Именно благодаря военному таланту Слащёва, нейтрализовавшего войска Н.Махно, изобретателя пулемётной тачанки, действовавшего на коммуникациях белогвардейцев на Екатеринославщине, Добровольческая и Донская армии смогли более-менее организованно отступить к своим южным базам. Положение усугубилось конфликтом между А.Деникиным и командующим Добровольческой армией генералом П.Врангелем. Командующий вооружёнными силами Юга России, вероятно, заподозрил Врангеля в подготовке своего свержения, уволил его из армии, которую переформировал в корпус. В результате Красная Армия 25 декабря 1919 года взяла Царицын, 7 января 1920 года – Новочеркасск, 8 января – Ростов на Дону.
Для прикрытия Крыма была оставлена сводная группа Я.А.Слащёва – 3500 штыков и сабель при 32 орудиях. 27 декабря 1919 года генерал Слащёв занял оборону на Перекопском перешейке, упредив вторжение в Крым Красной Армии. Я.А.Слащёв заявил, что защиту Крыма считает вопросом не только долга, но и чести.
Войска Южного фронта Красной Армии 23 января взяли Перекоп и Геническ. Слащёв не защищал их, и позволил красным войти на полуостров. После того, как красноармейцы в двадцатиградусный мороз прошли несколько десятков километров по степи, их встретили слащёвцы, накормленные и отдохнувшие, разгромили их на южуньских позициях и погнали с полуострова. Как и обещал, Я.А.Слащёв удержал Крым.
В это же время Юго-Западный фронт красных, переименованный в Кавказский, успешно овладевал Кубанью – последней базой белых войск в регионе.
Донская конница белого генерала Павлова в феврале 1920 года атаковала 1-ю Конную армию, но была разбита и отброшена будёновцами. Во время отхода половина павловского корпуса вымерзла в степи во время бурана – около 5000 человек. Конница Будённого получила полную оперативную свободу, в марте были взяты Батайск, Ейск, Тихорецкая.
Вооруженные силы Юга России отступали к Новороссийску, Туапсе и нижнее течение Кубани. 17 мая красные взяли Екатеринодар. Только добровольческий корпус смог уйти из Новороссийска и 20 000 пленных были взяты Красной Армией, освободившей и весь Северный Кавказ. Дальнейшие боевые действия были приостановлены – на первый план в стратегическом отношении выступила Польша, главная в тот момент враждебная внешняя сила. Началась польская кампания, на которую были стянуты самые боеспособные части Красной Армии, в том числе и 1-я Конная Армия.
Остатки белых войск сконцентрировались в Крыму, перешейки которого по-прежнему удерживали войска Я.А.Слащева, с февраля по апрель командира 3-го, бывшего Крымского корпуса. В марте А.Я.Слащеву было присвоено воинское звание генерал-лейтенант – генерал-майором он стал еще в апреле 1919 года.
А.Деникин предполагал переформироваться в Крыму, отсидевшись за перешейками. Однако Англия отказалась поддерживать белое движение. Высший командный состав также был недоволен его действиями. А.Деникин сдал командование им же самим изгнанному в Стамбул П.Врангелю и уехал из России – в марте 1920 года.
11 мая 1920 года в Крыму из остатков белогвардейских войск была образована Русская армия во главе с генералом П.Врангелем. Я.А.Слаще встал командовать 2-м армейским корпусом – бывшим Крымским.
Уже тогда его имя было легендарным, чему способствовали распространявшиеся слухи, будто он – великий князь Михаил Александрович Романов, чудом спасшийся от большевиков в 1918 году – Слащев был внешне похож на него, тем более, что ходил почти всегда в черкесской бурке "Дикой дивизии", чьим командиром и был великий князь. Он сам и его офицеры не комментировали эти слухи.
Я.Слащев после Октябрьского переворота 1917 года больше не носил царской военной формы. При своей первой встрече с А.Деникиным он заявил тому, что Добровольческая армия не имеет право на ношение старой русской военной формы с императорскими погонами, так как "живет грабежом и не следует позорить наши старые погоны грабежами и насилиями" Сам Слащев не допускал грабежей и карал смертной казнью солдат и даже офицеров за подобное, даже за украденного гуся. Его войска не допускали насилий над населением, которое относилось к ним совсем по-другому, чем к остальным белогвардейцам, от которых все пряталось и не продавалось даже за деньги.
Я.А.Слащев отрицательно относился к присвоению чинов и награждению орденами за участие в гражданской войне. Он считал возможным установление знака в память подвига группы войск, который бы выдавался всем участникам события.
Во время первой обороны Крыма Я.А.Слащев был ранен и едва не погиб. Белый генерал П.Аверьянов, бывший в 1916 году начальником Генерального штаба российской армии, писал: "Это было еще в то время, когда Крым оборонял только один Слащевский отряд. Часто очень тяжело приходилось этому малочисленному отряду под натиском превосходных по числу красных войск.
Ни на позиции, ни у самого Слащева в тылу никаких резервов часто не имелось, все было в боевой части на позиции. В такие моменты, когда держаться на позиции становилось положительно невозможным, таким резервом становился сам Слащев. Однажды, когда фронт едва уже держался, на нашу позицию с большим шумом, на виду находившегося в 400–600 шагах противника, влетел автомобиль и остановился. Слащев вышел из автомобиля, обошел офицеров и солдат и сообщил им, что вслед за ним якобы идут сильные подкрепления в лице французских и греческих войск, на что на нашей позиции войска отвечали громким "ура". Само появление автомобиля на самой позиции, а потом эти "ура" произвели сильнейшее впечатление на красных: они на некоторое время даже прекратили огонь. Воодушевив войска, приостановив своим появлением на позиции даже натиск противника, Слащев вошел в свой автомобиль, стоявший уже задним ходом к противнику; на несколько мгновений Слащев, стоя в автомобиле во весь рост, очутился спиной к противнику, и в эти мгновения три пулеметные пули попали ему в спину и ранили его: две пули в легкие, одна – в живот. Как подкошенный, сел Слащев на сиденье автомобиля, и в тот же момент шофер пустил автомобиль быстрым ходом вперед, вследствие чего никто на позиции, кроме бывших вблизи автомобиля немногих офицеров, не заметил, что их любимый начальник ранен".
Это появление генерала переломило настроение войск, и хотя никаких подкреплений не было, позиция была удержана. Позже изба, где находился раненый Слащев, оказалась в районе наступления красных. Сестра милосердия верхом на лошади прорвалась к избе, С помощью крестьян взвалила на нее впереди себя находившегося без сознания Я.А.Слащева и вывезла его. Вскоре она стала его женой и под видом ординарца Никиты Нечволодова постоянно находилась с генералом, даже в бою.
Слащев воевал нетрадиционно, используя элементы неожиданности. Между красными и его отрядом находилось Чонгарское дефиле (подобие узкого моста) через Сиваш длиной около 2 километров. Взять его долго не удавалось – на той стороне проход защищала орудийная батарея, пулеметчики.
Слащев собрал у моста своих командиров и предложил штурм. Все ответили, что шансов взять мост нет. Яков Александрович вызвал к мосту эвакуированное из Киева Константиновское военное училище, находившееся в зоне его войск и военный оркестр. Построив 300 юнкеров в колонну, встав во главе ее с оркестром, под военный марш, чеканя шаг, Слащев во главе колонны пошел по мосту. Красные не стреляли, а после броска слащевцев вперед, оставили позиции.
Очевидцы говорили, что Я.А.Слащев в одиночестве разрабатывал военные операции, планы боевых действий, в его штабе работало минимум офицеров.
Слащев в случае необходимости любил использовать ложное отступление до заранее подготовленной позиции или засады, от которой потом отбрасывал противника и на его плечах врывался на позиции врага.
В Добровольческой армии во главе взводов или рот из офицеров выше капитана по чину, с боевыми орденами и георгиевским оружием, часто ставили молодого офицера, служившего с начала ее формирования. Это естественно раздражало боевых офицеров, прошедших Первую мировую войну, а то и русско-японскую, с громадным военным опытом. Слащев никогда не допускал подобного. Он берег опытных офицеров.
В Добровольческой армии сначала расстреливали пленных красногвардейцев, а в конце насильно вливали в свои части. Слащев расстреливал комиссаров, рядовых распределяли в запасные батальйоны и "перевоспитывали", переучивали. Красноармейцы оставались в своей одежде, без погон, которые надо было заслужить. Их давали не всем сразу, а постепенно по решению командира запасного батальйона, когда он считал это возможным. Прием в слащевцы проходил в торжественной обстановке.
Генерал Слащев был доступен, жил по-спартански в штабном вагоне, без адъютантов и дежурных офицеров – только жена-ординарец, и часовой на поезде, стоявшем в его ставке, в Джанкое. При необходимости офицеры просто стучали в дверь его купе и входили после разрешения.
Перед полковым праздником одного из слащевских соединений, отмечавшимся по традиции несколько дней, в полку кончалась водка. Посланный к Слащеву из полка офицер поздно ночью прискакал к его вагону и сгоряча постучался в купе. Он рассказал ему о "беде" полка и извинился перед генералом. Слащев правильно понял обстановку, и пообещал сам приехать с водкой на полковой праздник, и отправил офицера в полк, естественно не пустым. На следующий день он приехал на праздник с "бочонком водки". Праздник уже шел вовсю, когда Слащев сказал: "Я исполнил свое обещание, Обещайте мне выполнить мое желание". Перед полком была "высота 71", занятая красными, благодаря этому доминировавшими над всей местностью. ЕЕ несколько раз пытались взять, но неудачно. Слащев предложил распить "второй бочонок" на отбитой у красных высоте, сам повел полк в атаку. С минимальными потерями высота была отбита у большевиков, пораженных всем происходящим. Легенды об этом штурме ходили по всей врангелевской армии.