дальше. Когда же пришлось столкнуться с трудностями войны, мы поняли, что наше мнение по поводу чрезвычайной осведомленности и полководческих качеств И. В. Сталина было ошибочным" . И далее Георгий Константинович добавляет: "Как начальник Генерального штаба, принявший этот пост 1 февраля 1941 года, я ни разу не был информирован И. В. Сталиным о той разведывательной информации, которую он получал лично".
Советская разведка располагала определенной, но не всей, информацией о подготовке к нападению на СССР. Противник умело скрывал свои приготовления к операции по плану "Барбаросса". По указанию Гитлера генерал-фельдмаршал Кейтель 15 февраля подписал специальную "Директиву по дезинформации противника". Отдел разведки и контрразведки Генштаба Верховного главнокомандования разработал и осуществил многочисленные акции по распространению ложных слухов и сведений. Перемещение войск на восток подавалось "в свете величайшего в истории дезинформационного маневра с целью отвлечения внимания от последних приготовлений к вторжению в Англию". Были напечатаны в массовом количестве топографические материалы по Англии. К войскам прикомандировывались переводчики английского языка, подготавливалось "оцепление" некоторых районов на побережье проливов Ла-Манш, Па-де-Кале и в Норвегии. Одновременно распространялись сведения о мнимом авиадесантном корпусе, на побережье устанавливались ложные ракетные батареи. Войскам сообщались сведения в двух вариантах: первый - они идут на отдых перед вторжением в Англию, второй - немецкие соединения будут пропущены через советскую территорию для выступления против Индии. Чтобы подкрепить версию о высадке десанта в Англию, были разработаны специальные операции под кодовыми названиями "Акула" и "Гарпун". Пропаганда целиком обрушилась на Англию и прекратила свои обычные выпады против Советского Союза.